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- PDB-4gs9: Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gs9
タイトルCrystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with an inactive benzoxadiazole antagonist
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / PAS fold / protein-protein interactions / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation ...myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation / norepinephrine metabolic process / Xenobiotics / surfactant homeostasis / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / blood vessel remodeling / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / visual perception / NPAS4 regulates expression of target genes / Pexophagy / positive regulation of glycolytic process / regulation of heart rate / mitochondrion organization / erythrocyte differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / PPARA activates gene expression / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / nuclear body / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain ...HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0XB / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Endothelial PAS domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Scheuermann, T.H. / Gardner, K.H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Development of Inhibitors of the PAS-B Domain of the HIF-2 alpha Transcription Factor
著者: Rogers, J.L. / Bayeh, L. / Scheuermann, T.H. / Longgood, J. / Key, J. / Naidoo, J. / Melito, L. / Shokri, C. / Frantz, D.E. / Bruick, R.K. / Gardner, K.H. / Macmillan, J.B. / Tambar, U.K.
履歴
登録2012年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4264
ポリマ－27,7812
非ポリマー6452
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.745, 83.054, 41.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-580-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / ...EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / bHLHe73 / HIF-1-alpha-like factor / HLF / Hypoxia-inducible factor 2-alpha / HIF-2-alpha / HIF2-alpha / Member of PAS protein 2 / PAS domain-containing protein 2


分子量: 13538.300 Da / 分子数: 1 / 断片: HIF2 PAS-B domain, UNP residues 239-350 / 変異: R247E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BHLHE73, EPAS1, HIF2, HIF2A, MOP2, PASD2 / プラスミド: pHIS-GB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CondonPlus / 参照: UniProt: Q99814
#2: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear ...ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1-beta / HIF1-beta


分子量: 14243.098 Da / 分子数: 1 / 断片: ARNT PAS-B domain, UNP residues 356-470 / 変異: E362R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNT, BHLHE2 / プラスミド: pHIS-GB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CondonPlus / 参照: UniProt: P27540
#3: 化合物 ChemComp-0XB / N-(3-fluorophenyl)-4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-5-amine


分子量: 274.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7FN4O3
#4: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE SMALL MOLECULE LIGAND BOUND TO THE HIF2ALPHA PAS-B DOMAIN IN THIS ENTRY IS IDENTICAL TO ...THE SMALL MOLECULE LIGAND BOUND TO THE HIF2ALPHA PAS-B DOMAIN IN THIS ENTRY IS IDENTICAL TO COMPOUND (23), WHICH DESCRIBED IN THE PRIMARY PUBLICATION ASSOCIATED WITH THIS ENTRY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: 20% PEG 3350 50 mM BISTRIS, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9717767
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月17日
放射モノクロメーター: CUSTOM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9717767 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 24715 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3F1P

3f1p


解像度: 1.72→30.67 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 1279 5.17 %
Rwork0.174 --
obs0.175 24715 99.1 %
all-24724 -
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.33 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9111 Å2-0 Å2-0.3106 Å2
2---3.0753 Å2-0 Å2
3---0.1643 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→30.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1773 0 45 121 1939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1962724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.282761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7205-1.78930.31221700.2352499X-RAY DIFFRACTION97
1.7893-1.87080.24831350.20972594X-RAY DIFFRACTION99
1.8708-1.96940.2371510.1812615X-RAY DIFFRACTION99
1.9694-2.09270.19561220.16372607X-RAY DIFFRACTION100
2.0927-2.25430.19211420.16572600X-RAY DIFFRACTION100
2.2543-2.4810.19591250.16222630X-RAY DIFFRACTION100
2.481-2.83980.20731430.17132637X-RAY DIFFRACTION100
2.8398-3.5770.17811560.16242614X-RAY DIFFRACTION100
3.577-30.6740.19721350.17752640X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7363-2.4619-4.09247.11313.66787.676-0.29360.4723-0.6645-0.06290.1202-0.29910.69040.40320.13030.2151-0.02890.00690.3178-0.10640.28819.2428-52.41548.2445
24.3064-3.9194-1.79953.91420.80977.27860.1080.0863-0.04790.5573-0.25380.1546-0.3565-0.14310.09960.2016-0.0577-0.01420.1426-0.04540.216213.8207-42.069617.9956
37.87085.73-3.43577.1712-0.04329.0545-0.03110.0597-1.47840.3103-0.1315-1.55380.68970.20230.24240.20980.0004-0.08270.29190.00910.52125.1604-49.779911.374
41.63520.2876-2.58026.498-0.96134.9527-0.0052-0.1712-0.10390.3967-0.06-0.6780.01330.20350.11940.2177-0.0588-0.10310.174-0.01360.294221.2152-38.802314.6128
58.3146.5347-6.15148.0992-5.10328.1373-0.0410.44111.08610.07640.30020.7905-0.509-0.6205-0.20290.20040.028-0.08350.19830.00850.29517.0468-35.93896.3199
63.1994-0.0418-2.5163.9517-0.82044.3674-0.1540.2194-0.0496-0.2053-0.0399-0.398-0.13460.15820.1310.1543-0.0364-0.01320.1771-0.00440.166816.3238-42.35925.4721
75.45460.7224-1.31066.5616-0.17417.12110.01850.06670.0134-0.1623-0.0866-0.1107-0.12130.20510.12130.1383-0.0217-0.02770.1012-0.02280.13813.2787-46.543110.1229
85.9565-0.84231.70076.6919-1.40913.2721-0.11050.0790.0220.39990.160.0104-0.2692-0.1908-0.10350.2027-0.00150.01640.1592-0.03470.099112.023-59.60719.556
94.7882-0.53582.09629.0622-0.62836.56560.16180.18260.1125-0.3416-0.14240.5249-0.2991-0.6876-0.03770.16560.064-0.03090.2184-0.01280.157415.599-55.1528.713
104.3781-2.32483.06838.3962-5.26657.95130.3818-0.3274-0.0646-0.44340.17370.51480.7922-1.0836-0.46950.2008-0.0657-0.00350.30720.00690.182917.186-64.69925.931
113.88740.7623.09523.09753.36054.92980.2577-0.1541-0.34920.2232-0.0353-0.03870.4447-0.0293-0.19310.183-0.0294-0.01370.10350.01790.12341.131-67.07221.038
122.9592-1.96470.90828.0831-4.39512.3925-0.5412-0.96040.44141.0808-0.4334-0.2247-0.5076-0.37570.87370.35120.0532-0.00390.3747-0.05310.1932-1.429-55.2959.218
132.4056-0.4946-2.4541.78780.63345.6460.07530.1142-0.07110.03190.12130.0132-0.1588-0.0095-0.15070.15230.0256-0.00320.0960.01520.09814.521-60.40226.893
141.12110.86460.9470.81841.62846.1141-0.02390.27850.1591-1.35660.05170.06770.02250.4079-0.04850.40780.0530.05410.2315-0.00240.064411.12-58.8421.055
155.31772.2835-3.43775.0767-3.4383.26530.1369-0.0439-0.04930.1495-0.1808-0.1767-0.50390.3456-0.02830.1620.0061-0.01680.1489-0.0110.0873.716-55.27924.615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 0:248)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 249:258)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 259:265)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 266:282)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 283:299)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 300:326)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 327:348)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 360:377)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 378:384)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 385:395)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 396:417)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 418:422)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 423:446)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 447:455)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 456:468)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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