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- PDB-4ggm: Structure of LpxI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ggm
タイトルStructure of LpxI
要素UDP-2,3-diacylglucosamine pyrophosphatase LpxI
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / lipid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding
類似検索 - 分子機能
LpxI C-terminal catalytic domain / LpxI, C-terminal / LpxI N-terminal domain / LpxI, C-terminal domain superfamily / : / LpxI C-terminal domain / LpxI N-terminal domain / Cytidine Deaminase; domain 2 / Rossmann fold - #20 / Rossmann fold ...LpxI C-terminal catalytic domain / LpxI, C-terminal / LpxI N-terminal domain / LpxI, C-terminal domain superfamily / : / LpxI C-terminal domain / LpxI N-terminal domain / Cytidine Deaminase; domain 2 / Rossmann fold - #20 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LP5 / UDP-2,3-diacylglucosamine pyrophosphatase LpxI / UDP-2,3-diacylglucosamine pyrophosphatase LpxI
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter crescentus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.897 Å
データ登録者Metzger IV, L.E. / Lee, J.K. / Finer-Moore, J.S. / Raetz, C.R.H. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: LpxI structures reveal how a lipid A precursor is synthesized.
著者: Metzger, L.E. / Lee, J.K. / Finer-Moore, J.S. / Raetz, C.R. / Stroud, R.M.
履歴
登録2012年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22012年11月21日Group: Database references
改定 1.32013年4月17日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: UDP-2,3-diacylglucosamine pyrophosphatase LpxI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1133
ポリマ－30,3771
非ポリマー7362
水1267
1
X: UDP-2,3-diacylglucosamine pyrophosphatase LpxI
ヘテロ分子

X: UDP-2,3-diacylglucosamine pyrophosphatase LpxI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2266
ポリマ－60,7542
非ポリマー1,4724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x,-y-1/2,-z+1/41
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.286, 74.286, 364.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細Biochemical, analytical, and mass spec data suggests dimer, which is noted in the manuscript, but it can also be monomer based on crystallographic results.

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要素

#1: タンパク質 UDP-2,3-diacylglucosamine pyrophosphatase LpxI


分子量: 30376.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア)
株: NA1000 / CB15N / 遺伝子: 7330127, CCNA_01987, lpxI / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: B8GWR0, UniProt: A0A0H3C8Q1*PLUS, UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-LP5 / (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE / 脂質X


分子量: 711.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H66NO12P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 100 mM MES pH 5.7, 3-7% w/v PEG 6000, 2.5% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日 / 詳細: Double Crystals Si111
放射モノクロメーター: DoubleCrystalSi111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→45 Å / Num. all: 11975 / Num. obs: 11932 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.8971→3.1886 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.897→45.513 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2716 571 4.79 %
Rwork0.2159 --
obs0.2186 11932 99.64 %
all-11975 -
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.217 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.6372 Å20 Å2-0 Å2
2--15.6372 Å2-0 Å2
3----31.2744 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.897→45.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2044 0 49 7 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3122915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.062854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005379
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8971-3.18860.4481380.332760X-RAY DIFFRACTION100
3.1886-3.64980.31761490.25992771X-RAY DIFFRACTION100
3.6498-4.59760.2671460.18392822X-RAY DIFFRACTION100
4.5976-45.51870.22691380.19963008X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.5091 Å / Origin y: -34.0188 Å / Origin z: 22.8347 Å
111213212223313233
T0.5872 Å2-0.0947 Å20.0256 Å2-0.6146 Å20.0329 Å2--0.6129 Å2
L1.372 °2-0.3719 °21.2975 °2-0.3138 °20.3656 °2--3.5262 °2
S-0.0234 Å °0.0875 Å °-0.173 Å °0.0677 Å °-0.1084 Å °0.0847 Å °0.085 Å °-0.3108 Å °0.1508 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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