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万見
- PDB-4gk3: Human EphA3 Kinase domain in complex with ligand 87 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gk3
タイトルHuman EphA3 Kinase domain in complex with ligand 87
要素EPH receptor A3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / RECEPTOR TYROSINE KINASE / ATP-BINDING / PHOSPHORYLATION / MEMBRANE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fasciculation of sensory neuron axon / fasciculation of motor neuron axon / ephrin receptor activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / GPI-linked ephrin receptor activity / negative regulation of endocytosis / transmembrane-ephrin receptor activity / EPH-Ephrin signaling / regulation of focal adhesion assembly / regulation of GTPase activity ...fasciculation of sensory neuron axon / fasciculation of motor neuron axon / ephrin receptor activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / GPI-linked ephrin receptor activity / negative regulation of endocytosis / transmembrane-ephrin receptor activity / EPH-Ephrin signaling / regulation of focal adhesion assembly / regulation of GTPase activity / EPHA-mediated growth cone collapse / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to retinoic acid / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of protein localization to plasma membrane / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell migration / actin cytoskeleton / nuclear membrane / early endosome / cell adhesion / dendrite / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-A receptor 3, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. ...Ephrin type-A receptor 3, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L87 / Ephrin type-A receptor 3 / receptor protein-tyrosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.898 Å
データ登録者Dong, J. / Caflisch, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Optimization of Inhibitors of the Tyrosine Kinase EphB4. 2. Cellular Potency Improvement and Binding Mode Validation by X-ray Crystallography.
著者: Lafleur, K. / Dong, J. / Huang, D. / Caflisch, A. / Nevado, C.
履歴
登録2012年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPH receptor A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8102
ポリマ－40,4581
非ポリマー3511
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.297, 38.250, 76.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 EPH receptor A3


分子量: 40458.180 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain, UNP Residues 606-947 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EphA3 / プラスミド: p28-LIC-Thrombin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6P4R6, UniProt: P29320*PLUS, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-L87 / 8-butyl-1-methyl-7-(2-methylphenyl)-1H-imidazo[2,1-f]purine-2,4(3H,8H)-dione


分子量: 351.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.15M ammonium sulf ate, 22.5% PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月30日
放射モノクロメーター: Goebel Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.898→34.02 Å / Num. all: 24109 / Num. obs: 23747 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 19.888 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3478 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GSF

2gsf


解像度: 1.898→30.851 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2128 1206 5.08 %
Rwork0.1778 --
obs0.1796 23736 98.5 %
all-24098 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.88 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.984 Å2-0 Å2-4.6329 Å2
2---0.3574 Å2-0 Å2
3----2.6267 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.898→30.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2168 0 26 218 2412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3773083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.903854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004387
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8983-1.97430.29521220.237234993
1.9743-2.06410.21221280.18342511100
2.0641-2.17290.23371290.17492496100
2.1729-2.3090.21551370.18052529100
2.309-2.48720.21991180.1782526100
2.4872-2.73740.22641440.18612532100
2.7374-3.13320.23271560.17772508100
3.1332-3.94620.18421360.16742531100
3.9462-30.85480.19791360.1713254896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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