PDB-4glf: Crystal structure of methylthioadenosine phosphorylase sourced fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4glf

タイトル

Crystal structure of methylthioadenosine phosphorylase sourced from an antarctic soil metagenomic library

要素

RsfP

キーワード

TRANSFERASE / methylthioadenosine phosphorylase / methylthioadenosine / rhodamine B / Metagenomic library Antarctic soil

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Bujacz, A. / Bujacz, G. / Cieslinski, H. / Bartasun, P.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: A study on the interaction of rhodamine B with methylthioadenosine phosphorylase protein sourced from an antarctic soil metagenomic library.
著者: Bartasun, P. / Cieslinski, H. / Bujacz, A. / Wierzbicka-Wos, A. / Kur, J.

履歴

登録	2012年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4glf.cif.gz	127.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4glf.ent.gz	101.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4glf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4glf_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4glf_full_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示
XML形式データ	4glf_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	4glf_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/4glf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/4glf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gljC 1v4nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zdb-d 6dyz-1 3b2e-1 2vre-d 3i27-1 5msf-d 1u1y-d 4glj-1 1hjf-1 6g0y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RsfP

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RsfP

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.648, 80.648, 81.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-410- HOH
2	1	A-413- HOH
3	1	A-438- HOH

#1: タンパク質	RsfP 分子量: 32165.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: rsfP / プラスミド: pBAD-Myc-HisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: C6KFA4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30%PPG400, 75mM MgCl2, BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月26日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal Si monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 233379 / Num. obs: 20266 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 26.92
反射シェル	解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1555 / % possible all: 74.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1V4N

1v4n

解像度: 1.98→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 7.256 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20884	1035	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15056	-	-	-
all	0.153	20266	-	-
obs	0.15346	19185	96.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.636 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.01 Å²	1 Å²	0 Å²
2-	-	2.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2180	0	0	191	2371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.02	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.894	1.959	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.731	5	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.643	25.051	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.028	15	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.539	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1731

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.032 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	66	-
R_work	0.209	1050	-
obs	-	-	72.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6576	-2.321	1.3745	4.6087	1.7103	4.0861	-0.2393	-0.1349	0.401	0.0116	0.0601	-0.2686	-0.4734	-0.1164	0.1792	0.2918	0.0322	0.0662	0.1251	-0.0364	0.2696	21.9047	51.9549	64.3191
2	2.5926	-1.5821	-0.5476	2.0647	0.7332	0.3999	-0.0249	-0.2946	0.3596	0.2378	0.0817	-0.1235	-0.1119	0.0074	-0.0568	0.3299	0.0168	0.0246	0.0822	-0.0457	0.1195	27.9692	44.3677	66.891
3	0.6948	-0.4879	-0.1999	1.5637	-0.4301	2.3218	-0.0251	0.0274	0.1209	0.0152	-0.043	-0.0187	-0.245	-0.0507	0.0681	0.0487	0.0172	-0.042	0.0316	-0.0105	0.0616	28.1339	41.0984	54.3658
4	12.8302	-8.8751	4.5791	8.4966	-5.1358	3.278	0.07	0.4026	-0.0556	0.0783	-0.1022	-0.0155	-0.08	0.0033	0.0321	0.0282	0.0267	-0.0159	0.0452	-0.0137	0.0094	30.6761	31.7392	47.975
5	1.9319	1.2168	-0.6043	2.9672	-0.5316	1.7823	-0.0915	-0.1852	-0.0766	0.0247	-0.0437	0.0355	0.1445	-0.0003	0.1351	0.0276	0.0098	0.0196	0.0428	-0.021	0.055	27.3764	24.5855	61.2605
6	2.7202	-0.9853	-0.1572	9.5305	-3.6588	2.7167	-0.1215	0.1692	0.1447	-0.0287	0.2722	0.4812	-0.237	-0.4272	-0.1507	0.0709	0.0597	-0.0337	0.1063	-0.0105	0.0709	20.6802	45.3884	45.4913
7	3.5504	-1.6585	1.3829	2.4693	-1.5781	1.5788	-0.0565	0.086	0.1842	0.0077	0.0416	0.0463	-0.2873	-0.1281	0.0149	0.1473	0.0513	-0.0061	0.0575	-0.017	0.0434	35.5365	40.3357	47.3261
8	15.03	-0.9547	5.368	4.3213	2.8581	9.1576	0.0266	0.4359	-0.307	-0.395	-0.0926	0.1988	-0.0145	-0.1507	0.066	0.0795	0.0231	0.0144	0.0623	0.0218	0.0558	43.5434	31.3523	42.8156
9	5.3373	1.3568	-3.4609	1.1008	-1.7201	3.1795	-0.0477	0.1778	0.1341	0.1067	0.0752	-0.0099	-0.1051	-0.1491	-0.0275	0.0495	0.0256	-0.0329	0.0245	-0.0152	0.052	28.1438	33.9247	55.5295
10	5.2398	2.6622	-1.4448	2.4778	-1.8811	6.2711	-0.3879	-0.2545	0.0275	-0.2378	0.0627	-0.2841	-0.0728	0.548	0.3252	0.072	-0.0118	-0.0043	0.1426	-0.0357	0.1419	32.3186	43.3967	48.9949
11	1.3791	3.9347	0.7297	12.0824	2.194	0.4047	-0.2115	0.2029	0.123	-0.9174	0.2275	-0.432	-0.2078	0.0765	-0.016	0.865	0.0044	0.0635	0.8303	0.0826	0.8933	47.6212	48.6336	45.3082
12	10.4075	2.9113	-1.205	5.3064	-0.1878	5.31	0.1471	-0.3127	0.5725	0.1271	-0.1036	-0.0894	-0.4918	0.3025	-0.0435	0.2029	0.0602	-0.0049	0.0764	-0.0077	0.1224	24.3079	52.3859	51.4926
13	0.0401	-0.1751	-0.0852	4.4529	-3.501	4.2625	-0.017	0.0665	-0.0618	-0.0969	0.1177	0.5297	0.2522	-0.5416	-0.1007	0.0492	-0.0046	0.0414	0.245	-0.0197	0.2141	15.0202	24.9188	65.5312

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	77 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	114 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	121 - 140
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	141 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	161 - 179
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	180 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	194 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	213 - 223
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	224 - 239
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	240 - 265
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	266 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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