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- PDB-4gp0: The crystal structure of human fascin 1 R149A K150A R151A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gp0
タイトルThe crystal structure of human fascin 1 R149A K150A R151A mutant
要素Fascin
キーワードPROTEIN BINDING / beta-trefoil / actin bundling protein / cancer / metastasis / cell migration / Actin-binding / Phosphoprotein / Actin
機能・相同性
機能・相同性情報


microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / cell-cell junction assembly / positive regulation of podosome assembly / podosome ...microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / cell-cell junction assembly / positive regulation of podosome assembly / podosome / positive regulation of filopodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / microvillus / actin filament bundle assembly / stress fiber / positive regulation of lamellipodium assembly / ruffle / filopodium / regulation of actin cytoskeleton organization / cell motility / actin filament binding / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / growth cone / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cytoskeleton / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fascin / Fascin, metazoans / Fascin domain / Fascin domain / Actin-crosslinking / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Fascin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yang, S.Y. / Huang, F.K. / Huang, J. / Chen, S. / Jakoncic, J. / Leo-Macias, A. / Diaz-Avalos, R. / Chen, L. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Molecular mechanism of fascin function in filopodial formation.
著者: Yang, S. / Huang, F.K. / Huang, J. / Chen, S. / Jakoncic, J. / Leo-Macias, A. / Diaz-Avalos, R. / Chen, L. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.
履歴
登録2012年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fascin
B: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,95352
ポリマ－108,7432
非ポリマー3,20950
水6,107339
1
A: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,36418
ポリマ－54,3721
非ポリマー99317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,58834
ポリマ－54,3721
非ポリマー2,21733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Fascin
B: Fascin
ヘテロ分子

A: Fascin
B: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,905104
ポリマ－217,4864
非ポリマー6,419100
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area21570 Å2
ΔGint-585 kcal/mol
Surface area75050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.907, 71.218, 109.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fascin / 55 kDa actin-bundling protein / Singed-like protein / p55


分子量: 54371.547 Da / 分子数: 2 / 変異: R149A K150A R151A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, FSCN1, HSN, SNL / プラスミド: pGEX4T-Fascin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16658

-
非ポリマー , 6種, 389分子

#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Hepes, 16% PEG 4000, 1% isopropanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 33193 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 14.86
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique all: 1645 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LLP

3llp


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 19.336 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24914 1682 5.1 %RANDOM
Rwork0.20002 ---
obs0.20255 31499 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.762 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.29 Å20 Å2-1.74 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7460 0 135 339 7934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.027718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.94510425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2225960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.42923.587368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.986151239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0791559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215891
LS精密化 シェル解像度: 2.487→2.551 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 113 -
Rwork0.278 2172 -
obs--96.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5458-1.542-0.05452.86010.44471.58860.01630.1193-0.08190.0597-0.20270.1683-0.0465-0.20510.18640.0112-0.001-0.01230.0918-0.03910.06241.83280.2169-23.861
20.59420.1453-0.07771.5616-0.07490.6427-0.08010.03730.0434-0.12170.0394-0.04780.07010.0130.04060.0620.01270.00940.0850.02220.013558.825-24.5135-34.428
31.6715-0.7925-0.2952.8074-0.08643.1185-0.0489-0.10710.08670.2029-0.0241-0.0622-0.03990.2040.0730.0639-0.0107-0.00530.08640.01590.010957.2617-26.7625-13.528
41.3664-0.52520.07262.51850.41061.85230.0456-0.015-0.13450.0853-0.0077-0.07310.06240.0648-0.03780.0456-0.0211-0.02490.0571-0.00740.059622.1737-22.10791.8703
50.55110.17660.44330.95850.87321.3024-0.00940.03810.0162-0.1229-0.02860.0174-0.23250.02160.0380.0911-0.00970.0110.0799-0.01970.060915.8846-17.3399-3.393
60.67980.2190.132.52150.60340.48930.04670.0497-0.0621-0.1404-0.09240.119-0.0955-0.07620.04570.05140.0415-0.01590.1084-0.04410.03637.8473-32.7517-21.3436
72.55070.9537-0.53352.23990.1392.8632-0.0306-0.0465-0.5450.2225-0.0290.11620.4709-0.30260.05950.1185-0.0382-0.00250.04240.00530.21817.8119-61.2052-17.1113
82.32210.4338-0.30251.2088-0.00681.06420.00780.04450.0178-0.0657-0.041-0.1354-0.01780.13080.03310.06940.0423-0.02020.054-0.00660.077128.577-40.3908-22.0665
93.21360.84330.96494.65190.25792.95670.1503-0.2589-0.18510.4337-0.06-0.26820.2939-0.0653-0.09030.12520.0216-0.05280.04010.00690.036428.4417-47.4607-12.3403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2A143 - 395
3X-RAY DIFFRACTION3A396 - 493
4X-RAY DIFFRACTION4B8 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5B78 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6B156 - 304
7X-RAY DIFFRACTION7B305 - 376
8X-RAY DIFFRACTION8B377 - 451
9X-RAY DIFFRACTION9B452 - 493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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