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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gqp | ||||||
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タイトル | Structure based design of sub-nanomolar affinity anti-methamphetamine single chain antibodies. | ||||||
要素 | Anti-METH scFv | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Antibody METH complex / Immunoglobulin fold / anti-METH single chain antibody / free METH concentration / Methamphetamine / vasculature | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / (2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Thakkar, S. / Varughese, K.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014 タイトル: Affinity improvement of a therapeutic antibody to methamphetamine and amphetamine through structure-based antibody engineering. 著者: Thakkar, S. / Nanaware-Kharade, N. / Celikel, R. / Peterson, E.C. / Varughese, K.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gqp.cif.gz | 104.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gqp.ent.gz | 78.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4gqp_validation.pdf.gz | 441.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4gqp_full_validation.pdf.gz | 442.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4gqp_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4gqp_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/4gqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/4gqp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3gkzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 26806.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: both heavy and light chains are attached to each other by a polypeptide linker 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pPICZ alpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 |
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#2: 化合物 | ChemComp-B40 / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE NUMBERS FOR THIS ENTRY FOLLOW THE KABAT NUMBERING SCHEME. NUMBERING 1-112 CORRESPONDS ...THE SEQUENCE NUMBERS FOR THIS ENTRY FOLLOW THE KABAT NUMBERING SCHEME. NUMBERING 1-112 CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25 詳細: 0.917 M sodium citrate, pH 8.2, 0.324 M imidazole-malate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月25日 / 詳細: Rh coated flat mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 14299 / Num. obs: 14299 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 34.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3GKZ 解像度: 2→38.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.145 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.454 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→38.66 Å
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拘束条件 |
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