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- PDB-4gms: Crystal structure of heterosubtypic Fab S139/1 in complex with in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gms
タイトルCrystal structure of heterosubtypic Fab S139/1 in complex with influenza A H3 hemagglutinin
要素
  • (Hemagglutinin ...) x 2
  • Fab S139/1 heavy chain
  • Fab S139/1 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / virus attachment and entry / immune recognition / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins ...Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Lee, P.S. / Ekiert, D.C. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Heterosubtypic antibody recognition of the influenza virus hemagglutinin receptor binding site enhanced by avidity.
著者: Lee, P.S. / Yoshida, R. / Ekiert, D.C. / Sakai, N. / Suzuki, Y. / Takada, A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2012年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
L: Fab S139/1 light chain
H: Fab S139/1 heavy chain
M: Fab S139/1 light chain
I: Fab S139/1 heavy chain
N: Fab S139/1 light chain
J: Fab S139/1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,73054
ポリマ－311,10712
非ポリマー11,62342
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area61280 Å2
ΔGint-347 kcal/mol
Surface area111460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.510, 112.940, 196.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...
21chain C and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...
31chain E and (resseq 10:325 or resseq 501:504 or resseq...
12chain B and (resseq 1:171 or resseq 201:201 ) and (not element H)
22chain D and (resseq 1:171 or resseq 201:201 ) and (not element H)
32chain F and (resseq 1:171 or resseq 201:201 ) and (not element H)
13chain H and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...
23chain I and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...
33chain J and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...
14chain L and (resseq 1:106 ) and (not element H)
24chain M and (resseq 1:106 ) and (not element H)
34chain N and (resseq 1:106 ) and (not element H)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...A10 - 325
121chain 'A' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...A501
131chain 'A' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...A502 - 602
141chain 'A' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...A504 - 701
151chain 'A' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...A505 - 805
161chain 'A' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...A510 - 902
211chain 'C' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...C10 - 325
221chain 'C' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...C501
231chain 'C' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...C502 - 602
241chain 'C' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...C504 - 701
251chain 'C' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...C505 - 805
261chain 'C' and (resseq 10:325 or resseq 501:501 or resseq...C510 - 903
311chain 'E' and (resseq 10:325 or resseq 501:504 or resseq...E10 - 325
321chain 'E' and (resseq 10:325 or resseq 501:504 or resseq...E501 - 504
331chain 'E' and (resseq 10:325 or resseq 501:504 or resseq...E505 - 603
341chain 'E' and (resseq 10:325 or resseq 501:504 or resseq...E508 - 702
351chain 'E' and (resseq 10:325 or resseq 501:504 or resseq...E510 - 805
361chain 'E' and (resseq 10:325 or resseq 501:504 or resseq...E515 - 904
112chain 'B' and (resseq 1:171 or resseq 201:201 ) and (not element H)B1 - 171
122chain 'B' and (resseq 1:171 or resseq 201:201 ) and (not element H)B201
212chain 'D' and (resseq 1:171 or resseq 201:201 ) and (not element H)D1 - 171
222chain 'D' and (resseq 1:171 or resseq 201:201 ) and (not element H)D201
312chain 'F' and (resseq 1:171 or resseq 201:201 ) and (not element H)F1 - 171
322chain 'F' and (resseq 1:171 or resseq 201:201 ) and (not element H)F201
113chain 'H' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...H1 - 52
123chain 'H' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...H52 - 82
133chain 'H' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...H82
143chain 'H' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...H82
153chain 'H' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...H82 - 100
163chain 'H' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...H100 - 117
213chain 'I' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...I1 - 52
223chain 'I' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...I52 - 82
233chain 'I' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...I82
243chain 'I' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...I82
253chain 'I' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...I82 - 100
263chain 'I' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...I100 - 111
273chain 'I' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...I116 - 117
313chain 'J' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...J1 - 52
323chain 'J' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...J52 - 82
333chain 'J' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...J82
343chain 'J' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...J82
353chain 'J' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...J82 - 100
363chain 'J' and (resseq 1:52 or resseq 52:82 or resseq...J100 - 117
114chain 'L' and (resseq 1:106 ) and (not element H)L0
214chain 'M' and (resseq 1:106 ) and (not element H)M0
314chain 'N' and (resseq 1:106 ) and (not element H)N0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 35170.566 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 28-346 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Victoria/3/1975 H3N2 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: P03435
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20225.393 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 347-522 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Victoria/3/1975 H3N2 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: P03435

-
抗体 , 2種, 6分子 LMNHIJ

#3: 抗体 Fab S139/1 light chain


分子量: 23773.053 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: S139/1 / プラスミド: pFastBac Dual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five
#4: 抗体 Fab S139/1 heavy chain


分子量: 24533.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: S139/1 / プラスミド: pFastBac Dual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five

-
糖 , 5種, 21分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 52分子

#10: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#12: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2 M ammonium sulfate, 2% v/v PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0333 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月18日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. all: 91317 / Num. obs: 91317 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.95→3.05 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4FNK AND 4GMT

4fnk

4gmt


解像度: 2.95→48.406 Å / SU ML: 0.82 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2333 4571 5.01 %RANDOM
Rwork0.2075 ---
obs0.2088 91228 99.76 %-
all-91317 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.049 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.3818 Å2-0 Å2-8.8745 Å2
2--17.4623 Å2-0 Å2
3----18.6594 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20687 0 742 31 21460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00921956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17929844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0888101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0683385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053748
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2577X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
12C2577X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
13E2577X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
21B1398X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
22D1398X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
23F1398X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
31H938X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.464
32I938X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.464
33J963X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.501
41L822X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
42M822X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
43N822X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-2.98350.3931580.39912900X-RAY DIFFRACTION100
2.9835-3.01860.40471380.36932846X-RAY DIFFRACTION100
3.0186-3.05540.41531570.35872863X-RAY DIFFRACTION100
3.0554-3.09410.38241500.35032907X-RAY DIFFRACTION100
3.0941-3.13480.39011550.32782885X-RAY DIFFRACTION100
3.1348-3.17770.33521450.3192844X-RAY DIFFRACTION100
3.1777-3.22310.331710.31472884X-RAY DIFFRACTION100
3.2231-3.27120.32671490.29042845X-RAY DIFFRACTION100
3.2712-3.32230.28931510.27812942X-RAY DIFFRACTION100
3.3223-3.37680.28811500.26232830X-RAY DIFFRACTION100
3.3768-3.4350.30231520.2592870X-RAY DIFFRACTION100
3.435-3.49740.27611650.25762892X-RAY DIFFRACTION100
3.4974-3.56470.25911580.24192849X-RAY DIFFRACTION100
3.5647-3.63740.22821680.22452873X-RAY DIFFRACTION100
3.6374-3.71650.21141430.21692893X-RAY DIFFRACTION100
3.7165-3.80290.25211420.21722895X-RAY DIFFRACTION100
3.8029-3.8980.25211460.21562894X-RAY DIFFRACTION100
3.898-4.00330.27071500.20862881X-RAY DIFFRACTION100
4.0033-4.12110.2511430.19152871X-RAY DIFFRACTION100
4.1211-4.2540.1951760.17932856X-RAY DIFFRACTION100
4.254-4.40590.18491660.16322878X-RAY DIFFRACTION100
4.4059-4.58220.17911550.15842880X-RAY DIFFRACTION100
4.5822-4.79060.18541680.15332884X-RAY DIFFRACTION100
4.7906-5.04290.18571420.15762933X-RAY DIFFRACTION100
5.0429-5.35850.18991350.16972905X-RAY DIFFRACTION100
5.3585-5.77160.21221550.19342889X-RAY DIFFRACTION100
5.7716-6.35130.21571480.19172931X-RAY DIFFRACTION100
6.3513-7.26770.22631420.18632915X-RAY DIFFRACTION99
7.2677-9.14640.18641480.1762935X-RAY DIFFRACTION100
9.1464-48.41220.24621450.21662987X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30770.0736-0.32810.0180.07312.0938-0.0729-0.0845-0.0396-0.0063-0.00530.1088-0.144-0.333800.62090.10740.02670.76010.02740.837720.1965-26.73658.9016
20.4427-0.19210.10340.532-1.21820.9015-0.13360.0926-0.0007-0.0681-0.0144-0.0072-0.1905-0.4237-00.56540.082-0.1060.64-0.05540.593524.0475-23.6161-42.8694
30.3226-0.10980.10480.4564-0.85472.19040.0067-0.0118-0.2872-0.09650.05010.15770.3066-0.1279-0.1360.65110.0067-0.04740.3686-0.03350.781538.4014-53.47345.6437
40.45940.06180.2360.5539-0.07130.6289-0.05180.134-0.1525-0.23710.04310.18750.3521-0.1564-0.00850.78780.0077-0.15890.5205-0.1930.701632.1358-43.1743-44.8263
50.4045-0.04930.1371-0.0972-0.04232.44470.0115-0.074-0.0581-0.0386-0.0719-0.0613-0.14380.1016-0.00030.6722-0.01830.01820.4715-0.06450.665752.8355-24.13826.5127
60.64470.1308-0.34010.2926-0.06560.962-0.01540.2526-0.1354-0.06310.02070.04290.19080.1900.58140.0460.00950.5371-0.11990.5944.9689-26.3322-44.4963
70.3712-0.029-0.5420.53910.19810.5629-0.2307-0.0422-0.0408-0.02230.025-0.2054-0.0673-0.069400.90690.09850.02831.2848-0.04630.821212.1223-14.922750.4239
80.6076-0.96140.07360.44470.40070.18520.03850.03460.16630.341-0.23410.11640.09430.2975-00.8146-0.1475-0.07611.3181-0.04070.92195.60190.716978.8979
90.2120.0775-0.49150.8532-0.68520.7084-0.2519-0.3083-0.13540.3762-0.01830.00570.5217-0.082401.16690.0790.0691.20720.12980.735115.3444-30.71367.1989
100.18570.11310.4730.17210.48740.47610.01340.0452-0.21510.34-0.32810.14710.3081-0.0455-00.9845-0.08970.19381.4191-0.09780.8918-4.7866-6.868687.5289
110.17080.08140.28770.17880.18730.58910.2268-0.4702-0.1859-0.13710.50590.1755-0.1431-0.76690.20250.8023-0.08610.00680.99850.57441.179733.2455-73.025443.9388
12-0.078-0.1018-0.00990.04080.2072-0.0131-0.1436-0.2393-0.1937-0.05990.7780.5753-0.5347-0.0281-01.6864-0.11920.20241.72320.94431.651229.9364-99.69365.8544
130.06330.14190.54560.5594-0.35520.2445-0.2986-0.5703-0.09860.23570.4278-0.0169-0.1199-0.22370.00010.81170.22180.25421.20910.25270.753445.2951-66.953862.2745
14-0.034-0.0989-0.07080.18910.12760.00690.9629-0.417-1.09851.24940.9984-0.06170.34780.16140.02491.9530.2135-0.03141.4380.48771.563243.0296-94.842471.0406
150.70260.20420.41590.2008-0.2260.26620.3381-0.6563-0.19480.0898-0.31870.087-0.03980.197800.9333-0.1708-0.11941.45-0.07520.702874.0265-24.769345.3175
160.04120.4350.10580.08230.0025-0.1137-0.51480.67560.1360.19680.4976-0.28820.07580.4326-01.4608-0.1583-0.28582.1002-0.01311.025699.4724-22.26270.1083
170.14370.01290.29630.12840.20510.3354-0.0785-0.87610.25480.1264-0.2050.0283-0.1044-0.132401.0665-0.0484-0.02831.8135-0.03260.707262.4537-21.576364.8042
180.0448-0.0967-0.00730.10850.22010.2518-0.35880.24410.57650.05890.4331-0.01120.4278-0.431-01.475-0.1296-0.30661.86220.17371.063594.6147-8.333877.2972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA10 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC10 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 171
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE10 - 325
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF1 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7chain H and resid 1:118 or chain H and resid 301:302H1 - 118
8X-RAY DIFFRACTION7chain H and resid 1:118 or chain H and resid 301:302H301 - 302
9X-RAY DIFFRACTION8chain H and resid 119:213H119 - 213
10X-RAY DIFFRACTION9chain L and resid 1:109L1 - 109
11X-RAY DIFFRACTION10chain L and resid 110:211L110 - 211
12X-RAY DIFFRACTION11chain I and resid 1:118 or chain I and resid 301:301I1 - 118
13X-RAY DIFFRACTION11chain I and resid 1:118 or chain I and resid 301:301I301
14X-RAY DIFFRACTION12chain I and resid 119:205I119 - 205
15X-RAY DIFFRACTION13chain M and resid 1:109M1 - 109
16X-RAY DIFFRACTION14chain M and resid 110:180M110 - 180
17X-RAY DIFFRACTION15chain J and resid 1:118 or chain J and resid 301:301J1 - 118
18X-RAY DIFFRACTION15chain J and resid 1:118 or chain J and resid 301:301J301
19X-RAY DIFFRACTION16chain J and resid 119:213J119 - 213
20X-RAY DIFFRACTION17chain N and resid 1:109N1 - 109
21X-RAY DIFFRACTION18chain N and resid 110:213N110 - 213

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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