PDB-4gqf: Aeropyrum pernix Peroxiredoxin Q Enzyme in the Locally Unfolded C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gqf

タイトル

Aeropyrum pernix Peroxiredoxin Q Enzyme in the Locally Unfolded Conformation

要素

Thiol peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / dimer / PrxQ / BCP / locally-unfolded / CxxxxC / reduces peroxides / disulfide

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Perkins, A. / Karplus, P.A. / Gretes, M.C. / Nelson, K.J. / Poole, L.B.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Mapping the Active Site Helix-to-Strand Conversion of CxxxxC Peroxiredoxin Q Enzymes.
著者: Perkins, A. / Gretes, M.C. / Nelson, K.J. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2012年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

Remark 0

THIS ENTRY 4GQF REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R2CX3SF) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gqf.cif.gz	147.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gqf.ent.gz	119 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gqf_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gqf_full_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示
XML形式データ	4gqf_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	4gqf_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/4gqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/4gqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g2eC 4gqcC 2cx3S 2cx4 2g2e PDB 未公開エントリ 2gqc 2ywn S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w2x-1 4cnm-d 4n18-d 4buo-2 5kt0-d 3p1m-3 2w2x-2 3ajb-d 3sln-3 6mak-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiol peroxidase

B: Thiol peroxidase

ヘテロ分子

38.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol peroxidase

ヘテロ分子

A: Thiol peroxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol peroxidase

ヘテロ分子

B: Thiol peroxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.000, 127.000, 104.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-206- SO4
2	1	B-207- SO4
3	1	A-1022- HOH
4	1	B-328- HOH

#1: タンパク質	Thiol peroxidase / Peroxiredoxin Q 分子量: 18835.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 株: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 / 遺伝子: APE2125, APE_2125.1, bcp / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9YA14, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.04 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2CX3.

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BUSTER	2.11.2	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CX3

2cx3

解像度: 2.3→25.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9627 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9545 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU R Cruickshank DPI: 0.204 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.208 / SU R_free Blow DPI: 0.178 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.177

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2238	1162	5.12 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.1879	22682	99.97 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 198.9 Å² / B_iso mean: 80.1562 Å² / B_iso min: 36.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.5498 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.5498 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.0995 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.486 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2580	0	57	68	2705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	918	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	72	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	375	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2695	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	333	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3072	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2695	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3664	HARMONIC	2	1.17
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.97
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				19.06

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.41 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2771	138	4.68 %
R_work	0.2616	2808	-
all	0.2623	2946	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1471	2.4545	-0.5306	4.431	-0.0979	0.9942	0.436	-0.3529	0.4564	0.6984	-0.2536	0.3753	-0.1938	0.0082	-0.1825	0.4545	-0.2739	0.0928	-0.1559	-0.0688	-0.1066	-59.7928	15.2803	-18.894
2	1.6716	1.2185	0.7318	3.823	-0.0457	1.487	-0.1383	0.2233	-0.4416	-0.0376	0.1366	-0.5356	0.3579	0.312	0.0017	0.2673	-0.1849	0.0755	-0.0894	-0.1248	-0.001	-41.0261	6.3284	-39.6999

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - A\|164 }	A	2 - 164
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|3 - B\|164 }	B	3 - 164

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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