PDB-4gsd: H5.3 Fab Structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gsd

タイトル

H5.3 Fab Structure

要素

H5.3 Fab Heavy Chain
H5.3 Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / immune response / influenza H5 Hemagglutanin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.251 Å

データ登録者

Spiller, B.W. / Winarski, K.L.

引用

ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2013
タイトル: Human antibodies that neutralize respiratory droplet transmissible H5N1 influenza viruses.
著者: Thornburg, N.J. / Nannemann, D.P. / Blum, D.L. / Belser, J.A. / Tumpey, T.M. / Deshpande, S. / Fritz, G.A. / Sapparapu, G. / Krause, J.C. / Lee, J.H. / Ward, A.B. / Lee, D.E. / Li, S. / ...

履歴

登録	2012年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gsd.cif.gz	180.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gsd.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gsd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gsd_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gsd_full_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示
XML形式データ	4gsd_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	4gsd_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gsd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fgwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yhy-1 5n4j-d 5tqa-2 6wyr-2 5kg9-2 5y9k-d 2vq1-2 5wca-d 4yo0-2 5n2k-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: H5.3 Fab Light Chain

H: H5.3 Fab Heavy Chain

46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.430, 150.430, 70.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: 抗体	H5.3 Fab Light Chain 分子量: 22834.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEE12.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	H5.3 Fab Heavy Chain 分子量: 23810.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEE6.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 24% PEG 1500 and 20% glycerol, 21 mg/mL protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 43328 / Num. obs: 43198 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4274 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FGW

1fgw

解像度: 2.251→40.372 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2031	2173	5.03 %	random, throughout
R_work	0.1723	-	-	-
obs	0.1738	43167	99.67 %	-
all	-	43297	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.251→40.372 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3211	0	0	188	3399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.136	4508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.442	1161
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	518
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	572

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.251-2.2995	0.2676	139	0.236	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2995-2.3529	0.2606	149	0.2163	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3529-2.4118	0.2375	122	0.21	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4118-2.477	0.228	118	0.2081	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.5498	0.2572	155	0.2018	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5498-2.6321	0.2417	137	0.2003	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6321-2.7262	0.2142	143	0.1883	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7262-2.8353	0.2184	137	0.1792	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8353-2.9643	0.2149	156	0.1817	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9643-3.1205	0.2251	120	0.1795	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1205-3.316	0.2304	145	0.1819	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.316-3.5719	0.2144	111	0.1806	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5719-3.931	0.1704	144	0.1649	2555	X-RAY DIFFRACTION	99
3.931-4.4992	0.171	122	0.1423	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4992-5.6661	0.1654	132	0.1415	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6661-40.372	0.2012	143	0.1741	2624	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.219	-1.7727	2.0239	3.6265	-1.1765	4.7821	-0.0828	1.0343	-0.3626	-0.2616	-0.1147	0.0134	-0.3871	0.0919	0.1687	0.3739	-0.0463	0.0232	0.9965	-0.095	0.5401	0.1523	-60.1726	-8.1799
2	4.1407	0.9936	2.0459	0.592	0.0403	1.5968	0.0329	0.4048	0.1164	0.0824	0.0719	-0.1701	-0.1712	0.4125	-0.0692	0.3962	0.1401	-0.0044	0.5455	-0.0709	0.4678	-23.6934	-59.145	-7.1496
3	1.5241	1.2117	0.1918	3.0099	-0.1383	5.3079	0.0034	0.0244	0.1983	-0.0358	0.0396	-0.0076	-0.5621	-0.0905	-0.016	0.3473	0.1541	-0.0322	0.4461	-0.0178	0.3125	-38.4871	-56.5726	-12.8195
4	5.9559	-1.747	-0.2036	3.8128	0.0521	2.9728	-0.0795	-0.7106	-0.3935	0.0814	-0.2175	-0.0759	-0.1529	0.5228	0.2813	0.3838	-0.0186	0.0033	0.9217	0.0923	0.5582	-8.9097	-60.5973	13.1263
5	7.0407	-1.9199	-0.4631	1.1232	0.3035	0.6278	-0.1234	-1.2828	-0.0037	0.2804	0.1328	-0.2061	-0.2876	0.5687	0.0139	0.4281	-0.0526	-0.0321	1.0027	0.0206	0.5252	-4.9833	-59.1028	14.1752
6	3.3095	1.2891	2.056	1.9628	1.3812	4.559	-0.0868	0.1944	0.2327	-0.1862	-0.0837	0.1661	-0.1749	0.1691	0.1888	0.3263	0.1342	-0.0118	0.461	0.0036	0.3622	-33.9979	-64.3803	-0.1957
7	3.8701	0.4682	1.7061	1.5924	0.4203	4.1827	0.1827	-0.1115	-0.4689	0.2425	-0.2228	0.2381	0.7444	-0.1383	-0.0246	0.3853	0.1372	0.0016	0.4425	-0.0223	0.3935	-35.8621	-73.1688	1.0375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resseq 5:91)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resseq 92:130)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resseq 131:211)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resseq 2:52)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resseq 53:121)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resseq 122:187)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resseq 188:223)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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