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- PDB-4gux: Crystal structure of trypsin:MCoTi-II complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gux
タイトルCrystal structure of trypsin:MCoTi-II complex
要素
  • Cationic trypsin
  • Trypsin inhibitor 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / cyclotide / cyclic peptide / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of serine-type endopeptidase activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis ...negative regulation of serine-type endopeptidase activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant trypsin inhibitors / Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. ...Plant trypsin inhibitors / Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLIC KNOTTIN TRYPSIN INHIBITOR II / ACETATE ION / Serine protease 1 / Trypsin inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Momordica cochinchinensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者King, G.J. / Daly, N.L. / Thorstholm, L. / Greenwood, K.P. / Rosengren, K.J. / Heras, B. / Craik, D.J. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the role of the cyclic backbone in a squash trypsin inhibitor
著者: Daly, N.L. / Thorstholm, L. / Greenwood, K.P. / King, G.J. / Rosengren, K.J. / Heras, B. / Martin, J.L. / Craik, D.J.
履歴
登録2012年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
B: Cationic trypsin
C: Cationic trypsin
D: Trypsin inhibitor 2
E: Trypsin inhibitor 2
F: Trypsin inhibitor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,10611
ポリマ－87,8686
非ポリマー2385
水22,0681225
1
A: Cationic trypsin
D: Trypsin inhibitor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3884
ポリマ－29,2892
非ポリマー992
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
2
B: Cationic trypsin
E: Trypsin inhibitor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3884
ポリマ－29,2892
非ポリマー992
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
3
C: Cationic trypsin
F: Trypsin inhibitor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3293
ポリマ－29,2892
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.139, 71.852, 108.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

HOH

21B-579-

HOH

31C-469-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin / Alpha-trypsin chain 1 / Alpha-trypsin chain 2


分子量: 25806.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド Trypsin inhibitor 2 / MCoTI-II / Trypsin inhibitor II


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 抗菌剤, Antitumor / 分子量: 3483.040 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica cochinchinensis (植物)
参照: UniProt: P82409, CYCLIC KNOTTIN TRYPSIN INHIBITOR II
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG3350, 0.24M ammonium acetate, 0.1M BisTris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953645 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月1日
放射モノクロメーター: monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953645 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.69 Å / Num. all: 82578 / Num. obs: 82545 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.449 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2UUY

2uuy


解像度: 1.803→31.69 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: Rfree / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1941 4122 4.99 %5% random
Rwork0.1573 ---
obs0.1615 82545 98.46 %-
all-82578 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.038 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.803→31.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5591 0 11 1225 6827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065835
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0227895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4462115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041026
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.803-1.86740.24613850.2196759395
1.8674-1.94220.26044160.2168775798
1.9422-2.03050.21554110.1603776598
2.0305-2.13760.21584210.1718780298
2.1376-2.27140.21163980.1712779698
2.2714-2.44680.18524010.1508786499
2.4468-2.69290.16784210.1464785099
2.6929-3.08230.19664010.1562795699
3.0823-3.88220.16484440.1457938100
3.8822-31.69840.15174240.14388102100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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