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- PDB-2gkw: Key contacts promote recongnito of BAFF-R by TRAF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gkw
タイトルKey contacts promote recongnito of BAFF-R by TRAF3
要素
  • TNF receptor-associated factor 3
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
キーワードAPOPTOSIS / CD40 / NF-kB signaling / BAFF receptor / TRAF3
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interferon-beta production / TRAF3 deficiency - HSE / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / CD40 receptor complex / regulation of defense response to virus / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding ...regulation of interferon-beta production / TRAF3 deficiency - HSE / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / CD40 receptor complex / regulation of defense response to virus / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of proteolysis / positive regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / signaling adaptor activity / regulation of cytokine production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / cytoplasmic side of plasma membrane / Ovarian tumor domain proteases / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / endosome / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. ...TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ely, K.R.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2004
タイトル: Key molecular contacts promote recognition of the BAFF receptor by TNF receptor-associated factor 3: implications for intracellular signaling regulation.
著者: Ni, C.-Z. / Oganesyan, G. / Welsh, K. / Zhu, X. / Reed, J.C. / Satterthwait, A.C. / Cheng, G. / Ely, K.R.
履歴
登録2006年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 3
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2472
ポリマ－24,2472
非ポリマー00
水00
1
A: TNF receptor-associated factor 3
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C

A: TNF receptor-associated factor 3
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C

A: TNF receptor-associated factor 3
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7406
ポリマ－72,7406
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area13630 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area27490 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.5, 83.5, 78.0
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 3 / CD40 receptor-associated factor 1 / CRAF1 / CD40-binding protein / CD40BP / LMP1-associated protein ...CD40 receptor-associated factor 1 / CRAF1 / CD40-binding protein / CD40BP / LMP1-associated protein / LAP1 / CAP-1


分子量: 21833.135 Da / 分子数: 1 / 断片: TRAF domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF3, CAP1, CRAF1 / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13114
#2: タンパク質・ペプチド Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C / BAFF Receptor / B cell-activating factor receptor / BAFF-R / BLyS receptor 3 / B-cell maturation defect


分子量: 2413.651 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 160-183 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this protein naturally exists in Homo Sapiens (Human).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 4000, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→15 Å / Num. all: 8920 / Num. obs: 8860 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 80.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1FLL

1fll


解像度: 2.7→14.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 309645.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 438 5.4 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 8072 90.6 %-
all-8910 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.7415 Å2 / ksol: 0.374209 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.34 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→14.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 0 0 1650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.362.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 62 5.3 %
Rwork0.315 1104 -
obs-1104 80.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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