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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gph | ||||||
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タイトル | Structure of HmuO, heme oxygenase from Corynebacterium diphtheriae, in complex with the putative reaction intermediates between Fe3+-biliverdin and biliverdin (data set IV) | ||||||
要素 | Heme oxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / helix / heme degradation / heme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Unno, M. / Ikeda-Saito, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structures of the Substrate-Free and the Product-Bound forms of HmuO, a Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae 著者: Unno, M. / Ardevol, A. / Rovira, C. / Ikeda-Saito, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gph.cif.gz | 277.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gph.ent.gz | 225.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gph.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gph | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 24170.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q54AI1, heme oxygenase (biliverdin-producing) #5: 糖 | ChemComp-ASC / | |
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-非ポリマー , 4種, 486分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 % |
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1 詳細: ammonium sulfate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 303K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 78377 / Num. obs: 77319 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.953 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.928 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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