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- PDB-4grg: Crystal structure of IgE complexed with E2_79, an anti-IgE inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4grg
タイトルCrystal structure of IgE complexed with E2_79, an anti-IgE inhibitor
要素
  • ANTI-IGE INHIBITOR E2_79
  • Ig epsilon chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / Ig-fold / immunity / high/low affinity receptor / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / type 2 immune response / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / immune response / inflammatory response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeats (many copies) / : / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...Ankyrin repeats (many copies) / : / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-ige inhibitor e2_79 / Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.24 Å
データ登録者Kim, B. / Jardetzky, T.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Accelerated disassembly of IgE-receptor complexes by a disruptive macromolecular inhibitor.
著者: Kim, B. / Eggel, A. / Tarchevskaya, S.S. / Vogel, M. / Prinz, H. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTI-IGE INHIBITOR E2_79
B: ANTI-IGE INHIBITOR E2_79
C: Ig epsilon chain C region
D: Ig epsilon chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5704
ポリマ－80,5704
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.315, 71.315, 178.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain C and (resseq 333:392 or resseq 394:423 or resseq...
211chain D and (resseq 333:392 or resseq 394:423 or resseq...
112chain A and (resseq 12:135 )
212chain B and (resseq 12:135 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細One biological assembly consisting of one IgE-Fc and two E2_79 is observed in an asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 ANTI-IGE INHIBITOR E2_79


分子量: 14647.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7MTK7*PLUS
#2: タンパク質 Ig epsilon chain C region


分子量: 25637.812 Da / 分子数: 2 / Fragment: IG-LIKE DOMAINS 3 AND 4, RESIDUES 210-428 / Mutation: G216C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01854
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.2, 5% (w/v) PEG-3000, 25% (v/v) 1,2-propanediol, 10% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月8日
放射モノクロメーター: Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.24→178.52 Å / Num. all: 9512 / Num. obs: 8467 / % possible obs: 89.01 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 4.24→4.31 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.1_743精密化
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.24→29.753 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU ML: 1.43 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 40.07 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE NATIVE DATA WERE SUBMITTED TO THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER, WHICH INDICATED SIGNIFICANT ANISOTROPY WITH PRINCIPLE COMPONENTS OF 20. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE NATIVE DATA WERE SUBMITTED TO THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER, WHICH INDICATED SIGNIFICANT ANISOTROPY WITH PRINCIPLE COMPONENTS OF 20.6 X 20.5 X -41.2 (ANGSTROM2) ALONG THE A*. B* AND C* AXES. THE DATA WERE TRUNCATED TO 4.2 ANGSTROM ALONG THE C* AXIS AND 4.5 ANGSTROM ALONG THE A*/B* AXES.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3378 303 4.74 %
Rwork0.2704 --
obs0.2734 6399 89.17 %
all-9512 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 225.985 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.63 Å20 Å2-0 Å2
2--7.63 Å20 Å2
3----13.7428 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.24→29.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5154 0 0 0 5154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3977183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1191898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006942
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C1629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D1629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.272
21A891X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B891X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2404-5.33750.37481470.3032699X-RAY DIFFRACTION79
5.3375-29.75410.32491560.26033397X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1177-6.7015-4.78774.0326-0.12882.00650.6931-3.2331-4.84462.1986-3.49381.79112.92231.3135-3.05713.455-0.63440.5621.1846-0.4682.6064-3.60377.4162-29.0708
25.91860.6389-3.8963-0.1218-0.72654.99810.0621-1.79183.0425-0.81410.23471.5731-0.84792.948702.2217-0.2617-0.00672.0206-0.52452.1918-9.5557.538-30.0495
31.4458-2.6975-0.52624.6409-0.1741-0.22881.39481.0033-2.31283.4554-3.3505-2.71811.1203-5.68670.0672.357-0.8683-0.82831.8479-0.95452.0446-18.44716.7199-26.5684
42.0206-1.9822-1.2131.18521.18721.0581-0.22443.18471.3951-2.08950.9156-2.59252.7885-2.91960.02352.4735-0.72930.02223.2088-0.29893.5034-27.18612.0576-22.9586
50.3683-0.39890.29160.2359-0.35920.44262.6416-4.646-0.63932.44944.86361.79954.278-0.77480.08956.6939-1.44640.52773.8464-0.98083.3565-33.53458.1131-17.4755
64.12976.7358-4.77631.90012.04529.27013.86021.077-2.23111.968-1.25062.03971.14112.5688-0.29633.44081.471-0.46271.2311-0.51783.3668-4.567430.281432.9824
72.1338-1.32292.8496.6685-1.43552.4505-2.2416-0.59722.103-1.3217-0.874-1.5861-0.3256-0.6414-0.02032.21060.41140.34111.9041-0.71882.6121-15.134735.440731.4223
83.15582.68435.31483.32552.52291.92993.9207-5.001-0.38052.08891.4082-1.9672.1262-6.78620.99351.00321.14750.2832.0844-1.2814.5721-27.226639.158926.4735
90.8432-1.47051.7672.8714-3.49323.91318.09251.58882.2497-2.74092.66263.832-1.1029-2.01590.53915.61910.09140.76472.807-0.66264.1911-33.581833.025521.0858
107.4451-0.01262.35993.88013.92982.69792.1061.0967-0.86581.0936-2.2210.95640.9017-0.8582-0.12763.02010.93160.51362.23710.46091.8271-11.959437.38255.6445
118.56951.5552-6.24710.8198-0.23464.6715-0.39571.5306-0.1117-0.2428-0.3615-0.8440.0471-1.2018-02.93070.78890.30841.77930.16582.4229-12.433738.49664.6087
120.97290.66110.66535.8317-4.65784.5360.2885-0.91774.41332.40450.45143.3491-1.5641-1.2320.55332.20950.55631.03542.11740.72583.0289-13.023731.556512.3471
139.9219-3.6744-3.377210.686-1.82217.1793-0.0987-0.48710.92780.1565-0.34850.1522-2.02871.1611-0.00091.9588-0.61120.04721.92660.27321.559214.36529.22951.5198
142.6026-2.2218-4.87156.84740.6956.0070.6755-1.2903-2.5281-1.6106-2.3764.1733-2.0385-0.6797-0.60893.4685-1.1727-0.31721.88880.541.0135-11.87643.5478-2.4465
1510.15552.77617.24730.26793.38624.8185-0.7306-1.7317-0.2311-0.5254-0.24670.6382-0.2504-2.691-0.00042.9817-0.3062-0.15271.88750.30022.3422-12.2942.6879-1.5235
160.9207-1.2852.98948.9894-4.92777.9694-0.81-1.9349-3.143-0.45330.74542.08372.2043-2.4690.11442.6512-0.6743-0.41762.4030.56322.499-12.93589.8168-8.7096
1710.49962.46145.42917.90180.41093.3015-0.11250.0714-0.1846-0.166-0.3815-0.13072.18991.4624-0.00042.18640.1979-0.00942.0530.31331.686114.325511.95032.0001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 12:24)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 25:56)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 57:92)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 93:122)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 123:135)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 12:32)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 33:92)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 93:122)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 123:135)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 332:384)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 385:421)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 422:443)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 444:545)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resseq 333:384)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resseq 385:421)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 422:443)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resseq 444:545)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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