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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gn4 | ||||||
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Title | OBody AM2EP06 bound to hen egg-white lysozyme | ||||||
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![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Lactose synthesis / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Steemson, J.D. / Liddament, M.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold. Authors: Steemson, J.D. / Baake, M. / Rakonjac, J. / Arcus, V.L. / Liddament, M.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 112.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 92 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11845.485 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Protein | Mass: 14331.160 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 19-147 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#3: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.49 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 M HEPES, 13% MPEG5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR 2300 / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 2, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 11.9 / Number: 143392 / Rsym value: 0.039 / D res high: 1.861 Å / D res low: 81.82 Å / Num. obs: 20797 / % possible obs: 99.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.861→81.82 Å / Num. all: 20797 / Num. obs: 20797 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.9 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 29.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 30.54 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.9 Å2 / Biso mean: 33.8146 Å2 / Biso min: 7.27 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.861→81.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.861→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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