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万見
- PDB-4gsl: Crystal structure of an Atg7-Atg3 crosslinked complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gsl
タイトルCrystal structure of an Atg7-Atg3 crosslinked complex
要素
  • Autophagy-related protein 3
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Ubiquitin-like protein activation enzyme / Ubiquitin-like protein transfer enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / Atg8-family ligase activity / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / protein modification by small protein conjugation / C-terminal protein lipidation / phagophore / glycophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway ...Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / Atg8-family ligase activity / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / protein modification by small protein conjugation / C-terminal protein lipidation / phagophore / glycophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / cellular response to nitrogen starvation / phagophore assembly site / protein targeting to membrane / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / autophagosome assembly / Neutrophil degranulation / macroautophagy / autophagy / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin-like-conjugating enzyme Atg3/Atg10 / Autophagocytosis associated protein, active-site domain / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminus / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme ...: / Ubiquitin-like-conjugating enzyme Atg3/Atg10 / Autophagocytosis associated protein, active-site domain / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminus / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 / Autophagy-related protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.703 Å
データ登録者Kaiser, S.E. / Mao, K. / Taherbhoy, A.M. / Yu, S. / Olszewski, J.L. / Duda, D.M. / Kurinov, I. / Deng, A. / Fenn, T.D. / Klionsky, D.J. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Noncanonical E2 recruitment by the autophagy E1 revealed by Atg7-Atg3 and Atg7-Atg10 structures.
著者: Kaiser, S.E. / Mao, K. / Taherbhoy, A.M. / Yu, S. / Olszewski, J.L. / Duda, D.M. / Kurinov, I. / Deng, A. / Fenn, T.D. / Klionsky, D.J. / Schulman, B.A.
履歴
登録2012年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22012年12月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
C: Autophagy-related protein 3
D: Autophagy-related protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,4656
ポリマ－211,3344
非ポリマー1312
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14510 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area63660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)281.556, 125.083, 71.079
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.320, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 / ATG12-activating enzyme E1 ATG7 / Autophagy-related protein 7 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 2


分子量: 69692.211 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-613 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APG7, ATG7, CVT2, YHR171W / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD / 参照: UniProt: P38862
#2: タンパク質 Autophagy-related protein 3 / Autophagy-related E2-like conjugation enzyme ATG3


分子量: 35974.973 Da / 分子数: 2 / Mutation: C41A, C76A, C83A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APG3, ATG3, AUT1, N2040, YNR007C / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P40344
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 100 mM sodium citrate, pH 5.8, 13.5% PEG4000, 10% isopropanol, 5% dioxane, 88 mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日
放射モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 65155 / Num. obs: 64845 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 3.615 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.840.55664000.609199
2.8-2.914.10.38464440.648199.1
2.91-3.044.10.2864490.685199.4
3.04-3.24.10.264640.748199.3
3.2-3.44.10.12964451199.6
3.4-3.664.10.08964591.669199.7
3.66-4.034.10.06765051.976199.6
4.03-4.624.10.05365113.378199.8
4.62-5.8140.05965254.587199.9
5.81-403.90.05664321.07199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3T7E, 3T7F, AND 2DYT

3t7e

3t7f

2dyt


解像度: 2.703→37.073 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.82 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 24.14 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 1901 2.94 %RANDOM
Rwork0.1927 ---
all0.1943 64763 --
obs0.1943 64763 98.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.889 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 224.79 Å2 / Biso mean: 70.5395 Å2 / Biso min: 13.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8972 Å2-0 Å2-4.4035 Å2
2---6.0097 Å20 Å2
3----0.8876 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.703→37.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12498 0 2 43 12543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21417321
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1714756
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.703-2.77020.36711230.29164022414588
2.7702-2.8450.36041250.27374483460899
2.845-2.92870.33011490.24564477462699
2.9287-3.02320.29661390.22494486462599
3.0232-3.13120.30681420.21774524466699
3.1312-3.25650.25091410.203645004641100
3.2565-3.40460.30721300.21944500463099
3.4046-3.5840.23631360.198145604696100
3.584-3.80830.20681380.176244904628100
3.8083-4.1020.23131370.176145394676100
4.102-4.51420.20851330.165745624695100
4.5142-5.16590.2311360.156345564692100
5.1659-6.50280.24181340.209845914725100
6.5028-37.07680.21981380.18124572471098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9342-0.531-0.01481.0321-0.01540.3273-0.0660.06740.293-0.1311-0.01770.14640.1012-0.07410.05570.2037-0.0504-0.05750.2424-0.06910.171647.2135-67.3743-31.223
20.81950.40860.41871.05550.46660.63080.2378-0.0186-0.33370.0416-0.0140.14330.0836-0.0935-0.04790.12020.0601-0.02580.1273-0.02880.085341.0713-27.812-0.7874
32.94550.04790.22191.9698-0.03113.6370.02380.7559-0.1415-0.9625-0.01210.71530.0813-0.6597-0.07150.591-0.0014-0.24820.3677-0.06210.494139.1109-9.9066-14.2146
42.86320.2066-0.22292.2564-0.19043.0585-0.0966-0.37230.04040.3893-0.01861.19980.1038-1.1010.01680.3794-0.00630.10370.4857-0.11020.797339.0288-86.9611-19.889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(Chain A)A0
2X-RAY DIFFRACTION2(Chain B)B0
3X-RAY DIFFRACTION3(Chain C)C0
4X-RAY DIFFRACTION4(Chain D)D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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