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- PDB-6d0b: Crystal structure of PT1614 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d0b
タイトルCrystal structure of PT1614 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Hif2a / Pas B domain / ARNT / hypoxia inducible factor / EPAS1
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / Cellular response to hypoxia / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of protein neddylation / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation ...myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / Cellular response to hypoxia / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of protein neddylation / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation / norepinephrine metabolic process / Xenobiotics / surfactant homeostasis / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / blood vessel remodeling / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Endogenous sterols / embryonic placenta development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / visual perception / regulation of heart rate / Pexophagy / erythrocyte differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of glycolytic process / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / mitochondrion organization / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to oxidative stress / angiogenesis / cellular response to hypoxia / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / nuclear speck / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / : / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif ...Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / : / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FOV / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Endothelial PAS domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Du, X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PT1614 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex
著者: Du, X.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1803
ポリマ－27,7812
非ポリマー3991
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area11650 Å2
2
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
ヘテロ分子

B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1803
ポリマ－27,7812
非ポリマー3991
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_544-x+1/2,y-1/2,-z-11
Buried area1720 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.841, 83.254, 41.474
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / ...EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / bHLHe73 / HIF-1-alpha-like factor / HLF / Hypoxia-inducible factor 2-alpha / HIF2-alpha / Member of PAS protein 2 / PAS domain-containing protein 2


分子量: 13538.300 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 239-350 / 変異: R14E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPAS1, BHLHE73, HIF2A, MOP2, PASD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99814
#2: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear ...ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF1-beta


分子量: 14243.098 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 356-470 / 変異: E13R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNT, BHLHE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27540
#3: 化合物 ChemComp-FOV / N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-2-nitro-4-[(trifluoromethyl)sulfonyl]aniline


分子量: 398.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H7ClF4N2O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Bis-Tris pH5.4, 16% PEG3350. Seeding right after setup using crushed crystals

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen vapor
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 31534 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.413 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3121 / CC1/2: 0.608 / Rpim(I) all: 0.48 / Rrim(I) all: 0.889 / Χ2: 1.4 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XT2

4xt2


解像度: 1.6→26.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.959 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.098
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2349 1593 5.1 %RANDOM
Rwork0.1984 ---
obs0.2003 29943 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.33 Å2 / Biso mean: 23.372 Å2 / Biso min: 10.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å2-0.21 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→26.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 25 149 1971
Biso mean--22.98 33.54 -
残基数----219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.021875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3151.9482535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1035217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24224.22797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.86515324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2191510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0211429
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 117 -
Rwork0.296 2158 -
all-2275 -
obs--98.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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