PDB-4gxn: Diethylphosphonate Inhibited Structure of the Proteus mirabilis Lipase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gxn

タイトル

Diethylphosphonate Inhibited Structure of the Proteus mirabilis Lipase

要素

Putative lipase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / lipase / hydrolase / a/b hydrolase fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus mirabilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Korman, T.P. / Bowie, J.U.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Proteus mirabilis Lipase, a Novel Lipase from the Proteus/Psychrophilic Subfamily of Lipase Family I.1.
著者: Korman, T.P. / Bowie, J.U.

履歴

登録	2012年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gxn.cif.gz	129.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gxn.ent.gz	100.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gxn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gxn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gw3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2blc-d 1cf5-2 5jzo-1 6jd9-d 3zm2-d 3w67-4 3w67-2 2i75-d 2zq9-d 3llc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative lipase

ヘテロ分子

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.574, 65.574, 63.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Putative lipase 分子量: 33851.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 株: ATCC / 遺伝子: LipA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Gold(DE3) / 参照: UniProt: B4EVM3, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-DEP / DIETHYL PHOSPHONATE / ホスホン酸ジエチル分子量: 138.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₁O₃P
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 16% w/v PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月21日 / 詳細: varimax confocal optics

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 20700 / Num. obs: 20659 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.125 / Χ²: 1.058 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	3.1	0.532	2078	1.088	1	99.9
2.07-2.15	3.1	0.414	2042	1.082	1	99.9
2.15-2.25	3.1	0.324	2082	1.1	1	100
2.25-2.37	3.1	0.262	2074	1.119	1	100
2.37-2.52	3.1	0.207	2066	1.033	1	99.9
2.52-2.71	3.2	0.174	2077	1.046	1	99.9
2.71-2.99	3.2	0.141	2070	1.027	1	99.9
2.99-3.42	3.2	0.109	2036	1.063	1	100
3.42-4.31	3.2	0.099	2077	0.997	1	99.9
4.31-50	3.2	0.087	2057	1.036	1	99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→32.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / WR_factor R_free: 0.2453 / WR_factor R_work: 0.1894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8367 / SU B: 12.854 / SU ML: 0.175 / SU R Cruickshank DPI: 0.3731 / SU R_free: 0.2471 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	715	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1954	-	-	-
obs	0.1982	13875	89.55 %	-
all	-	15495	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.39 Å² / B_iso mean: 32.802 Å² / B_iso min: 9.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	-0.06 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2211	0	19	175	2405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.872	1.948	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.703	3	4914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.101	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.826	24.815	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.073	15	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.574	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	542

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	53	-
R_work	0.239	863	-
all	-	916	-
obs	-	-	82.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8512	-0.6006	-1.0058	1.3992	0.4167	3.0733	-0.0511	-0.1358	0.0032	-0.0671	-0.1226	0.4764	0.168	-0.2018	0.1736	0.0472	-0.0435	-0.0377	0.099	-0.0463	0.1889	1.365	14.155	-0.373
2	4.8764	-1.4645	2.3597	3.4195	-1.3114	2.2552	-0.014	0.1685	-0.0383	0.0568	-0.167	0.1004	0.0339	-0.0503	0.181	0.1213	-0.0077	-0.0055	0.0984	-0.0318	0.0541	7.571	8.223	-3.494
3	2.5543	-0.081	1.9684	1.3764	0.4836	2.3853	-0.0012	0.1909	0.0414	-0.0979	-0.032	0.0021	-0.0227	0.0114	0.0331	0.0986	-0.0149	0.0345	0.1058	0.017	0.0366	12.575	10.398	-7.278
4	12.2233	-6.809	3.4983	19.0885	-1.9791	33.0055	0.8868	-0.1509	-0.376	0.1461	-0.8485	-0.734	1.4524	-0.3263	-0.0383	0.2634	-0.0873	-0.0251	0.1035	0.0912	0.1304	25.895	1.888	17.673
5	7.0624	-6.7069	3.4005	6.5217	-3.2019	7.4462	0.8078	-0.4254	-0.617	-0.4518	0.1324	0.5881	1.2602	-0.971	-0.9402	0.9212	-0.7009	-0.1528	0.5525	0.1128	0.1227	14.6	7.42	21.531
6	4.1833	0.5614	-2.8831	1.9884	-1.8988	8.971	-0.1259	0.0056	-0.303	-0.0645	-0.0621	-0.2346	0.3657	0.2177	0.188	0.1039	-0.0008	-0.0025	0.0991	0.0073	0.141	24.148	6.342	-0.484
7	4.5658	1.7991	-0.161	7.0889	0.9633	4.2772	-0.2187	0.3419	0.523	-0.229	-0.0249	-0.5026	-0.3089	0.4752	0.2436	0.1193	-0.0661	-0.0083	0.1671	0.1127	0.1851	22.951	20.64	-9.013
8	4.348	0.4043	0.7903	1.954	-0.9284	2.8306	-0.0222	-0.5571	0.4801	0.2591	-0.2217	0.1464	-0.1653	-0.1843	0.2439	0.1259	-0.0425	0.0159	0.1455	-0.1185	0.1016	11.939	23.723	16.914
9	2.086	-0.6256	0.5193	2.0873	0.3008	2.9014	-0.1036	-0.0823	0.2821	0.1091	-0.016	-0.2177	-0.2268	0.0751	0.1196	0.0904	-0.0512	-0.0317	0.0709	-0.0162	0.0908	18.621	21.874	7.368
10	2.6107	-0.1715	0.5339	1.54	-0.3415	7.6056	-0.1428	-0.0474	0.8004	-0.1434	-0.0991	0.23	-0.5034	-0.124	0.2419	0.0927	0.0103	-0.0899	0.0751	-0.0414	0.3033	6.155	26.248	-0.422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	56 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	115 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	124 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	155 - 175
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	176 - 195
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	196 - 223
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	224 - 259
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	260 - 287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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