[日本語] English
万見
- PDB-4gyc: Structure of the SRII(D75N mutant)/HtrII Complex in I212121 space... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gyc
タイトルStructure of the SRII(D75N mutant)/HtrII Complex in I212121 space group ("U" shape)
要素
  • Sensory rhodopsin II transducer
  • Sensory rhodopsin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Helix hairpin bin / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain ...Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Helix hairpin bin / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / Bacterial rhodopsins retinal binding site. / HAMP domain profile. / HAMP domain / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / RETINAL / Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II transducer
類似検索 - 構成要素
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.0501 Å
データ登録者Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J. / Remeeva, A. / Utrobin, P. / Balandin, T. / Engelhard, M. ...Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J. / Remeeva, A. / Utrobin, P. / Balandin, T. / Engelhard, M. / Bueldt, G. / Gordeliy, V.
引用ジャーナル: J Photochem Photobiol B / 年: 2013
タイトル: Ground state structure of D75N mutant of sensory rhodopsin II in complex with its cognate transducer.
著者: Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J.P. / Balandin, T. / Remeeva, A. / Engelhard, M. / Buldt, G. / Gordeliy, V.
履歴
登録2012年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensory rhodopsin-2
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,95212
ポリマ－40,1252
非ポリマー2,82710
水1,04558
1
A: Sensory rhodopsin-2
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子

A: Sensory rhodopsin-2
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,90424
ポリマ－80,2494
非ポリマー5,65520
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556-x+1/2,y,-z+11
Buried area5840 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.465, 113.674, 126.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

-
要素

#1: タンパク質 Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II / SR-II


分子量: 26196.711 Da / 分子数: 1 / 変異: D75N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: sop2, sopII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42196
#2: タンパク質 Sensory rhodopsin II transducer / HTR-II / Methyl-accepting phototaxis protein II / MPP-II


分子量: 13927.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: htr2, htrII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42259
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.1
詳細: 1M Na/KPi, 0.3M trehalose, pH 5.1, Lipidic cubic phase, temperature 295.5K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-110.934
シンクロトロンESRF ID23-120.934
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 4r1CCD2011年10月27日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2010年2月6日
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.0501→42.229 Å / Num. obs: 22785 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.0501→2.12 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H2S

1h2s


解像度: 2.0501→42.229 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 23.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 1134 5 %RANDOM
Rwork0.2026 ---
obs0.2037 22783 99.26 %-
all-22783 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0501→42.229 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2069 0 102 58 2229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.132971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.791753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.294361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0501-2.12340.31092230.2714035X-RAY DIFFRACTION99
2.1234-2.20840.28192250.23984091X-RAY DIFFRACTION100
2.2084-2.30890.24251920.22414045X-RAY DIFFRACTION100
2.3089-2.43060.22982070.20164111X-RAY DIFFRACTION99
2.4306-2.58290.2142210.18944075X-RAY DIFFRACTION100
2.5829-2.78230.1972190.17524061X-RAY DIFFRACTION99
2.7823-3.06220.18032400.18734070X-RAY DIFFRACTION99
3.0622-3.50510.21282000.18554081X-RAY DIFFRACTION99
3.5051-4.41530.21352120.19274067X-RAY DIFFRACTION99
4.4153-42.23770.24062010.21794026X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0921-2.3211-3.3096.0678-0.64213.4294-0.0855-0.34030.43460.3549-0.0177-0.4731-0.26840.3630.03790.3651-0.1097-0.07670.26390.01840.173911.166513.17842.0525
20.6554-0.3584-0.09291.86350.55091.6619-0.18260.0404-0.0191-0.2235-0.0628-0.19240.02640.23520.04260.1737-0.0146-0.0050.28670.04620.092411.5554-0.299537.9863
32.54181.26621.97064.3937-1.81123.59990.28370.1606-0.00270.0407-0.0509-0.142-0.38950.2676-0.2960.42260.06030.41410.24130.1266-0.254112.6417-10.924835.3822
41.0547-1.036-2.35214.14-0.36447.5049-0.74710.0968-1.32130.3956-0.26260.46120.7384-0.4330.99420.74670.25960.1670.4926-0.19520.5798.2763-19.685334.6349
53.5119-3.0371-1.56435.49-0.03414.6558-0.1980.2296-0.4132-0.2939-0.13850.24310.7919-0.42660.24120.3977-0.00970.06320.2525-0.00990.11932.7677-12.577337.0594
61.04960.2260.0671.2216-0.18731.4095-0.06470.22420.181-0.0217-0.05570.1053-0.32080.16140.07480.222-0.0348-0.06160.20220.03230.12413.27359.782337.0947
77.8602-4.3756-2.33915.67760.21257.4809-0.0454-0.47030.38040.42980.14410.0785-0.3263-0.0807-0.04030.61780.1475-0.03890.08140.03030.748-5.119321.453246.5097
80.81420.7194-0.1351.4344-1.03271.0674-0.13350.06330.27640.1171-0.0529-0.0621-0.19420.11020.10860.22370.0222-0.09170.15820.0290.2368-2.60758.165142.6884
91.0215-0.6595-0.20671.7272-1.12831.2639-0.15430.14440.0008-0.2535-0.01280.24390.1647-0.15670.14470.1464-0.0114-0.01940.1523-0.02190.1045-3.9145-7.909742.6808
107.7855-3.4702-0.58072.2256-0.19080.3353-0.00090.34770.2922-0.27520.03080.1863-0.1434-0.5045-0.01220.548-0.1442-0.07920.25710.02910.513-11.5197-16.623645.5699
111.330.130.20330.74880.10850.81630.04230.17190.07060.0313-0.02110.20550.0364-0.3386-0.02640.01270.101-0.18610.2205-0.06440.4247-11.90640.654246.5058
121.27090.87510.5352.5853-1.78612.564-0.05570.12120.37170.0364-0.01540.2345-0.3728-0.278-0.00450.34930.2629-0.12620.1983-0.14390.746-13.780615.568151.8798
131.96631.212-1.49436.35021.37742.3445-0.07290.09010.0226-0.0516-0.10240.4632-0.1349-0.57080.0467-0.19120.09060.1310.237-0.08570.3788-12.26590.833954.9631
142.796-3.2294-1.16478.02472.45032.5127-0.164-0.0121-0.5003-0.0005-0.06510.69860.6156-0.26440.21940.247-0.01860.04070.14250.01640.2461-6.8461-17.810853.962
152.7509-3.2705-2.08919.24322.07625.8716-0.0284-0.2579-0.38730.3137-0.2073-0.45530.24930.35040.130.17680.01550.10.22280.08030.20462.7856-17.956952.6528
161.14140.39310.41480.94190.07451.4536-0.0397-0.14340.15360.1656-0.09060.3632-0.1923-0.02660.13240.11380.01150.01460.1266-0.04280.1293-1.50982.85454.9455
170.4772-0.5530.2862.32620.48851.3182-0.08280.05940.3105-0.142-0.18920.1581-0.1754-0.04540.17880.2381-0.0178-0.05680.1435-0.02460.14924.662514.766552.8001
180.1681-0.184-0.09161.9157-0.03680.1889-0.0936-0.1641-0.05020.1224-0.0027-0.0921-0.03120.11350.05250.11730.0246-0.04410.19290.00330.08426.61570.7547.8612
192.5968-2.7439-0.20334.21281.74143.4754-0.10680.2106-0.1259-0.2459-0.1623-0.45780.09330.39490.09470.1920.09690.08240.21550.06380.20949.0854-10.754245.8075
201.4123-2.2651-1.0433.69671.36352.255-0.0330.1018-0.57040.02030.074-0.53530.42610.3844-0.0730.6350.22350.2790.44330.17230.565511.7727-20.782545.6198
210.1786-0.25350.46710.3559-0.66031.22490.20060.1002-0.114-0.1214-0.0637-0.36540.06140.2079-0.06690.31130.00910.08060.6227-0.29420.945218.4182-4.281955.3284
221.42852.91890.1469.56782.03261.1431-0.13290.2380.0373-0.1904-0.0355-0.684-0.05950.37360.10210.14-0.061-0.01250.3088-0.01160.246716.58668.080554.7941
231.6662-0.3203-2.45742.0029-1.26993.8421-0.18160.32070.1649-0.20860.034-0.1304-0.09760.13890.06880.49-0.4169-0.24070.28950.10510.301115.774421.138755.9075
240.747-0.2033-0.02731.16590.78030.5372-0.0090.26870.3297-0.2095-0.0047-0.0892-0.2634-0.01710.02070.68090.1575-0.8284-0.00330.37990.647412.037530.593458.5613
253.6477-0.2332-0.60238.462-1.19933.3535-0.01860.03270.2058-0.14410.02050.4184-0.2438-0.4651-0.02510.37580.2571-0.46570.1570.08470.3568.088723.999160.5633
260.82910.42090.15270.79970.70581.3235-0.0623-0.1665-0.09840.17280.0460.0396-0.03910.1785-0.01450.15480.0607-0.03540.1688-0.02720.12538.06438.833460.4183
273.92613.67020.18064.6241-1.64267.34650.034-0.1228-0.67850.14820.1098-0.08350.97120.2379-0.06420.32210.0123-0.03010.29050.12250.58669.8316-7.655158.7509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:10)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:20)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 21:25)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 26:33)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 34:43)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 44:61)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 62:68)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 69:76)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 77:89)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 90:98)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 99:116)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 117:126)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 127:137)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 138:154)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 155:162)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 163:185)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 186:196)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 197:207)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 208:213)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 214:220)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 23:28)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 29:39)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 40:46)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 47:54)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 55:60)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 61:74)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 75:83)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る