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- PDB-4gsd: H5.3 Fab Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gsd
タイトルH5.3 Fab Structure
要素
  • H5.3 Fab Heavy Chain
  • H5.3 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / immune response / influenza H5 Hemagglutanin
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者Spiller, B.W. / Winarski, K.L.
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2013
タイトル: Human antibodies that neutralize respiratory droplet transmissible H5N1 influenza viruses.
著者: Thornburg, N.J. / Nannemann, D.P. / Blum, D.L. / Belser, J.A. / Tumpey, T.M. / Deshpande, S. / Fritz, G.A. / Sapparapu, G. / Krause, J.C. / Lee, J.H. / Ward, A.B. / Lee, D.E. / Li, S. / ...著者: Thornburg, N.J. / Nannemann, D.P. / Blum, D.L. / Belser, J.A. / Tumpey, T.M. / Deshpande, S. / Fritz, G.A. / Sapparapu, G. / Krause, J.C. / Lee, J.H. / Ward, A.B. / Lee, D.E. / Li, S. / Winarski, K.L. / Spiller, B.W. / Meiler, J. / Crowe, J.E.
履歴
登録2012年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年10月23日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: H5.3 Fab Light Chain
H: H5.3 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6452
ポリマ－46,6452
非ポリマー00
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.430, 150.430, 70.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: 抗体 H5.3 Fab Light Chain


分子量: 22834.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEE12.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 H5.3 Fab Heavy Chain


分子量: 23810.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEE6.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 24% PEG 1500 and 20% glycerol, 21 mg/mL protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 43328 / Num. obs: 43198 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 42.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4274 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FGW

1fgw


解像度: 2.251→40.372 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 2173 5.03 %random, throughout
Rwork0.1723 ---
obs0.1738 43167 99.67 %-
all-43297 --
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→40.372 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3211 0 0 188 3399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1364508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4421161
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.251-2.29950.26761390.2362526X-RAY DIFFRACTION100
2.2995-2.35290.26061490.21632542X-RAY DIFFRACTION100
2.3529-2.41180.23751220.212558X-RAY DIFFRACTION100
2.4118-2.4770.2281180.20812584X-RAY DIFFRACTION100
2.477-2.54980.25721550.20182525X-RAY DIFFRACTION100
2.5498-2.63210.24171370.20032544X-RAY DIFFRACTION100
2.6321-2.72620.21421430.18832567X-RAY DIFFRACTION100
2.7262-2.83530.21841370.17922541X-RAY DIFFRACTION100
2.8353-2.96430.21491560.18172549X-RAY DIFFRACTION100
2.9643-3.12050.22511200.17952563X-RAY DIFFRACTION100
3.1205-3.3160.23041450.18192556X-RAY DIFFRACTION100
3.316-3.57190.21441110.18062586X-RAY DIFFRACTION100
3.5719-3.9310.17041440.16492555X-RAY DIFFRACTION99
3.931-4.49920.1711220.14232598X-RAY DIFFRACTION100
4.4992-5.66610.16541320.14152576X-RAY DIFFRACTION99
5.6661-40.3720.20121430.17412624X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.219-1.77272.02393.6265-1.17654.7821-0.08281.0343-0.3626-0.2616-0.11470.0134-0.38710.09190.16870.3739-0.04630.02320.9965-0.0950.54010.1523-60.1726-8.1799
24.14070.99362.04590.5920.04031.59680.03290.40480.11640.08240.0719-0.1701-0.17120.4125-0.06920.39620.1401-0.00440.5455-0.07090.4678-23.6934-59.145-7.1496
31.52411.21170.19183.0099-0.13835.30790.00340.02440.1983-0.03580.0396-0.0076-0.5621-0.0905-0.0160.34730.1541-0.03220.4461-0.01780.3125-38.4871-56.5726-12.8195
45.9559-1.747-0.20363.81280.05212.9728-0.0795-0.7106-0.39350.0814-0.2175-0.0759-0.15290.52280.28130.3838-0.01860.00330.92170.09230.5582-8.9097-60.597313.1263
57.0407-1.9199-0.46311.12320.30350.6278-0.1234-1.2828-0.00370.28040.1328-0.2061-0.28760.56870.01390.4281-0.0526-0.03211.00270.02060.5252-4.9833-59.102814.1752
63.30951.28912.0561.96281.38124.559-0.08680.19440.2327-0.1862-0.08370.1661-0.17490.16910.18880.32630.1342-0.01180.4610.00360.3622-33.9979-64.3803-0.1957
73.87010.46821.70611.59240.42034.18270.1827-0.1115-0.46890.2425-0.22280.23810.7444-0.1383-0.02460.38530.13720.00160.4425-0.02230.3935-35.8621-73.16881.0375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resseq 5:91)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resseq 92:130)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resseq 131:211)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resseq 2:52)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resseq 53:121)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resseq 122:187)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resseq 188:223)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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