PDB-4gpc: Structure of the biliverdin-HmuO, heme oxygenase from Corynebacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gpc

タイトル

Structure of the biliverdin-HmuO, heme oxygenase from Corynebacterium diphtheriae

要素

Heme oxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / helix / heme degradation / heme

機能・相同性

機能・相同性情報

heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Unno, M. / Ikeda-Saito, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of the Substrate-Free and the Product-Bound forms of HmuO, a Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae
著者: Unno, M. / Ardevol, A. / Rovira, C. / Ikeda-Saito, M.

履歴

登録	2012年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gpc.cif.gz	270.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gpc.ent.gz	221 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gpc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gpc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gphC 1iw0 1iw1 4goh 4gpf C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wnw-3 4gph-1 1wnv-2 2z68-2 1wnv-3 4gpf-1 4gpf-3 2zvu-d 3i8r-2 4gph-2 4g7p-d 1wnx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heme oxygenase

B: Heme oxygenase

C: Heme oxygenase

ヘテロ分子

75 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Heme oxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Heme oxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Heme oxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.114, 63.091, 107.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Heme oxygenase 分子量: 24170.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q54AI1, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA 分子量: 582.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 糖	ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1 詳細: ammonium sulfate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 303K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月1日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 63266 / Num. obs: 60735 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
CNS		精密化
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.645 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20274	3066	5 %	RANDOM
R_work	0.16838	-	-	-
all	0.17009	58115	-	-
obs	0.17009	57650	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.207 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	0.38 Å²
2-	-	0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5008	0	171	425	5604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	5307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.796	1.988	7189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.775	5	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.533	24	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.061	15	881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.776	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.22	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.198	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.902	1.5	3214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.346	2	4971
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.486	3	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.823	4.5	2218

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	215	-
R_work	0.191	4187	-
obs	-	-	99.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4115	0.1371	0.5797	2.1787	0.2625	1.7282	0.1597	0.0639	-0.0835	-0.0304	-0.1755	0.0521	-0.0083	0.0442	0.0158	-0.057	0.026	0.0225	-0.0527	-0.0316	-0.0844	23.764	0.513	-0.102
2	1.5164	0.558	-0.1465	0.942	0.0699	0.8922	-0.0491	0.1435	-0.0261	-0.1225	0.0969	-0.0021	-0.0867	-0.0583	-0.0478	-0.0426	0.0039	0.0328	0.0142	0.0175	-0.0732	7.752	16.338	27.18
3	1.3472	-0.1845	-0.2469	0.5692	-0.3582	0.839	-0.0755	-0.1854	-0.0243	0.0923	-0.0486	-0.0802	-0.0091	0.0989	0.1241	-0.0563	0.0029	0.0185	0.0264	0.0391	-0.0444	29.426	6.086	51.6
4	65.5307	7.666	25.274	41.6781	16.3391	18.2624	1.085	1.4467	-2.388	-0.9216	0.4595	-0.78	1.2137	0.0533	-1.5444	-0.0005	-0.0052	0.0036	0.0018	-0.0038	0.0014	24.862	-9.448	0.582
5	20.3682	19.5218	20.7495	27.1284	13.4618	67.9346	-1.0733	0.8673	0.7683	-2.3946	0.6166	-0.4078	-1.5385	2.201	0.4566	-0.0015	0.0009	0.0028	0.0005	-0.0014	0.0009	5.773	18.804	17.431
6	17.3377	0.409	1.6144	7.2385	-5.0564	11.0416	0.3664	-0.3097	-0.0979	-0.2345	-0.547	0.5395	0.5561	-0.0737	0.1806	-0.0586	-0.0288	0.0485	0.0114	0.0522	-0.044	31.666	0.959	59.846

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	305 - 515
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	606 - 813
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	901
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	601
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	901

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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