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万見
- PDB-4gph: Structure of HmuO, heme oxygenase from Corynebacterium diphtheria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gph
タイトルStructure of HmuO, heme oxygenase from Corynebacterium diphtheriae, in complex with the putative reaction intermediates between Fe3+-biliverdin and biliverdin (data set IV)
要素Heme oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / helix / heme degradation / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ASCORBIC ACID / BILIVERDINE IX ALPHA / : / heme oxygenase (biliverdin-producing)
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Unno, M. / Ikeda-Saito, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of the Substrate-Free and the Product-Bound forms of HmuO, a Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae
著者: Unno, M. / Ardevol, A. / Rovira, C. / Ikeda-Saito, M.
履歴
登録2012年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase
B: Heme oxygenase
C: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,31517
ポリマ－72,5103
非ポリマー2,80414
水8,521473
1
A: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9054
ポリマ－24,1701
非ポリマー7353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2337
ポリマ－24,1701
非ポリマー1,0636
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1776
ポリマ－24,1701
非ポリマー1,0075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.065, 62.966, 107.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 ABC

#1: タンパク質 Heme oxygenase


分子量: 24170.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q54AI1, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#5: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / (5R)-3,4-ジヒドロキシ-5β-[(S)-1,2-ジヒドロキシエチル]-2,5-ジヒドロフラン-2-オン


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / コメント: 薬剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 486分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1
詳細: ammonium sulfate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 303K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 78377 / Num. obs: 77319 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.953 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20547 7805 10.1 %RANDOM
Rwork0.16521 ---
all0.16934 70408 --
obs0.16934 69486 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.928 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20.37 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4961 0 183 473 5617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0215361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3362.0967281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3525627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47623.764271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2515848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3321544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0270.0224186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3881.53122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.25824949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.59132239
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5534.52332
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 538 -
Rwork0.277 4899 -
obs--94.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51820.22320.63782.38410.28421.6940.16460.0381-0.0992-0.0414-0.16840.01120.00090.04590.00390.05330.01660.00280.0559-0.02030.029723.8680.7260.026
21.39770.474-0.11530.90280.04520.8966-0.04790.1461-0.0511-0.12190.0834-0.0246-0.072-0.0487-0.03540.03520.00440.01760.08990.01220.01477.84116.06727.677
31.1786-0.2222-0.20250.5187-0.29880.6586-0.0765-0.1377-0.02190.0793-0.0266-0.0736-0.01340.08930.10320.02420.00340.00540.09710.03030.037629.7485.82851.426
471.2262-0.144215.372322.52692.879949.7772.10742.5101-4.362-0.515-0.4962-0.01132.8875-0.224-1.61130.31140.0286-0.130.1173-0.16870.381724.788-9.4730.846
550.932639.8138-2.522231.2219-2.13482.9628-2.09662.3321.5641-1.53491.19361.1431-1.28092.47510.9031.2145-0.9605-0.56633.05610.82681.45445.75119.00717.516
615.93631.59360.58455.0825-8.129813.7479-0.0379-0.34340.4204-0.1782-0.02410.09210.4412-0.11410.06190.2221-0.11990.18060.2167-0.03520.207931.5460.94759.898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2B307 - 514
3X-RAY DIFFRACTION3C603 - 813
4X-RAY DIFFRACTION4A3002
5X-RAY DIFFRACTION5B601
6X-RAY DIFFRACTION6C902

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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