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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gze
タイトルCrystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase from Lactobacillus plantarum (apo form)
要素6-phospho-beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / glycoside hydrolase / family 1
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / : / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-phospho-beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Michalska, K. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2013
タイトル: GH1-family 6-P-beta-glucosidases from human microbiome lactic acid bacteria.
著者: Michalska, K. / Tan, K. / Li, H. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phospho-beta-glucosidase
B: 6-phospho-beta-glucosidase
C: 6-phospho-beta-glucosidase
D: 6-phospho-beta-glucosidase
E: 6-phospho-beta-glucosidase
F: 6-phospho-beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,13713
ポリマ-334,8326
非ポリマー3057
9,854547
1
A: 6-phospho-beta-glucosidase
B: 6-phospho-beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7536
ポリマ-111,6112
非ポリマー1424
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area33540 Å2
手法PISA
2
C: 6-phospho-beta-glucosidase
D: 6-phospho-beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7745
ポリマ-111,6112
非ポリマー1633
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area33810 Å2
手法PISA
3
E: 6-phospho-beta-glucosidase
F: 6-phospho-beta-glucosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,6112
ポリマ-111,6112
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area32990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.086, 96.086, 289.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
6-phospho-beta-glucosidase


分子量: 55805.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
: WCFS1 / 遺伝子: lp_0440, pbg1 / プラスミド: pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: F9UU25, 6-phospho-beta-glucosidase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.6 M NaCl, 0.1 M MES/NaOH, 20% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
111.000H, 1.000K, L10.718
111.000K, 1.000H, -L20.282
反射解像度: 2.31→50 Å / Num. all: 130885 / Num. obs: 130353 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.31→2.35 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique all: 6313 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3QOM
解像度: 2.31→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.819 / SU ML: 0.089 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21338 1248 1 %thin resolution shells
Rwork0.17384 ---
all0.17421 130248 --
obs0.17421 130248 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.569 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.09 Å20 Å20 Å2
2--25.09 Å20 Å2
3----50.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23021 0 12 547 23580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02223683
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.92932117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.859338323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.42252832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3824.0331262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.466153761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.23215131
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.23290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0226867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4661.514087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1271.55803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.805222596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49739596
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.194.59521
LS精密化 シェル解像度: 2.309→2.369 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 66 -
Rwork0.21 9004 -
obs--94.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.07042.4831.74224.54912.32573.53790.045-0.14360.1513-0.1537-0.22290.0862-0.25320.04150.17790.05420.01840.03460.06350.05330.143850.5929-23.463718.871
21.07060.40780.1142.5678-0.16111.37610.03160.1984-0.0316-0.07440.04680.17520.0823-0.0248-0.07840.07980.0452-0.0160.0735-0.03190.142644.3457-36.05049.3456
31.41360.6018-0.06631.8022-0.47410.73080.06090.1818-0.2089-0.1304-0.0449-0.04430.18620.0812-0.0160.13760.0606-0.01820.049-0.04560.15547.5741-47.195719.1891
40.5109-0.3839-0.50591.12240.6911.85650.0110.0139-0.0705-0.0326-0.03880.12030.1912-0.03220.02780.05360.0045-0.01660.0027-0.00360.142340.1194-39.61134.2341
51.30530.095-0.3861.9850.05431.6684-0.0201-0.025-0.1703-0.0108-0.0230.08890.1814-0.04760.04310.05090.0106-0.03670.0167-0.02880.097341.5489-40.325636.8949
64.56562.3942-0.93769.54690.19382.7091-0.12920.15740.1562-0.09350.13620.78830.0265-0.3604-0.0070.01980.0336-0.02760.1459-0.02240.166127.6643-26.280437.943
70.6875-0.33790.25090.383-0.38542.38950.080.1080.1638-0.0706-0.06840.0153-0.15260.0385-0.01160.0843-0.0109-0.00920.0390.00290.199944.5343-18.187525.4945
82.26170.570.70411.81090.28772.44460.01680.11950.0341-0.0792-0.02780.1212-0.2036-0.07580.0110.07150.04640.01670.03820.01960.159942.5347-18.867510.523
92.11641.07580.30082.17180.77151.7966-0.03720.04740.18180.08060.06860.1466-0.02620.041-0.03140.07650.02510.01920.02210.02860.152749.1937-29.135274.5432
105.61291.61510.02146.52871.05413.1273-0.6296-0.10681.36780.06490.31290.3296-0.6644-0.31010.31680.41010.0444-0.05860.2654-0.06490.597652.3819-7.522778.4071
111.69210.8193-0.31031.3969-0.48161.1461-0.0149-0.1075-0.02470.16650.0197-0.13620.03580.2097-0.00490.07840.0203-0.05110.0926-0.02240.170460.6621-28.871576.7806
120.9834-0.35310.61590.7358-0.58451.48910.0112-0.0450.0736-0.0064-0.0254-0.0615-0.15610.24490.01420.0459-0.03620.00430.0819-0.03090.163255.8954-21.395357.0649
130.74640.59010.37061.5186-0.5551.2827-0.03230.01760.1046-0.0744-0.0256-0.1598-0.15590.21130.05790.1196-0.06930.0410.0714-0.06770.212957.1462-20.548951.9634
149.6970.97180.09964.48090.41911.27630.13750.0241-0.11960.2797-0.0319-0.0007-0.5908-0.2566-0.10560.3290.13780.02680.1031-0.07310.183938.735-12.595454.8721
150.96240.1193-0.74030.4839-0.07392.3037-0.0529-0.09780.0690.14140.01280.11940.0043-0.11210.040.06410.0072-0.010.05020.00640.165438.523-31.780865.2283
161.22830.51540.05562.99041.49472.5528-0.0606-0.02020.09850.09610.05510.1313-0.024-0.08020.00550.05760.0456-0.01210.09080.0240.155738.9479-29.38380.2467
173.7532-3.0574-1.84844.47792.57723.21740.20330.11680.0953-0.1607-0.1302-0.0637-0.2637-0.077-0.07310.073-0.0387-0.01550.04840.02880.1147-2.06597.09860.2196
181.8856-0.3470.12931.01880.32361.38380.01260.0453-0.1245-0.16830.0756-0.08620.03680.2001-0.08820.062-0.01570.02690.121-0.02660.14227.9285-1.856552.4773
191.8704-1.11870.16351.8565-0.03480.9685-0.0260.07050.0178-0.13470.0328-0.25470.01770.3069-0.00670.0213-0.01190.03290.2007-0.05430.150518.1781-2.030863.6277
200.8582-0.0614-0.53840.4909-0.38091.5967-0.00490.0031-0.11190.0026-0.0367-0.11990.17220.28990.04160.04670.038-0.00410.0875-0.04430.15288.6469-7.420177.5399
218.6123-3.1276-0.23674.30670.55630.69280.31490.4510.0635-0.3256-0.28510.35540.4278-0.0337-0.02980.38990.0073-0.04210.0505-0.07740.2569-9.5658-15.570577.4794
220.5453-0.24420.67780.2354-0.34274.33780.04010.03020.0086-0.08110.00440.0030.1403-0.0458-0.04450.0392-0.01130.01580.0085-0.01470.1209-6.80131.715470.7238
231.74160.51051.11961.24782.51826.4134-0.1163-0.03480.0015-0.1658-0.10780.2495-0.2636-0.23640.22410.06690.0051-0.03090.03130.00560.1515-14.73375.568964.292
240.93730.6721-0.04670.73190.23052.2038-0.00010.0111-0.0566-0.10850.05860.02550.0258-0.0279-0.05860.0883-0.0023-0.02330.05180.00670.1237-8.40181.952953.7373
253.3516-0.3560.83891.1640.18221.2789-0.07990.07890.37660.08750.0724-0.1436-0.08920.08080.00750.12860.0080.02420.01480.02490.18157.24745.657722.0778
263.01840.0148-0.1841.017-0.02350.86970.019-0.0915-0.08290.0997-0.01440.00020.1142-0.034-0.00460.13290.0175-0.04240.01190.00360.09686.7805-5.99725.9376
274.91772.2588-2.56312.8122-1.82922.4301-0.04590.0246-0.18560.1455-0.0388-0.1590.21020.17280.08460.1250.0595-0.04810.04720.00270.124718.5667-11.074916.3365
280.5272-0.30290.08470.8228-0.70381.61340.0019-0.02130.0090.0362-0.0343-0.12420.01870.13660.03240.04030.0204-0.02160.0223-0.00460.129213.33280.42862.9418
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419.6937-5.73365.82311.5345-1.16036.22780.6155-0.1589-0.73310.2185-0.1566-0.08240.95320.4108-0.45890.4246-0.06350.12340.27120.00470.391853.281710.033940.3955
420.724-0.1363-0.14473.4391-0.88151.06680.0470.1640.0945-0.1361-0.0281-0.097-0.0761-0.1157-0.0190.1767-0.03630.01590.2239-0.00140.282747.386538.373220.3194
431.4958-0.06140.3011.81230.54731.3804-0.00590.17950.0496-0.14-0.05220.3315-0.0633-0.2670.05820.1445-0.0196-0.00290.290.0270.2934.62838.487928.0984
440.86950.02120.47831.04740.3531.4233-0.05290.11560.1016-0.0269-0.0280.1385-0.1104-0.21820.08080.1207-0.03470.02140.13850.02640.265541.692739.950445.8919
456.1989-2.79921.17586.2715-0.94334.29020.0821-0.14940.32050.0885-0.0638-0.444-0.14490.2372-0.01830.1539-0.09060.01910.11810.04240.31461.245442.995251.7602
4616.95717.78637.67416.56923.1443.5248-0.28951.3820.5864-0.020.13450.1668-0.10580.6850.1550.3722-0.04730.09670.1922-0.01190.436764.41529.295342.8333
471.1697-0.0834-1.00370.3708-0.32892.729-0.14150.1859-0.1401-0.01490.0083-0.10550.2494-0.07210.13320.1894-0.06170.04270.076-0.03220.290755.587124.104936.9619
481.570.1209-0.32922.7372-0.45922.5552-0.06980.17830.0594-0.12010.01-0.20430.15370.09270.05980.1507-0.05190.02850.1841-0.02870.252657.531827.041822.4801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3A135 - 176
4X-RAY DIFFRACTION4A177 - 286
5X-RAY DIFFRACTION5A287 - 326
6X-RAY DIFFRACTION6A327 - 343
7X-RAY DIFFRACTION7A344 - 425
8X-RAY DIFFRACTION8A426 - 478
9X-RAY DIFFRACTION9B2 - 45
10X-RAY DIFFRACTION10B46 - 57
11X-RAY DIFFRACTION11B58 - 171
12X-RAY DIFFRACTION12B172 - 282
13X-RAY DIFFRACTION13B283 - 326
14X-RAY DIFFRACTION14B327 - 350
15X-RAY DIFFRACTION15B351 - 425
16X-RAY DIFFRACTION16B426 - 478
17X-RAY DIFFRACTION17C2 - 29
18X-RAY DIFFRACTION18C30 - 137
19X-RAY DIFFRACTION19C138 - 181
20X-RAY DIFFRACTION20C182 - 320
21X-RAY DIFFRACTION21C321 - 350
22X-RAY DIFFRACTION22C351 - 386
23X-RAY DIFFRACTION23C387 - 416
24X-RAY DIFFRACTION24C417 - 478
25X-RAY DIFFRACTION25D0 - 65
26X-RAY DIFFRACTION26D66 - 142
27X-RAY DIFFRACTION27D143 - 171
28X-RAY DIFFRACTION28D172 - 283
29X-RAY DIFFRACTION29D284 - 326
30X-RAY DIFFRACTION30D327 - 343
31X-RAY DIFFRACTION31D344 - 437
32X-RAY DIFFRACTION32D438 - 478
33X-RAY DIFFRACTION33E1 - 6
34X-RAY DIFFRACTION34E7 - 42
35X-RAY DIFFRACTION35E49 - 110
36X-RAY DIFFRACTION36E111 - 202
37X-RAY DIFFRACTION37E203 - 308
38X-RAY DIFFRACTION38E309 - 352
39X-RAY DIFFRACTION39E353 - 402
40X-RAY DIFFRACTION40E403 - 478
41X-RAY DIFFRACTION41F1 - 12
42X-RAY DIFFRACTION42F13 - 85
43X-RAY DIFFRACTION43F86 - 166
44X-RAY DIFFRACTION44F167 - 319
45X-RAY DIFFRACTION45F320 - 342
46X-RAY DIFFRACTION46F343 - 355
47X-RAY DIFFRACTION47F356 - 426
48X-RAY DIFFRACTION48F427 - 478

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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