PDB-4grq: Characterization of N- and C- terminus mutants of human MIF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4grq

タイトル

Characterization of N- and C- terminus mutants of human MIF

要素

Macrophage migration inhibitory factor

キーワード

cytokine / Isomerase / alpha/beta mixture

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / positive regulation of protein kinase A signaling / protein homotrimerization / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Fan, C. / Lolis, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Characterization of N- and C- terminus mutants of human MIF
著者: Fan, C. / Lolis, E.

履歴

登録	2012年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4grq.cif.gz	211.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4grq.ent.gz	175.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4grq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4grq_validation.pdf.gz	467.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4grq_full_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示
XML形式データ	4grq_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	4grq_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4grrC 4grn 4gro 4grp 4gru C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gru-d 4plu-d 3smb-d 4p0h-d 6bg7-d 6fvh-d 5bsi-4 5bsi-1 6oy8-d 6oyb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Macrophage migration inhibitory factor

B: Macrophage migration inhibitory factor

C: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

38 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.369, 95.369, 103.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase 分子量: 12497.211 Da / 分子数: 3 / 変異: Pro1-Ala2 are insertions / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: human / 遺伝子: GLIF, MIF, MMIF / プラスミド: pET11b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-AVL / 2-methyl-1-[2-(propan-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyridin-3-yl]propan-1-one / イブジラスト分子量: 230.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈N₂O / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化	温度: 310 K / pH: 6.5 詳細: 1.6M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月10日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→50 Å / Num. obs: 93378 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 1.65→1.72 Å / 冗長度: 17.1 % / R_merge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / R_sym value: 0.555 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MIF

解像度: 1.65→47.68 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.161	3314	5.08 %
R_work	0.137	-	-
obs	0.139	65293	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.7241 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.7241 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.4482 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2631	0	28	505	3164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	2780
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.748	3803
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.017	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	421
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6515-1.6751	0.18	130	0.1615	2492	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6751-1.7001	0.1714	125	0.1539	2545	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7001-1.7267	0.2067	127	0.153	2534	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7267-1.755	0.1865	149	0.1494	2507	X-RAY DIFFRACTION	98
1.755-1.7852	0.1638	151	0.1471	2535	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7852-1.8177	0.1609	142	0.1403	2518	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8177-1.8527	0.173	131	0.1346	2573	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8527-1.8905	0.1391	133	0.1272	2557	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8905-1.9316	0.1451	149	0.1266	2553	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9316-1.9765	0.1644	131	0.1249	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9765-2.026	0.1381	154	0.1252	2550	X-RAY DIFFRACTION	99
2.026-2.0807	0.1356	141	0.1158	2557	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0807-2.142	0.152	129	0.1196	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.142-2.2111	0.1468	135	0.1226	2570	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2111-2.2901	0.161	143	0.1304	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2901-2.3818	0.1551	141	0.1314	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3818-2.4902	0.2039	141	0.1386	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4902-2.6215	0.1823	157	0.1445	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6215-2.7857	0.1604	140	0.1539	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7857-3.0008	0.1786	129	0.1484	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0008-3.3027	0.1681	121	0.1432	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3027-3.7804	0.1465	120	0.126	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7804-4.7622	0.1341	155	0.1204	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7622-47.7044	0.1807	140	0.1693	2780	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7987	-0.6046	-0.6324	0.8829	0.2779	2.0207	-0.0275	-0.1578	0.0479	0.0582	0.0607	-0.1217	-0.019	0.0632	-0.0021	0.0946	-0.0309	-0.0029	0.0917	-0.0029	0.0977	-23.9966	39.1853	8.3724
2	1.453	0.1077	0.0127	1.0592	0.0461	2.2305	-0.0385	-0.0112	0.0247	0.0323	0.0422	-0.0573	0.0183	0.0566	0.014	0.0693	-0.019	-0.0024	0.0609	-0.0049	0.0948	-23.9822	37.7483	1.4664
3	2.2324	0.2964	0.364	0.9319	-0.0557	0.4964	0.0173	-0.117	0.2243	0.0461	-0.039	-0.0207	-0.0694	-0.0076	0.0323	0.1221	-0.0274	-0.0091	0.1336	-0.0017	0.1301	-27.098	49.1891	3.3216
4	2.401	0.5406	-0.6549	0.9202	-0.1909	1.0457	-0.0061	0.0283	0.1131	-0.0102	-0.0086	0.041	-0.0537	-0.0168	-0.0009	0.0908	-0.0125	-0.0016	0.0805	-0.0123	0.0903	-33.2352	40.0185	0.8479
5	0.8803	0.4713	0.5183	1.0851	0.4784	0.932	0.0508	-0.047	-0.1462	-0.0035	0.0201	-0.0104	0.0963	-0.0155	-0.079	0.1384	-0.0172	-0.0145	0.0834	-0.0084	0.1274	-36.5314	18.7591	0.8208
6	1.4861	0.2724	0.4829	2.093	0.6535	1.486	0.0706	0.0212	-0.1324	-0.0453	0.008	-0.0931	0.1057	0.1073	-0.0629	0.0911	-0.0096	-0.0041	0.074	0.0141	0.1007	-33.849	24.4635	1.8065
7	0.5286	-0.4839	0.4016	0.6376	-0.3449	2.4022	0.0767	-0.0523	-0.0354	-0.086	0.017	0.1271	0.1604	-0.0177	-0.0687	0.1131	-0.0155	-0.0214	0.0826	-0.0114	0.1089	-41.1776	29.2943	-4.4139
8	3.3098	-1.3827	2.2557	3.2958	-1.9289	3.4072	0.198	-0.3433	-0.1853	-0.0254	0.0258	0.3302	0.344	-0.3531	-0.1414	0.1679	-0.0554	0.009	0.1453	-0.02	0.158	-46.0956	24.2208	4.4694
9	2.3696	-0.6427	1.5296	0.8045	-0.0795	4.6793	0.0157	-0.1713	-0.1047	0.0234	0.083	0.1517	0.0344	-0.1634	-0.0511	0.0715	-0.0248	0.0107	0.0863	-0.018	0.0837	-39.4903	29.2034	7.6836
10	1.1477	-0.1447	-0.0819	1.6886	0.3242	1.6654	-0.0234	0.1383	-0	-0.3036	0.0279	-0.0378	-0.087	-0.0229	0.0393	0.1759	-0.0374	-0.0271	0.1173	-0.021	0.1125	-37.7356	28.5405	-19.5413
11	1.2693	-0.4927	0.238	2.1623	-1.9683	2.0038	0.0691	0.0719	0.1625	0.101	-0.1664	-0.1175	-0.2423	0.0474	0.05	0.1348	-0.0364	0.0028	0.1032	-0.0149	0.1265	-24.966	35.1444	-11.7436
12	4.5877	1.0374	-2.9726	1.8811	-1.7893	3.7028	0.1055	0.4449	0.2771	-0.1665	0.0647	-0.6436	-0.0094	0.8337	-0.2255	0.2173	0.0203	0.0275	0.351	-0.0694	0.3528	-16.07	20.4812	-10.7673
13	3.6907	-1.663	1.9514	4.0959	-1.708	1.2532	-0.0813	0.8328	0.0756	-0.6388	-0.0551	-0.3601	0.1151	0.7071	0.1044	0.264	-0.0838	0.0825	0.3193	-0.0329	0.1967	-17.8721	33.7758	-19.6538
14	1.5286	0.6336	0.1235	1.0456	-0.008	1.2415	-0.0545	0.1278	-0.0645	-0.1282	0.0769	-0.1153	-0.0607	0.2093	-0.0096	0.1359	-0.0272	0.0021	0.1288	-0.0207	0.1049	-25.3667	27.9681	-11.1115
15	1.4239	-0.3946	0.7999	2.9026	-0.2024	1.8249	0.0035	0.3114	-0.0659	-0.6649	0.0767	-0.0092	-0.0359	0.2239	-0.0515	0.2523	-0.0742	0.0289	0.2188	-0.0126	0.1423	-27.9333	31.5609	-22.3064
16	0.8409	0.6078	0.6128	2.7944	0.6382	1.0586	-0.0665	0.0928	0.0486	-0.2826	0.0393	0.1113	-0.0651	0.0786	0.0234	0.1202	-0.037	0.0045	0.1198	0.0049	0.0906	-29.2239	36.698	-12.1476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 89 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 90 through 116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 32 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 33 through 58 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 59 through 70 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 71 through 89 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 90 through 102 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 103 through 116 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 9 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 10 through 19 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 20 through 32 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 33 through 65 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 66 through 89 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 90 through 116 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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