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- PDB-4gt7: An engineered disulfide bond reversibly traps the IgE-Fc3-4 in a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gt7
タイトルAn engineered disulfide bond reversibly traps the IgE-Fc3-4 in a closed, non-receptor binding conformation
要素Ig epsilon chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / antibody / IgE / Fc fragment / Fc receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / type 2 immune response / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / immune response / inflammatory response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Wurzburg, B.A. / Kim, B.K. / Jardetzky, T.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: An engineered disulfide bond reversibly traps the IgE-Fc3-4 in a closed, nonreceptor binding conformation.
著者: Wurzburg, B.A. / Kim, B. / Tarchevskaya, S.S. / Eggel, A. / Vogel, M. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2012年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig epsilon chain C region
B: Ig epsilon chain C region
C: Ig epsilon chain C region
D: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3618
ポリマ－98,8804
非ポリマー3,4814
水2,270126
1
A: Ig epsilon chain C region
B: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2614
ポリマ－49,4402
非ポリマー1,8222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
2
C: Ig epsilon chain C region
D: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0994
ポリマ－49,4402
非ポリマー1,6602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.753, 104.807, 45.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(chain A and resid 336:391) or (chain A and resid...
211(chain B and resid 336:391) or (chain B and resid...
311(chain C and resid 336:391) or (chain C and resid...
411(chain D and resid 336:391) or (chain D and resid...

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要素

#1: タンパク質
Ig epsilon chain C region


分子量: 24719.891 Da / 分子数: 4
断片: IgE Fc Cepsilon3-Cepsilon4 fragment (unp residues 210-426)
変異: C328A, G335C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01854
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 20 mM sodium acetate, pH 4.6, 28.8% (w/v) PEG 4000, 2% (w/v) Anapoe -X-405, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.00757 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月3日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00757 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→30 Å / Num. all: 30718 / Num. obs: 29836 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.61→2.77 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→29.204 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 1395 4.68 %
Rwork0.1897 --
obs0.1924 29833 97.24 %
all-30718 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7573 Å2-0 Å23.4062 Å2
2---0.1393 Å20 Å2
3----1.6181 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→29.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6723 0 233 126 7082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1949766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.752778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051227
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1495X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1495X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.06
13C1495X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.062
14D1506X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6102-2.70350.32451860.26182626X-RAY DIFFRACTION92
2.7035-2.81160.3317930.25982849X-RAY DIFFRACTION98
2.8116-2.93950.29421860.23392805X-RAY DIFFRACTION98
2.9395-3.09430.3061930.23112915X-RAY DIFFRACTION98
3.0943-3.28790.30181860.21292792X-RAY DIFFRACTION98
3.2879-3.54140.27541860.19782817X-RAY DIFFRACTION98
3.5414-3.8970.2699930.18842901X-RAY DIFFRACTION98
3.897-4.45920.2271860.16212823X-RAY DIFFRACTION98
4.4592-5.61160.18431860.15462861X-RAY DIFFRACTION98
5.6116-29.20571000000000.17273049X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6330.2286-0.1530.38860.11540.78960.08670.1676-0.3052-0.22510.0085-0.0741-0.104-0.2905-0.11480.04240.0416-0.01630.15490.10250.064371.47227.117231.5997
20.53650.2592-0.05021.008-0.16612.112-0.1-0.00720.1261-0.1919-0.2357-0.0110.39630.14570.11630.20440.08490.01830.20880.09680.14654.7739.439560.2748
30.7578-1.890.8284.7476-2.23832.23130.11990.19240.4008-0.2447-0.9397-1.39650.08420.82460.60190.13670.09230.17850.36810.24140.373215.651415.745663.5579
40.96680.0427-0.1990.65340.07420.4881-0.0984-0.0072-0.3345-0.2068-0.0041-0.0432-0.01180.01440.12070.13140.00770.0710.13530.04370.19015.45732.028932.6235
50.76410.4122-0.41780.44920.16191.07990.00520.0572-0.1290.0612-0.143-0.06820.1232-0.21080.13180.1265-0.07840.02210.12190.00570.191548.569211.217136.5228
61.0685-0.7129-0.86870.87530.34751.4694-0.17260.13450.01920.2679-0.0998-0.05190.291-0.28380.24910.1726-0.10740.08220.1856-0.0320.15242.502415.04752.4797
70.67790.31160.24760.80590.22260.89970.07880.0138-0.12930.1356-0.26960.06870.1896-0.07740.05440.1982-0.07870.03660.1234-0.04490.1617-7.796529.192854.8874
80.57240.17980.41410.6610.51551.5796-0.16750.0946-0.20620.01930.076-0.1259-0.0980.24140.06880.0501-0.03210.00530.09630.01360.1188-10.64724.621838.2136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 336:435)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 336:435)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 336:435)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 336:435)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 440:541)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 440:541)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 440:541)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 440:541)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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