[日本語] English
万見
- PDB-4ggk: Crystal structure of Zucchini from mouse (mZuc / PLD6 / MitoPLD) ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ggk
タイトルCrystal structure of Zucchini from mouse (mZuc / PLD6 / MitoPLD) bound to tungstate
要素Mitochondrial cardiolipin hydrolase
キーワードHYDROLASE / piRNA pathway / protein-RNA interactions / piRNA biogenesis / RNA interference / RNAi / HKD motif CCCH zinc finger / nuclease / nucleic acid binding / outer mitochondrial membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PA / cardiolipin hydrolase activity / P granule organization / piRNA processing / positive regulation of mitochondrial fusion / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phospholipase D activity / mitochondrial fusion / spermatid development / lipid catabolic process ...Synthesis of PA / cardiolipin hydrolase activity / P granule organization / piRNA processing / positive regulation of mitochondrial fusion / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phospholipase D activity / mitochondrial fusion / spermatid development / lipid catabolic process / meiotic cell cycle / endonuclease activity / nuclear membrane / mitochondrial outer membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTATE(VI)ION / Mitochondrial cardiolipin hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ipsaro, J.J. / Haase, A.D. / Hannon, G.J. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: The structural biochemistry of Zucchini implicates it as a nuclease in piRNA biogenesis.
著者: Ipsaro, J.J. / Haase, A.D. / Knott, S.R. / Joshua-Tor, L. / Hannon, G.J.
履歴
登録2012年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial cardiolipin hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6563
ポリマ－22,3431
非ポリマー3132
水63135
1
A: Mitochondrial cardiolipin hydrolase
ヘテロ分子

A: Mitochondrial cardiolipin hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3126
ポリマ－44,6862
非ポリマー6264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.859, 38.859, 213.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

WO4

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial cardiolipin hydrolase / Choline phosphatase 6 / Mitochondrial phospholipase / MitoPLD / Phosphatidylcholine-hydrolyzing ...Choline phosphatase 6 / Mitochondrial phospholipase / MitoPLD / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D6 / Phospholipase D6 / PLD 6


分子量: 22342.830 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic domain, UNP residues 31-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pld6 / プラスミド: pFL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q5SWZ9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM Bis-Tris, pH 6.5, 18% PEG-3350, 2% tascimate, pH 6.0, 1:100 m/m ratio protein:chymotrypsin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.2716, 1.2983
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月14日
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal monochromator with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.27161
21.29831
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 10188 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 2879 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BYR

1byr


解像度: 2.1→38.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 11.951 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25123 514 5 %RANDOM
Rwork0.20938 ---
all0.21144 9676 --
obs0.21144 9676 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.182 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1316 0 6 35 1357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211352
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.9671818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8843.0032268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4625161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.31622.92365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37215238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4861514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5511.5535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1321.5219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9982857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6953317
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7794.5292
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 35 -
Rwork0.226 565 -
obs-642 93.46 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.3089 Å / Origin y: -15.4007 Å / Origin z: -12.2358 Å
111213212223313233
T0.0484 Å2-0.0124 Å2-0.0006 Å2-0.0696 Å2-0.0277 Å2--0.03 Å2
L5.2756 °2-1.1767 °2-0.1849 °2-2.6755 °2-0.4657 °2--3.431 °2
S0.0673 Å °0.4078 Å °-0.2012 Å °-0.2536 Å °-0.0997 Å °-0.0417 Å °-0.1366 Å °0.0669 Å °0.0324 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る