PDB-4gp3: The crystal structure of human fascin 1 K358A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gp3

タイトル

The crystal structure of human fascin 1 K358A mutant

要素

Fascin

キーワード

PROTEIN BINDING / beta-trefoil / actin bundling protein / cancer / metastasis / cell migration / Actin-binding / Phosphoprotein / Actin

機能・相同性

機能・相同性情報

microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / podosome / positive regulation of podosome assembly / cell-cell junction assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Yang, S.Y. / Huang, F.K. / Huang, J. / Chen, S. / Jakoncic, J. / Leo-Macias, A. / Diaz-Avalos, R. / Chen, L. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Molecular mechanism of fascin function in filopodial formation.
著者: Yang, S. / Huang, F.K. / Huang, J. / Chen, S. / Jakoncic, J. / Leo-Macias, A. / Diaz-Avalos, R. / Chen, L. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.

履歴

登録	2012年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月26日	Group: Database references
改定 1.2	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gp3.cif.gz	391.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gp3.ent.gz	321.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gp3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gp3_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gp3_full_validation.pdf.gz	484.5 KB	表示
XML形式データ	4gp3_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	4gp3_validation.cif.gz	59.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gp3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4govC 4goyC 4gp0C 3llpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gov-1 4goy-1 6i0z-1 3llp-1 4gp0-1 6mxo-d 3p53-2 4dl3-d 6pz3-d 4goy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fascin

B: Fascin

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fascin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fascin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

B: Fascin

ヘテロ分子

B: Fascin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.906, 70.737, 110.513
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Fascin / 55 kDa actin-bundling protein / Singed-like protein / p55 分子量: 54543.777 Da / 分子数: 2 / 変異: K358A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, FSCN1, HSN, SNL / プラスミド: pGEX4T-Fascin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16658
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100mM Hepes, 16% PEG 4000, 1% isopropanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月25日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 44686 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 18.53
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / Num. unique all: 2199 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LLP

3llp

解像度: 2.25→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 15.202 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25238	2245	5 %	RANDOM
R_work	0.20281	-	-	-
obs	0.20535	42318	99.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.371 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.85 Å²	0 Å²	-2.32 Å²
2-	-	2.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7495	0	67	399	7961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	7706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.169	1.94	10416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.712	5	964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.681	23.387	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.916	15	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.202	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5924

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.309 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	147	-
R_work	0.293	2833	-
obs	-	-	93.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1618	1.6083	-0.3167	3.1584	-0.6427	1.6282	-0.0364	-0.0684	-0.1579	-0.1461	-0.1801	-0.2792	-0.062	0.2396	0.2166	0.0386	-0.0009	-0.0221	0.1202	0.0529	0.0757	-42.474	37.0552	24.2924
2	0.7486	-0.3159	-0.3632	3.0031	-0.1718	1.1585	-0.0743	-0.0387	0.0001	0.1509	-0.0775	0.0549	0.1335	0.0432	0.1518	0.0794	-0.0406	0.0079	0.1517	-0.004	0.0324	-59.1823	13.2948	35.7335
3	1.3193	0.6151	-1.034	3.6739	-0.6324	4.8742	-0.028	0.2478	0.0128	-0.3049	-0.0224	-0.0303	-0.0217	-0.2321	0.0504	0.0633	-0.0091	-0.0106	0.0965	-0.0233	0.034	-57.091	10.9856	15.1952
4	1.6742	0.0299	0.1576	2.2803	-0.8224	3.0511	0.2003	0.0984	-0.1069	-0.0823	-0.1539	0.1073	0.0658	-0.2154	-0.0464	0.0641	0.0192	-0.0196	0.1009	-0.0109	0.059	-22.7717	15.3019	-1.6551
5	0.9939	-0.3335	0.2535	1.4279	-0.808	1.7592	0.0182	-0.0592	0.1154	0.0423	0.0006	-0.0376	-0.2449	-0.0737	-0.0187	0.0851	-0.0221	0.0102	0.0686	-0.0234	0.0559	-14.4988	18.8318	5.8895
6	1.4795	0.1603	-0.2382	1.814	0.1915	1.1455	0.0599	-0.125	0.0341	0.0881	-0.0048	-0.0431	-0.1725	0.0016	-0.0552	0.1144	-0.059	-0.0281	0.1323	0.0139	0.0225	-8.8237	13.0579	19.5942
7	4.3248	0.5389	1.2703	3.696	0.55	2.952	0.3085	0.0128	-0.5385	0.2007	-0.1422	-0.3722	0.2831	0.297	-0.1663	0.0808	-0.0273	-0.129	0.1602	0.056	0.2768	-5.297	-15.6304	20.8835
8	0.2463	-0.0585	-0.0619	7.8615	2.3739	7.372	-0.049	0.1199	-0.5696	-0.1089	-0.1165	-0.6671	0.6583	0.5735	0.1655	0.1991	0.0411	-0.0373	0.2092	-0.2054	1.4464	-7.568	-23.504	14.858
9	3.4119	0.2906	0.7416	2.6718	-0.7204	1.1788	0.1954	-0.1108	-0.1619	0.0348	-0.1203	0.1729	0.1516	-0.1374	-0.0751	0.1041	-0.1067	-0.0269	0.1171	0.0205	0.0426	-26.8317	-7.9935	18.6899

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	147 - 376
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	377 - 493
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	8 - 78
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	79 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	163 - 262
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	263 - 313
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	314 - 363
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	364 - 493

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)