PDB-4gw3: Crystal Structure of the Lipase from Proteus mirabilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gw3

タイトル

Crystal Structure of the Lipase from Proteus mirabilis

要素

Putative lipase

キーワード

HYDROLASE / lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus mirabilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Korman, T.P.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Proteus mirabilis Lipase, a Novel Lipase from the Proteus/Psychrophilic Subfamily of Lipase Family I.1.
著者: Korman, T.P. / Bowie, J.U.

履歴

登録	2012年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gw3.cif.gz	130.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gw3.ent.gz	100.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/4gw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/4gw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gxnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nvf-d 1dsp-d 3m2e-d 3my0-24 3hiw-1 4jpt-d 6dg4-d 1bep-d 1kxn-d 1cf5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative lipase

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.438, 65.438, 63.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Putative lipase 分子量: 33851.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 株: Hauser D1 / 遺伝子: LipA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Gold(DE3) / 参照: UniProt: B4EVM3, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 5種, 198分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.095 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 19% v/v 2-Propanol, 19% w/v PEG 4000, 5% glycerol, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.502 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月16日 / 詳細: varimax confocal optics

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.502 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20166 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.137 / Χ²: 1.129 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	3.8	0.43	1977	1.215	1	96.2
2.07-2.15	3.8	0.352	1956	1.257	1	96.4
2.15-2.25	3.8	0.307	2030	1.276	1	96.8
2.25-2.37	3.8	0.262	2006	1.235	1	97.1
2.37-2.52	3.8	0.225	2022	1.102	1	97.9
2.52-2.71	3.8	0.2	2032	1.018	1	97.9
2.71-2.99	3.8	0.164	2022	1.024	1	98.3
2.99-3.42	3.7	0.131	2034	0.959	1	98.5
3.42-4.31	3.6	0.103	2028	1.046	1	98.7
4.31-50	3.7	0.08	2059	1.161	1	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 31.38 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	32.72 Å
Translation	2.5 Å	32.72 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→29.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.2079 / WR_factor R_work: 0.1778 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8975 / SU B: 6.308 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.1748 / SU R_free: 0.1421 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1942	1042	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1672	-	-	-
obs	0.1686	19181	97.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.74 Å² / B_iso mean: 28.548 Å² / B_iso min: 9.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.02 Å²	-0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2211	0	41	192	2444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.871	1.955	3095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.697	3	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.853	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.321	24.862	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.771	15	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.787	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	541

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	82	-
R_work	0.206	1385	-
all	-	1467	-
obs	-	-	95.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1533	-0.044	-0.0782	0.8819	0.0426	2.0531	-0.0554	-0.0506	0.0957	-0.0316	-0.0564	0.2088	0.0346	-0.1978	0.1117	0.0278	-0.024	-0.0154	0.0712	-0.0142	0.1151	1.482	14.069	-0.604
2	3.7988	-1.4657	1.7747	3.1883	-1.202	2.2931	-0.1917	-0.0626	-0.0573	0.0638	0.1217	0.1087	0.03	-0.1139	0.0701	0.0563	-0.0472	0.0018	0.087	-0.0189	0.0618	6.51	9.305	-3.451
3	8.6386	-2.3676	5.6704	4.1196	-1.3097	5.9301	0.1813	0.2842	-0.0643	-0.2287	-0.2228	-0.0122	0.1952	0.0967	0.0415	0.0464	-0.0261	0.0187	0.0925	-0.0222	0.0398	4.933	5.78	-14.17
4	1.1087	-0.0629	0.9095	0.6821	-0.4563	1.2839	-0.0324	0.0779	0.0483	0.0091	0.0516	0.0128	-0.0271	0.022	-0.0192	0.0731	-0.0132	0.004	0.0801	0.006	0.0877	15.856	12.297	-4.494
5	13.5476	-0.0423	-3.2921	13.8851	0.4654	20.2107	0.4429	0.7931	-0.8349	0.2632	-0.5687	0.2082	0.7464	-0.4289	0.1257	0.1093	-0.0127	-0.0375	0.0988	-0.0309	0.0802	24.15	2.656	16.072
6	13.0914	-4.0956	0.5752	3.2907	-0.0369	1.8776	0.0117	-0.3379	-0.0393	0.387	-0.0373	-0.0825	0.161	-0.1134	0.0256	0.1257	-0.0758	-0.0173	0.0955	0.0179	0.0089	19.251	6.903	22.127
7	0.0917	-0.4302	1.1429	2.461	-5.0638	16.3859	0.0022	-0.133	-0.0579	0.541	0.4281	0.1089	0.7133	-1.1539	-0.4302	0.7567	-0.1861	-0.0581	0.5812	0.119	0.4611	8.336	3.254	17.736
8	8.1135	2.7704	-4.2912	1.7032	-2.1423	7.6481	-0.0377	-0.2373	-0.4131	-0.088	-0.0504	-0.1442	0.3085	0.2858	0.0881	0.0791	0.0141	-0.0144	0.0464	0.0002	0.0762	23.26	5.367	3.102
9	7.1012	-3.5098	-0.862	2.4862	1.7555	4.7632	-0.0035	0.1534	-0.0898	-0.1914	0.0174	-0.1779	-0.0167	0.2075	-0.014	0.1015	-0.0388	0.0996	0.1149	0.0158	0.1398	26.184	12.098	-8.072
10	9.803	2.0012	7.5242	5.9705	3.9368	13.5534	-0.0071	0.1374	0.127	-0.0681	0.1159	-0.3265	-0.1403	0.2165	-0.1088	0.0826	-0.0242	0.0332	0.0853	0.0518	0.0886	22.695	21.019	-10.886
11	0.4736	0.6051	0.3239	1.7041	2.4754	5.204	0.1131	0.094	0.2589	0.0637	0.1074	0.0859	-0.065	-0.1617	-0.2205	0.1311	0.011	0.0259	0.1011	-0.0047	0.2883	16.751	24.021	2.569
12	4.2504	6.0968	1.6767	15.0895	2.6461	2.2627	0.0337	-0.7316	0.3427	0.6408	-0.2732	0.5073	-0.1821	-0.3649	0.2394	0.1152	0.0537	0.0267	0.263	-0.0918	0.0829	7.584	24.855	19.853
13	5.5807	-0.6957	-3.204	2.4122	0.1185	2.8189	-0.0785	-0.1662	-0.0831	0.1052	0.02	-0.1426	0.252	-0.103	0.0585	0.0795	-0.0436	-0.0256	0.1182	-0.0207	0.0346	20.326	18.874	16.628
14	1.5141	0.0698	0.2134	0.6534	0.4393	1.2182	-0.016	-0.1288	0.2735	0.0158	-0.0777	0.0612	-0.1356	-0.0259	0.0938	0.0671	-0.0043	-0.0103	0.0565	-0.0255	0.1214	11.978	23.325	5.865
15	6.5361	0.28	2.034	5.7733	3.0802	19.5217	-0.1881	0.259	0.8724	-0.2664	0.3863	-0.073	-0.7014	0.1879	-0.1982	0.1001	-0.0358	-0.0545	0.054	0.0638	0.1984	7.863	26.924	-11.849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	54 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	72 - 114
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	115 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	120 - 142
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	143 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	155 - 169
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	170 - 178
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	179 - 192
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	193 - 202
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	203 - 215
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	216 - 230
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	231 - 276
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	277 - 287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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