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- PDB-4gbm: Sulfotransferase Domain from the Curacin Biosynthetic Pathway -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gbm
タイトルSulfotransferase Domain from the Curacin Biosynthetic Pathway
要素CurM Sulfotransferase
キーワードTRANSFERASE / sulfotransferase / polyketide synthase / curacin / PAP / PAPS
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase family / : / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / CurL-like, PKS C-terminal / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Epoxide hydrolase-like ...Sulfotransferase family / : / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / CurL-like, PKS C-terminal / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Epoxide hydrolase-like / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / CurM
類似検索 - 構成要素
生物種Moorea producta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者McCarthy, J.G. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis of functional group activation by sulfotransferases in complex metabolic pathways.
著者: McCarthy, J.G. / Eisman, E.B. / Kulkarni, S. / Gerwick, L. / Gerwick, W.H. / Wipf, P. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2012年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CurM Sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,14219
ポリマ－36,4081
非ポリマー1,73418
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.856, 67.299, 118.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CurM Sulfotransferase


分子量: 36408.340 Da / 分子数: 1 / 断片: Sulfotransferase domain (UNP residues 1598-1917) / 変異: Q259A, K260A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moorea producta (バクテリア)
解説: The original name of the organism was Lyngbya majuscula which was initially named Moorea producta but has been changed to Moorea producens
遺伝子: CurM / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F4Y423

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非ポリマー , 6種, 383分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25-31% PEG MME 550, 2.5-12.5 mM ZnSO4, 100 mM MES, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
詳細: K-B PAIR OF BIOMORPH MIRRORS FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 46830 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.62-1.685.90.37541981.007189.6
1.68-1.756.20.27846271.025198.6
1.75-1.826.30.2146211.016198.8
1.82-1.926.40.15646431.031198.9
1.92-2.046.50.11646951.024199.6
2.04-2.26.70.09746961.101199.6
2.2-2.426.80.07947471.046199.8
2.42-2.777.10.06947391.0211100
2.77-3.497.30.06348331.111100
3.49-5070.05250310.944199.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.12 Å / D res low: 38.04 Å / FOM : 0.487 / FOM acentric: 0.547 / FOM centric: 0.128 / 反射: 21605 / Reflection acentric: 18570 / Reflection centric: 2794
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
9.53-13.070.3780.5410.10816810563
7.86-9.530.4420.5740.14820614264
6.85-7.860.5010.6310.15623417064
6.14-6.850.5390.6540.19926519867
5.62-6.140.5360.6450.16729022466
5.21-5.620.5340.6340.1430624462
4.88-5.210.470.5620.12333126269
4.61-4.880.4780.560.10734328162
4.37-4.610.4590.5420.11337930673
4.17-4.370.4790.550.11337631561
4-4.170.480.5520.10840033565
3.84-40.5010.5820.08840133566
3.7-3.840.5060.5840.10443836771
3.58-3.70.5150.5820.10142636759
3.47-3.580.510.5850.10447940574
3.36-3.470.5290.5940.11346840563
3.27-3.360.4990.5590.10147241062
3.18-3.270.5130.5740.14150643571
3.1-3.180.5260.580.13549943960
3.03-3.10.530.5980.10852745471
2.96-3.030.5350.5890.12553847563
2.89-2.960.5430.6030.14753146266
2.83-2.890.5210.5710.16555548669
2.78-2.830.5190.5790.10658751471
2.72-2.780.5320.5830.11354548657
2.67-2.720.540.5970.14260553072
2.63-2.670.5360.5850.12559753460
2.58-2.630.5150.5670.12759352562
2.54-2.580.5050.5560.13762354968
2.5-2.540.4940.5380.16462054965
2.46-2.50.5160.5650.12364657565
2.42-2.460.4980.5440.15361754856
2.38-2.420.4720.5230.12367659178
2.35-2.380.4870.5340.166059059
2.32-2.350.4540.4980.16366157965
2.28-2.320.450.4930.12267359961
2.25-2.280.4290.4730.12570562068
2.23-2.250.420.4610.13469060964
2.2-2.230.4380.4780.1167360354
2.17-2.20.4220.4750.13475364575
2.15-2.170.4170.4620.13171762565
2.12-2.150.4170.4620.13171262457
Phasing dmFOM : 0.77 / FOM acentric: 0.79 / FOM centric: 0.63 / 反射: 21610 / Reflection acentric: 18816 / Reflection centric: 2794
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.1-38.040.890.930.81033705328
3.8-6.10.910.940.7929602417543
3-3.80.880.90.7336403137503
2.7-30.80.830.5636373213424
2.3-2.70.710.730.4963965751645
2.1-2.30.590.610.439443593351

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE2.15位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.62→36.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.1997 / WRfactor Rwork: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.9065 / SU B: 2.123 / SU ML: 0.043 / SU R Cruickshank DPI: 0.0788 / SU Rfree: 0.0781 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 4316 9.2 %RANDOM
Rwork0.1578 ---
obs0.16 46772 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.24 Å2 / Biso mean: 19.4813 Å2 / Biso min: 5.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→36.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2275 0 83 365 2723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1282.0113327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6935301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20224.602113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7515444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8641516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7841.51451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44622367
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.59931017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0944.5950
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 306 -
Rwork0.213 2899 -
all-3205 -
obs--92.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05910.14080.57130.81860.06871.13080.0223-0.07680.06210.1065-0.0482-0.0658-0.00910.0640.02580.0488-0.0033-0.0060.0468-0.01110.075541.28719.00243.317
23.0621.99430.89771.14630.9473.3920.0568-0.38530.03790.0658-0.10640.13320.2097-0.17140.04960.2773-0.0343-0.00970.25940.01430.145936.54918.46456.753
31.04230.23740.67880.63580.27251.08060.035-0.11680.06650.1048-0.0170.0043-0.0116-0.0027-0.01810.0768-0.0011-0.0030.0534-0.00930.097239.44322.82545.186
413.15024.9818-3.533632.4205-4.510311.21220.4061-0.02991.2441.0021-0.04191.7743-0.9605-0.6548-0.36410.26290.07540.12980.2325-0.03230.386717.41926.0842.186
50.7904-0.0950.09050.9671-0.13710.55520.01320.0727-0.0057-0.0786-0.0095-0.04450.03980.0486-0.00360.05920.00070.00160.0546-0.00520.095538.18817.21831.051
60.9367-0.4811-0.02961.7648-0.20470.51140.0366-0.0007-0.0191-0.0794-0.05080.140.0805-0.0310.01420.0531-0.0102-0.02710.0482-0.0250.107826.06115.26532.509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3A98 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4A174 - 184
5X-RAY DIFFRACTION5A185 - 249
6X-RAY DIFFRACTION6A250 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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