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- PDB-4f79: The crystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase mutant (E375Q... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f79 | |||||||||
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Title | The crystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase mutant (E375Q) in complex with Salicin 6-phosphate | |||||||||
![]() | Putative phospho-beta-glucosidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | |||||||||
Function / homology | ![]() 6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / : / carbohydrate catabolic process / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tan, K. / Michalska, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
![]() | ![]() Title: GH1-family 6-P-beta-glucosidases from human microbiome lactic acid bacteria. Authors: Michalska, K. / Tan, K. / Li, H. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 211.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 170.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 832.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 839.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3qomC ![]() 4f66C ![]() 4gpnC ![]() 4gzeC ![]() 3pn8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
| ||||||||
Details | It is predicted to be monomer. |
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Components
#1: Protein | Mass: 55474.359 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: Sugar | ChemComp-P53 / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES:NaOH, 25% (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2012 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.54→39 Å / Num. all: 25874 / Num. obs: 25874 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 25.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.54→2.59 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1278 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry: 3PN8 Resolution: 2.54→38.966 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.872 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.54→38.966 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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