PDB-4grg: Crystal structure of IgE complexed with E2_79, an anti-IgE inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4grg

タイトル

Crystal structure of IgE complexed with E2_79, an anti-IgE inhibitor

要素

ANTI-IGE INHIBITOR E2_79
Ig epsilon chain C region

キーワード

IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / Ig-fold / immunity / high/low affinity receptor / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.24 Å

データ登録者

Kim, B. / Jardetzky, T.S.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Accelerated disassembly of IgE-receptor complexes by a disruptive macromolecular inhibitor.
著者: Kim, B. / Eggel, A. / Tarchevskaya, S.S. / Vogel, M. / Prinz, H. / Jardetzky, T.S.

履歴

登録	2012年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4grg.cif.gz	281.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4grg.ent.gz	241.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4grg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4grg_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4grg_full_validation.pdf.gz	482.2 KB	表示
XML形式データ	4grg_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	4grg_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7bdv-2 4uyg-d 4p4n-d 2no4-2 6792 2hvy-d 5lup-d 6c1k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ANTI-IGE INHIBITOR E2_79

B: ANTI-IGE INHIBITOR E2_79

C: Ig epsilon chain C region

D: Ig epsilon chain C region

80.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.315, 71.315, 178.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain C and (resseq 333:392 or resseq 394:423 or resseq...
2	1	1	chain D and (resseq 333:392 or resseq 394:423 or resseq...
1	1	2	chain A and (resseq 12:135 )
2	1	2	chain B and (resseq 12:135 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

One biological assembly consisting of one IgE-Fc and two E2_79 is observed in an asymmetric unit.

#1: タンパク質	ANTI-IGE INHIBITOR E2_79 分子量: 14647.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7MTK7*PLUS
#2: タンパク質	Ig epsilon chain C region 分子量: 25637.812 Da / 分子数: 2 / Fragment: IG-LIKE DOMAINS 3 AND 4, RESIDUES 210-428 / Mutation: G216C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P01854

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.2, 5% (w/v) PEG-3000, 25% (v/v) 1,2-propanediol, 10% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月8日
放射	モノクロメーター: Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.24→178.52 Å / Num. all: 9512 / Num. obs: 8467 / % possible obs: 89.01 % / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 4.24→4.31 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PHASES		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 4.24→29.753 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU ML: 1.43 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 40.07 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE NATIVE DATA WERE SUBMITTED TO THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER, WHICH INDICATED SIGNIFICANT ANISOTROPY WITH PRINCIPLE COMPONENTS OF 20. ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3378	303	4.74 %
R_work	0.2704	-	-
obs	0.2734	6399	89.17 %
all	-	9512	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 225.985 Å² / k_sol: 0.327 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.63 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.7428 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.24→29.753 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5154	0	0	0	5154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5273
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.397	7183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.119	1898
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	823
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	942

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	C	1629	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	D	1629	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.272
2	1	A	891	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	891	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.2404-5.3375	0.3748	147	0.303	2699	X-RAY DIFFRACTION	79
5.3375-29.7541	0.3249	156	0.2603	3397	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1177	-6.7015	-4.7877	4.0326	-0.1288	2.0065	0.6931	-3.2331	-4.8446	2.1986	-3.4938	1.7911	2.9223	1.3135	-3.0571	3.455	-0.6344	0.562	1.1846	-0.468	2.6064	-3.6037	7.4162	-29.0708
2	5.9186	0.6389	-3.8963	-0.1218	-0.7265	4.9981	0.0621	-1.7918	3.0425	-0.8141	0.2347	1.5731	-0.8479	2.9487	0	2.2217	-0.2617	-0.0067	2.0206	-0.5245	2.1918	-9.555	7.538	-30.0495
3	1.4458	-2.6975	-0.5262	4.6409	-0.1741	-0.2288	1.3948	1.0033	-2.3128	3.4554	-3.3505	-2.7181	1.1203	-5.6867	0.067	2.357	-0.8683	-0.8283	1.8479	-0.9545	2.0446	-18.4471	6.7199	-26.5684
4	2.0206	-1.9822	-1.213	1.1852	1.1872	1.0581	-0.2244	3.1847	1.3951	-2.0895	0.9156	-2.5925	2.7885	-2.9196	0.0235	2.4735	-0.7293	0.0222	3.2088	-0.2989	3.5034	-27.1861	2.0576	-22.9586
5	0.3683	-0.3989	0.2916	0.2359	-0.3592	0.4426	2.6416	-4.646	-0.6393	2.4494	4.8636	1.7995	4.278	-0.7748	0.0895	6.6939	-1.4464	0.5277	3.8464	-0.9808	3.3565	-33.5345	8.1131	-17.4755
6	4.1297	6.7358	-4.7763	1.9001	2.0452	9.2701	3.8602	1.077	-2.2311	1.968	-1.2506	2.0397	1.1411	2.5688	-0.2963	3.4408	1.471	-0.4627	1.2311	-0.5178	3.3668	-4.5674	30.2814	32.9824
7	2.1338	-1.3229	2.849	6.6685	-1.4355	2.4505	-2.2416	-0.5972	2.103	-1.3217	-0.874	-1.5861	-0.3256	-0.6414	-0.0203	2.2106	0.4114	0.3411	1.9041	-0.7188	2.6121	-15.1347	35.4407	31.4223
8	3.1558	2.6843	5.3148	3.3255	2.5229	1.9299	3.9207	-5.001	-0.3805	2.0889	1.4082	-1.967	2.1262	-6.7862	0.9935	1.0032	1.1475	0.283	2.0844	-1.281	4.5721	-27.2266	39.1589	26.4735
9	0.8432	-1.4705	1.767	2.8714	-3.4932	3.9131	8.0925	1.5888	2.2497	-2.7409	2.6626	3.832	-1.1029	-2.0159	0.5391	5.6191	0.0914	0.7647	2.807	-0.6626	4.1911	-33.5818	33.0255	21.0858
10	7.4451	-0.0126	2.3599	3.8801	3.9298	2.6979	2.106	1.0967	-0.8658	1.0936	-2.221	0.9564	0.9017	-0.8582	-0.1276	3.0201	0.9316	0.5136	2.2371	0.4609	1.8271	-11.9594	37.3825	5.6445
11	8.5695	1.5552	-6.2471	0.8198	-0.2346	4.6715	-0.3957	1.5306	-0.1117	-0.2428	-0.3615	-0.844	0.0471	-1.2018	-0	2.9307	0.7889	0.3084	1.7793	0.1658	2.4229	-12.4337	38.4966	4.6087
12	0.9729	0.6611	0.6653	5.8317	-4.6578	4.536	0.2885	-0.9177	4.4133	2.4045	0.4514	3.3491	-1.5641	-1.232	0.5533	2.2095	0.5563	1.0354	2.1174	0.7258	3.0289	-13.0237	31.5565	12.3471
13	9.9219	-3.6744	-3.3772	10.686	-1.8221	7.1793	-0.0987	-0.4871	0.9278	0.1565	-0.3485	0.1522	-2.0287	1.1611	-0.0009	1.9588	-0.6112	0.0472	1.9266	0.2732	1.5592	14.365	29.2295	1.5198
14	2.6026	-2.2218	-4.8715	6.8474	0.695	6.007	0.6755	-1.2903	-2.5281	-1.6106	-2.376	4.1733	-2.0385	-0.6797	-0.6089	3.4685	-1.1727	-0.3172	1.8888	0.54	1.0135	-11.8764	3.5478	-2.4465
15	10.1555	2.7761	7.2473	0.2679	3.3862	4.8185	-0.7306	-1.7317	-0.2311	-0.5254	-0.2467	0.6382	-0.2504	-2.691	-0.0004	2.9817	-0.3062	-0.1527	1.8875	0.3002	2.3422	-12.294	2.6879	-1.5235
16	0.9207	-1.285	2.9894	8.9894	-4.9277	7.9694	-0.81	-1.9349	-3.143	-0.4533	0.7454	2.0837	2.2043	-2.469	0.1144	2.6512	-0.6743	-0.4176	2.403	0.5632	2.499	-12.9358	9.8168	-8.7096
17	10.4996	2.4614	5.4291	7.9018	0.4109	3.3015	-0.1125	0.0714	-0.1846	-0.166	-0.3815	-0.1307	2.1899	1.4624	-0.0004	2.1864	0.1979	-0.0094	2.053	0.3133	1.6861	14.3255	11.9503	2.0001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 12:24)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 25:56)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 57:92)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 93:122)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 123:135)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 12:32)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 33:92)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 93:122)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 123:135)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 332:384)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 385:421)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 422:443)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 444:545)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resseq 333:384)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 385:421)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 422:443)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 444:545)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)