[日本語] English
万見
- PDB-4gy9: Crystal Structure of Medicago truncatula Nodulin 13 (MtN13) in co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gy9
タイトルCrystal Structure of Medicago truncatula Nodulin 13 (MtN13) in complex with N6-isopentenyladenine (2iP)
要素MtN13 protein
キーワードPLANT PROTEIN / PR-10 FOLD / nodulin / nodulation / legume plant-rhizobium symbiosis / cytokinin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nodulation / cytokinin-activated signaling pathway / response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / N-(3-METHYLBUT-2-EN-1-YL)-9H-PURIN-6-AMINE / Nodulin-13
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The landscape of cytokinin binding by a plant nodulin.
著者: Ruszkowski, M. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Lupinus luteus pathogenesis-related protein as a reservoir for cytokinin.
著者: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Cytokinin-induced structural adaptability of a Lupinus luteus PR-10 protein.
著者: Fernandes, H. / Bujacz, A. / Bujacz, G. / Jelen, F. / Jasinski, M. / Kachlicki, P. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin.
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of Hyp-1, a St. John's wort protein implicated in the biosynthesis of hypericin.
著者: Michalska, K. / Fernandes, H. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: Mol.Plant Microbe Interact. / 年: 1996
タイトル: Use of a subtractive hybridization approach to identify new Medicago truncatula genes induced during root nodule development.
著者: Gamas, P. / Niebel Fde, C. / Lescure, N. / Cullimore, J.
#6: ジャーナル: Mol.Plant Microbe Interact. / 年: 1998
タイトル: Symbiosis-specific expression of two Medicago truncatula nodulin genes, MtN1 and MtN13, encoding products homologous to plant defense proteins.
著者: Gamas, P. / de Billy, F. / Truchet, G.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine.
著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2012年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22014年1月8日Group: Database references
改定 1.32014年12月3日Group: Data collection
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MtN13 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2169
ポリマ－18,7731
非ポリマー4438
水2,630146
1
A: MtN13 protein
ヘテロ分子

A: MtN13 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,43318
ポリマ－37,5462
非ポリマー88616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area5350 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
2
A: MtN13 protein
ヘテロ分子

A: MtN13 protein
ヘテロ分子

A: MtN13 protein
ヘテロ分子

A: MtN13 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,86536
ポリマ－75,0924
非ポリマー1,77332
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area13460 Å2
ΔGint-254 kcal/mol
Surface area29140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.596, 96.596, 112.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

21A-438-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MtN13 protein / Uncharacterized protein


分子量: 18773.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: MtN13 / プラスミド: pET TOPO 151D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: P93330
#2: 化合物 ChemComp-ZIP / N-(3-METHYLBUT-2-EN-1-YL)-9H-PURIN-6-AMINE / ISOPENTENYLADENINE / イソペンテニルアデニン


分子量: 203.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.39 %
結晶化温度: 292 K / pH: 7.1
詳細: 1.5 M sodium malonate, Dehydration at elevated sodium malonate concentration (1.9 M), pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.22343
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月31日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.22343 Å / 相対比: 1
Reflection数: 287179 / Rmerge(I) obs: 0.099 / D res high: 2.036 Å / Num. obs: 20324 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
6.065088999.410.029
4.36.06145510010.034
3.524.3183110010.045
3.053.52212710010.066
2.733.05239610010.12
2.492.73260710010.208
2.312.49283810010.302
2.162.31303210010.44
2.0362.16314998.210.706
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 20324 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 24.33
反射 シェル解像度: 2.04→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.706 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / % possible all: 98.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.3 Å
Translation2.5 Å48.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RWS

3rws
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.04→48.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.16 / 位相誤差: 18.33 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 1004 4.94 %
Rwork0.165 --
obs0.167 20321 99.7 %
all-20321 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1282 0 28 146 1456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4091894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.198507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008236
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.1430.23691370.19072650X-RAY DIFFRACTION98
2.143-2.2770.22071400.15972690X-RAY DIFFRACTION100
2.277-2.4530.21581420.16012723X-RAY DIFFRACTION100
2.453-2.70.21961410.17122731X-RAY DIFFRACTION100
2.7-3.090.21081440.17512754X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.8930.17621450.14552803X-RAY DIFFRACTION100
3.893-48.3120.18411550.172966X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.509-1.42211.03571.3498-0.11371.163-0.09640.12660.00340.14410.0572-0.0804-0.08320.06430.05290.2316-0.0118-0.01040.1568-0.00210.217345.41922.25998.4346
27.60842.94160.05954.57611.85342.0914-0.34160.38510.2756-0.62150.16530.7069-0.1576-0.3148-0.01060.3130.0624-0.09010.3478-0.01530.349225.125215.6064-4.3176
31.30970.0196-0.40671.11930.68251.3134-0.00590.0990.1412-0.187-0.03740.1257-0.2063-0.17670.05860.28610.0603-0.0110.19580.01810.205235.670523.9135.4646
43.0785-0.14690.7582.01030.48892.3231-0.07870.0462-0.1394-0.09920.06420.149-0.1103-0.0707-0.00020.19580.02460.01250.13110.00540.181237.97349.62034.0954
53.3762-0.64481.02912.4725-0.29541.813-0.3175-0.06290.18630.40990.0234-0.0343-0.1101-0.01570.28540.24520.03730.00470.2236-0.04280.211333.055211.005211.2028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID -4:12)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 13:24)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 25:74)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 75:122)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 123:158)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る