ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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CNS | 1.2 | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ORG 解像度: 1.9→23.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 378015 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.261 | 345 | 10.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.235 | - | - | - |
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all | - | 4645 | - | - |
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obs | - | 3423 | 73.7 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.9687 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 51.95 Å2 / Biso mean: 31.4219 Å2 / Biso min: 15.72 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -6.64 Å2 | 0 Å2 | -0.06 Å2 |
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2- | - | 7.2 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.56 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.33 Å | 0.29 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.29 Å | 0.26 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.3 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 404 | 0 | 73 | 477 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg0.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d18.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.359 | 49 | 10.1 % |
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Rwork | 0.353 | 436 | - |
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all | - | 485 | - |
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obs | - | - | 63.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | dna-rna_rep.param | dna-rna.top | X-RAY DIFFRACTION | 2 | ion.param | X-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.param | | |
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