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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h1i | ||||||
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タイトル | Structure of human thymidylate synthase at low salt conditions | ||||||
![]() | Thymidylate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / nucleotide metabolism / cancer chemotherapy target / Methyl transferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / developmental growth / dihydrofolate reductase activity / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to cytokine / response to progesterone / liver regeneration / response to toxic substance / circadian rhythm / methylation / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brunn, N. / Dibrov, S. / Hermann, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Analysis of mRNA recognition by human thymidylate synthase. 著者: Brunn, N.D. / Dibrov, S.M. / Kao, M.B. / Ghassemian, M. / Hermann, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 444.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 371.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36453.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein at 5mg/ml, 30% PEG 1500, 15mM ammonium sulfate, 20mM 2-mercaptoethanol, 3% w/v 1,5-Diaminopentane dihydrochloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月8日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→19.9 Å / Num. all: 29851 / Num. obs: 29732 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 1.34 / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1HW4 解像度: 3.095→19.888 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 16.177 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.095→19.888 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -72.4289 Å / Origin y: -31.8985 Å / Origin z: 144.0364 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |