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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gkp
タイトルStructure of the truncated neck and C-terminal motor homology domain of ViK1 from Candida glabrata
要素Spindle pole body-associated protein VIK1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / kinesin motor domain-like fold / Microtubule binding protein / Kinesin associated protein / Kar3
機能・相同性
機能・相同性情報


kinesin complex / microtubule-based process / microtubule binding
類似検索 - 分子機能
Kinesin - #20 / Spindle pole body-associated protein Vik1/Cik1, microtubule binding domain / Microtubule binding / Kinesin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Candida glabrata strain CBS138 chromosome H complete sequence
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Duan, D. / Allingham, J.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Neck Rotation and Neck Mimic Docking in the Noncatalytic Kar3-associated Protein Vik1.
著者: Duan, D. / Jia, Z. / Joshi, M. / Brunton, J. / Chan, M. / Drew, D. / Davis, D. / Allingham, J.S.
履歴
登録2012年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindle pole body-associated protein VIK1
B: Spindle pole body-associated protein VIK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8052
ポリマ－63,8052
非ポリマー00
水1,44180
1
A: Spindle pole body-associated protein VIK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9021
ポリマ－31,9021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Spindle pole body-associated protein VIK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9021
ポリマ－31,9021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.742, 77.722, 107.737
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Spindle pole body-associated protein VIK1


分子量: 31902.449 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 313-584 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: CAGL0D00638G, CAGL0H00638g / プラスミド: Modified pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIL codon + / 参照: UniProt: Q6FSG8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 13% PEG-6000, 5% isopropanol, 75mM NaAcetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→20 Å / Num. all: 22019 / Num. obs: 21752 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 49.904 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 37.65
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.42-2.50.1938.17101401880192.7
2.5-30.118.71660728260199.8
3-40.03546.565402866501100
4-60.02568.22777435031100
6-100.02668.988981187199.2
10-200.02569.061731272174.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2O0A

2o0a


解像度: 2.42→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.2543 / WRfactor Rwork: 0.2074 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / FOM work R set: 0.8162 / SU B: 7.793 / SU ML: 0.184 / SU R Cruickshank DPI: 0.4339 / SU Rfree: 0.2752 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.434 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2593 1088 5 %RANDOM
Rwork0.2095 ---
all0.212 22019 --
obs0.212 21751 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.62 Å2 / Biso mean: 43.2617 Å2 / Biso min: 17.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2---1.25 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3724 0 0 80 3804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.9565168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2615476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.25424.911169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05315591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.827157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212860
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.482 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 71 -
Rwork0.272 1297 -
all-1368 -
obs--91.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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