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- PDB-4gox: Sulfotransferase Domain from the Synechococcus PCC 7002 Olefin Sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gox
タイトルSulfotransferase Domain from the Synechococcus PCC 7002 Olefin Synthase
要素Polyketide synthase
キーワードTRANSFERASE / olefin synthase / polyketide synthase / hydrocarbon / sulfotransferase / PAPS / PAP / 3'phosphoadenosine-5'phosphosulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / secondary metabolite biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase family / Fatty acyl-AMP ligase /fatty acyl-CoA ligase / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / ANL, N-terminal domain / PKS_KR ...Sulfotransferase family / Fatty acyl-AMP ligase /fatty acyl-CoA ligase / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / ANL, N-terminal domain / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Epoxide hydrolase-like / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Polyketide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者McCarthy, J.G. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis of functional group activation by sulfotransferases in complex metabolic pathways.
著者: McCarthy, J.G. / Eisman, E.B. / Kulkarni, S. / Gerwick, L. / Gerwick, W.H. / Wipf, P. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2012年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8622
ポリマ－35,4351
非ポリマー4271
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.440, 131.440, 47.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase / OLS Sulfotransferase


分子量: 35435.004 Da / 分子数: 1 / 断片: sulfotransferase domain (UNP residues 2121-2430) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: ATCC 27264 / PCC 7002 / PR-6 / 遺伝子: SYNPCC7002_A1173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1XKC6
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 27-30% PEG1500, 100 mM MMT buffer (DL-malic acid, MES, Tris), pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 23099 / Num. obs: 23099 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 46.6 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.15-2.237.50.63322481100
2.23-2.327.60.45222641100
2.32-2.427.70.31422571100
2.42-2.557.80.21522901100
2.55-2.7180.15822821100
2.71-2.928.10.12522981100
2.92-3.218.40.09623011100
3.21-3.688.70.05823391100
3.68-4.638.70.05323431100
4.63-5080.0352477198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→33.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9593 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9469 / SU R Cruickshank DPI: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2197 1190 5.18 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
all0.1898 22991 --
obs0.1898 22991 99.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8601 Å20 Å20 Å2
2---1.8601 Å20 Å2
3---3.7203 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.391 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→33.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2211 0 27 96 2334
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d791SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes61HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes324HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2293HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion295SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2720SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2293HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3125HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.12
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 145 5.27 %
Rwork0.2196 2605 -
all0.2207 2750 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0945-1.3625-0.67913.056-0.1682.9468-0.2626-0.24990.23690.1950.1730.179-0.0509-0.54420.0896-0.0960.152-0.02880.08540.0119-0.2038-49.849-17.9881-0.5456
22.6225-2.9104-2.9092.5782.91040.33260.05710.04890.27370.16850.0603-0.1664-0.3677-0.0257-0.11740.03020.152-0.01060.01820.03240.1089-47.3532-5.54364.1241
35.6464-2.9104-2.91047.42942.91042.99420.0429-0.03990.50540.28480.30830.508-0.4269-0.5442-0.3512-0.20040.1520.05210.22150.0517-0.1743-58.8472-8.9074.4186
43.6282-0.8356-0.892.7535-0.34125.3264-0.2003-0.1270.0064-0.03610.14720.16220.3779-0.54420.0531-0.09590.1386-0.01240.03810.0282-0.2043-47.5225-22.3052-2.5286
50.08772.91040.78841.8465-2.91040.3204-0.00970.04790.2439-0.0058-0.013-0.2037-0.1240.26230.02270.00130.0729-0.03390.01660.1520.2182-26.9587-10.9835-7.4865
64.521-1.62291.21722.9899-1.23425.564-0.04880.54420.2581-0.4719-0.1332-0.31030.18790.00440.182-0.04580.1520.0364-0.08780.0363-0.2535-38.5761-20.2532-13.9634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|18 - 73}A18 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2{A|74 - 87}A74 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3{A|88 - 123}A88 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4{A|124 - 163}A124 - 163
5X-RAY DIFFRACTION5{A|164 - 188}A164 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6{A|189 - 308}A189 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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