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- PDB-4ghu: Crystal structure of TRAF3/Cardif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ghu
タイトルCrystal structure of TRAF3/Cardif
要素
  • Mitochondrial antiviral-signaling protein
  • TNF receptor-associated factor 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / alpha/Beta / innate immunity / IFN pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of peroxisome organization / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Ovarian tumor domain proteases / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / PKR-mediated signaling ...DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of peroxisome organization / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Ovarian tumor domain proteases / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / PKR-mediated signaling / RIG-I signaling pathway / Toll signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / CD40 receptor complex / regulation of defense response to virus / positive regulation of response to cytokine stimulus / protein localization to mitochondrion / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of interferon-alpha production / regulation of proteolysis / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / regulation of cytokine production / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein tetramerization / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of interleukin-6 production / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / ubiquitin protein ligase activity / peroxisome / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / endosome membrane / defense response to bacterium / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein kinase binding / signal transduction / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / IPS1, CARD domain / : / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain ...TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / IPS1, CARD domain / : / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Death-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor 3 / Mitochondrial antiviral-signaling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Zhang, P.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2012
タイトル: Single Amino Acid Substitutions Confer the Antiviral Activity of the TRAF3 Adaptor Protein onto TRAF5
著者: Zhang, P. / Reichardt, A. / Liang, H. / Aliyari, R. / Cheng, D. / Wang, Y. / Xu, F. / Cheng, G. / Liu, Y.
履歴
登録2012年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 3
B: Mitochondrial antiviral-signaling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9282
ポリマ－24,9282
非ポリマー00
水2,720151
1
A: TNF receptor-associated factor 3
B: Mitochondrial antiviral-signaling protein

A: TNF receptor-associated factor 3
B: Mitochondrial antiviral-signaling protein

A: TNF receptor-associated factor 3
B: Mitochondrial antiviral-signaling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7856
ポリマ－74,7856
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area11860 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area28690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.492, 83.492, 78.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

HOH

21A-623-

HOH

31A-633-

HOH

41A-745-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 3 / CD40 receptor-associated factor 1 / CRAF1 / TRAFAMN


分子量: 22662.016 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 376-567 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Traf3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60803
#2: タンパク質・ペプチド Mitochondrial antiviral-signaling protein / Cardif / MAVS / CARD adapter inducing interferon beta / Interferon beta promoter stimulator protein ...Cardif / MAVS / CARD adapter inducing interferon beta / Interferon beta promoter stimulator protein 1 / IPS-1 / Virus-induced-signaling adapter / VISA


分子量: 2266.415 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 138-158 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8VCF0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 10% PEG6000, 5%(v/v) 5-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. all: 16376 / Num. obs: 16363 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 4.2 / Observed criterion σ(I): 16.7 / Biso Wilson estimate: 28.36 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.2-2.241100
2.24-2.281100
2.28-2.321100
2.32-2.371100
2.37-2.421100
2.42-2.481100
2.48-2.541100
2.54-2.611100
2.61-2.691100
2.69-2.771100
2.77-2.871100
2.87-2.991100
2.99-3.121100
3.12-3.291100
3.29-3.49199.9
3.76-4.141100
4.14-4.74199.9
4.74-5.97199.7
5.97-50199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.199→36.819 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8538 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 1542 10.07 %
Rwork0.178 --
obs0.1827 15312 93.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.392 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 92.93 Å2 / Biso mean: 33.468 Å2 / Biso min: 12.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3257 Å20 Å20 Å2
2---3.3257 Å2-0 Å2
3---6.6514 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→36.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1621 0 0 151 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0422289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.846642
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1994-2.27030.27551330.20221164129789
2.2703-2.35150.26621320.18641150128289
2.3515-2.44560.29251310.18571197132890
2.4456-2.55690.24251290.19281153128288
2.5569-2.69170.25791330.191205133889
2.6917-2.86020.25221350.18631224135993
2.8602-3.0810.26151390.18841257139694
3.081-3.39080.20631460.1711294144097
3.3908-3.8810.18341490.16431334148399
3.881-4.88790.17771510.15271371152299
4.8879-36.82430.23721640.19521421158599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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