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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gn4 | ||||||
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タイトル | OBody AM2EP06 bound to hen egg-white lysozyme | ||||||
要素 |
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キーワード | DE NOVO PROTEIN/HYDROLASE (De novo) / beta barrel (Βバレル) / OB-fold / protein-protein complex / novel scaffold / muraminidase / enzyme inhibition (酵素阻害剤) / engineered binding protein / inhibitor (酵素阻害剤) / DE NOVO PROTEIN-HYDROLASE complex (De novo) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrobaculum aerophilum (古細菌) Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.861 Å | ||||||
データ登録者 | Steemson, J.D. / Liddament, M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold. 著者: Steemson, J.D. / Baake, M. / Rakonjac, J. / Arcus, V.L. / Liddament, M.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gn4.cif.gz | 112.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gn4.ent.gz | 92 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gn4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/4gn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/4gn4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11845.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: aspS / プラスミド: pProEx Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha] | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 19-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: egg white卵白 / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M HEPES, 13% MPEG5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR 2300 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 11.9 / 数: 143392 / Rsym value: 0.039 / D res high: 1.861 Å / D res low: 81.82 Å / Num. obs: 20797 / % possible obs: 99.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.861→81.82 Å / Num. all: 20797 / Num. obs: 20797 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 29.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 30.54 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.861→81.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1943 / WRfactor Rwork: 0.1484 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8874 / SU B: 5.944 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / SU Rfree: 0.1215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.9 Å2 / Biso mean: 33.8146 Å2 / Biso min: 7.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.861→81.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.861→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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