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万見
- PDB-4gls: Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {D-Prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gls
タイトルCrystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {D-Protein Antagonist plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21
要素
  • D- RFX001
  • D- Vascular endothelial growth factor-A
  • L- RFX001
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードGrowth Factor/Inhibitor / heterochiral protein-protein complex / D-protein antagonist / Growth Factor-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / VEGF ligand-receptor interactions / vascular endothelial growth factor receptor binding / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood-brain barrier permeability / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / lung vasculature development / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / eye photoreceptor cell development / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of epithelial tube formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / motor neuron migration / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of protein localization to early endosome / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / camera-type eye morphogenesis / tube formation / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / positive regulation of vascular permeability / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cardiac muscle cell development / epithelial cell maturation / positive regulation of positive chemotaxis / sprouting angiogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / endothelial cell proliferation / positive regulation of leukocyte migration / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / artery morphogenesis / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in blood vessel morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / positive chemotaxis / positive regulation of neuroblast proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of focal adhesion assembly / outflow tract morphogenesis / monocyte differentiation / positive regulation of cell division / fibronectin binding / macrophage differentiation / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / mammary gland alveolus development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vasculogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / positive regulation of protein autophosphorylation / epithelial cell differentiation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ubiquitin-like (UB roll) / Ribbon / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / polypeptide(D) (> 100) / Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mandal, K. / Uppalapati, M. / Ault-Riche, D. / Kenney, J. / Lowitz, J. / Sidhu, S. / Kent, S.B.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Chemical synthesis and X-ray structure of a heterochiral {D-protein antagonist plus vascular endothelial growth factor} protein complex by racemic crystallography.
著者: Mandal, K. / Uppalapati, M. / Ault-Riche, D. / Kenney, J. / Lowitz, J. / Sidhu, S.S. / Kent, S.B.
履歴
登録2012年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Structure summary
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D- Vascular endothelial growth factor-A
B: D- Vascular endothelial growth factor-A
C: L- RFX001
D: D- RFX001
E: Vascular endothelial growth factor A
F: Vascular endothelial growth factor A
H: D- RFX001
G: L- RFX001
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,49210
ポリマ－73,2948
非ポリマー1982
水18,7721042
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.156, 88.322, 77.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ABCGDHEF

#1: タンパク質 D- Vascular endothelial growth factor-A


分子量: 11942.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis
#2: タンパク質 L- RFX001


分子量: 6379.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis
#3: タンパク質 D- RFX001


分子量: 6375.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis
#4: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15692

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非ポリマー , 3種, 1044分子

#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1042 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES, 50 mM NaCl at pH 8.4 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→35 Å / Num. all: 97962 / Num. obs: 97962 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique all: 9622 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1128)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3QTK, 2QMT

3qtk

2qmt


解像度: 1.6→34.604 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 4886 4.99 %
Rwork0.1901 --
obs0.1922 97836 97.65 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.604 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4892 0 13 1042 5947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065209
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0157059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3951924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005930
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61880.25821510.20863017X-RAY DIFFRACTION95
1.6188-1.63790.23621630.19913050X-RAY DIFFRACTION97
1.6379-1.65790.24071750.19223036X-RAY DIFFRACTION96
1.6579-1.67880.2631760.1923048X-RAY DIFFRACTION97
1.6788-1.70090.28341310.19573078X-RAY DIFFRACTION97
1.7009-1.72420.22841700.19193051X-RAY DIFFRACTION97
1.7242-1.74890.2721300.18583094X-RAY DIFFRACTION97
1.7489-1.7750.29081740.19443084X-RAY DIFFRACTION97
1.775-1.80270.23751820.18473056X-RAY DIFFRACTION98
1.8027-1.83230.27051460.18243103X-RAY DIFFRACTION98
1.8323-1.86380.25471630.17673091X-RAY DIFFRACTION98
1.8638-1.89770.221690.17473098X-RAY DIFFRACTION98
1.8977-1.93420.21051300.17593115X-RAY DIFFRACTION98
1.9342-1.97370.22251610.1683127X-RAY DIFFRACTION98
1.9737-2.01660.20611700.17083074X-RAY DIFFRACTION98
2.0166-2.06350.23251760.1633121X-RAY DIFFRACTION98
2.0635-2.11510.22651730.16413112X-RAY DIFFRACTION98
2.1151-2.17230.21561820.17523063X-RAY DIFFRACTION98
2.1723-2.23620.23451680.17383104X-RAY DIFFRACTION98
2.2362-2.30840.22311620.18063131X-RAY DIFFRACTION98
2.3084-2.39090.26631660.18813110X-RAY DIFFRACTION98
2.3909-2.48660.24321590.19593132X-RAY DIFFRACTION98
2.4866-2.59970.25921580.20083129X-RAY DIFFRACTION98
2.5997-2.73670.23051790.20633089X-RAY DIFFRACTION99
2.7367-2.90810.23981590.20263127X-RAY DIFFRACTION98
2.9081-3.13250.27191500.21173150X-RAY DIFFRACTION99
3.1325-3.44750.21031670.20043141X-RAY DIFFRACTION98
3.4475-3.94570.21321760.19193152X-RAY DIFFRACTION99
3.9457-4.96880.18961610.16863146X-RAY DIFFRACTION98
4.9688-34.6040.23981590.22693121X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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