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万見
- PDB-4gsi: DNA Holliday junction stabilized by fluorine halogen bond. F2J co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gsi
タイトルDNA Holliday junction stabilized by fluorine halogen bond. F2J construct of related reference.
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(UFP)P*CP*GP*G)-3')
キーワードDNA / DNA Holliday junction / halogen bond
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Ho, P.S. / Carter, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Enthalpy-entropy compensation in biomolecular halogen bonds measured in DNA junctions.
著者: Carter, M. / Voth, A.R. / Scholfield, M.R. / Rummel, B. / Sowers, L.C. / Ho, P.S.
履歴
登録2012年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(UFP)P*CP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(UFP)P*CP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(UFP)P*CP*GP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(UFP)P*CP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3808
ポリマ－24,3808
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.213, 23.917, 77.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-311-

HOH

21H-302-

HOH

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(UFP)P*CP*GP*G)-3')


分子量: 3064.968 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetically engineered DNA sequence
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3029.994 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetically engineered DNA sequence
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.7mM DNA, 25mM sodium cacodylate pH 7.0 buffer, 10-25mM calcium chloride, and 0.8-1.2mM spermine, equilibrated against a reservoir of 30-40% aqueous MPD, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→55 Å / Num. all: 6763 / Num. obs: 3910 / % possible obs: 24.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 5.397 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.04-2.133.40.207263.31413.3
2.13-2.244.50.2821724.319122.3
2.24-2.3850.2653951.649149.9
2.38-2.565.20.2455564.698171.1
2.56-2.825.60.2026026.298175.7
2.82-3.235.60.0996284.485178
3.23-4.075.20.0686919.417185.8
4.07-556.20.0458404.656199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ORG

2org


解像度: 2.38→32.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / Data cutoff high absF: 27432 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 180 5.3 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all-4947 --
obs-3398 74.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 85.8826 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 39.21 Å2 / Biso mean: 15.9929 Å2 / Biso min: 0.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.48 Å20 Å20.88 Å2
2--3.58 Å20 Å2
3----6.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→32.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1616 0 100 1716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.065 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 31 8.2 %
Rwork0.331 347 -
all-378 -
obs--51.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1mcdna-rna_rep.parammcdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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