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- PDB-4gg6: Protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gg6
タイトルProtein complex
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, DQ ...) x 2
  • (T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ...) x 2
  • Peptide from Alpha/beta-gliadin MM1
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNE RECEPTOR-LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / MHC class II receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / humoral immune response / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 ...nutrient reservoir activity / MHC class II receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / humoral immune response / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / endocytic vesicle membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / Golgi membrane / lysosomal membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / : / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) ...Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / : / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / : / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell receptor, sp3.4 alpha chain / T cell receptor beta constant 1 / HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain / Alpha/beta-gliadin MM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Broughton, S.E. / Theodossis, A. / Petersen, J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2012
タイトル: Biased T cell receptor usage directed against human leukocyte antigen DQ8-restricted gliadin peptides is associated with celiac disease.
著者: Broughton, S.E. / Petersen, J. / Theodossis, A. / Scally, S.W. / Loh, K.L. / Thompson, A. / van Bergen, J. / Kooy-Winkelaar, Y. / Henderson, K.N. / Beddoe, T. / Tye-Din, J.A. / Mannering, S.I. ...著者: Broughton, S.E. / Petersen, J. / Theodossis, A. / Scally, S.W. / Loh, K.L. / Thompson, A. / van Bergen, J. / Kooy-Winkelaar, Y. / Henderson, K.N. / Beddoe, T. / Tye-Din, J.A. / Mannering, S.I. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Anderson, R.P. / Koning, F. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
履歴
登録2012年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
E: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN
F: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN
G: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN
H: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN
I: Peptide from Alpha/beta-gliadin MM1
J: Peptide from Alpha/beta-gliadin MM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,83713
ポリマ－198,17410
非ポリマー6643
水00
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
G: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN
H: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN
J: Peptide from Alpha/beta-gliadin MM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5297
ポリマ－99,0875
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
E: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN
F: T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN
I: Peptide from Alpha/beta-gliadin MM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3086
ポリマ－99,0875
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.708, 134.325, 140.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13E
23G
14F
24H
15I
25J
16C
26A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 155
2112C1 - 155
1215A156 - 162
2215C156 - 162
1312A163 - 182
2312C163 - 182
1122B3 - 101
2122D3 - 101
1225B102 - 115
2225D102 - 115
1322B116 - 131
2322D116 - 131
1425B132 - 142
2425D132 - 142
1522B143 - 161
2522D143 - 161
1625B162 - 171
2625D162 - 171
1722B172 - 185
2722D172 - 185
1825B186 - 189
2825D186 - 189
1925B2
2925D2
1132E3 - 127
2132G3 - 127
1235E128 - 131
2235G128 - 131
1332E151 - 180
2332G151 - 180
1435E190 - 201
2435G190 - 201
1532E132 - 143
2532G132 - 143
1635E144 - 150
2635G144 - 150
1732E184 - 189
2732G184 - 189
1835E181 - 183
2835G181 - 183
1142F2 - 244
2142H2 - 244
1152I1 - 13
2152J1 - 13
1162C201
2162A201 - 202

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
HLA class II histocompatibility antigen, DQ ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / DC-1 alpha chain / DC-alpha / HLA-DCA / MHC class II DQA1


分子量: 21874.377 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS, UNP RESIDUES 24-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / プラスミド: PFASTBACDUAL / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: P01909
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain / MHC class II antigen DQB1


分子量: 24606.475 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS, UNP RESIDUES 33-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB, HLA-DQB1 / プラスミド: PFASTBACDUAL / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: P01920

-
T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ... , 2種, 4分子 EGFH

#3: タンパク質 T-CELL RECEPTOR, SP3.4 ALPHA CHAIN


分子量: 23039.484 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / Mutation: T176C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K7N5N2*PLUS
#4: タンパク質 T-CELL RECEPTOR, SP3.4 BETA CHAIN


分子量: 27558.459 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / Mutation: C202A, S184C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01850*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 5分子 IJ

#5: タンパク質・ペプチド Peptide from Alpha/beta-gliadin MM1 / Prolamin


分子量: 2008.019 Da / 分子数: 2
断片: DEAMIDATED ALPHA-I GLIADIN PEPTIDE, UNP RESIDUES 243-260
Mutation: Q3E, Q11E / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICAL SYNTHESIS / 由来: (合成) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P18573
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細1. SEQUENCE CONFLICTS OF ENTITY 1 AND 2 ARE ALL NATURAL VARIANTS ACCORDING TO DATABASE UNIPROT ...1. SEQUENCE CONFLICTS OF ENTITY 1 AND 2 ARE ALL NATURAL VARIANTS ACCORDING TO DATABASE UNIPROT P01909 (ENTITY 1) AND P01920 (ENTITY 2) RESPECTIVELY. 2. RESIDUES NUMBERING FOR CHAIN A,C,E,G,F AND H HAVE BEEN CHANGED TO CONFORM WITH THE NUMBERING CONVENTION IN THE IMGT DATABASE. 3. THE SEQUENCE DATABASE FOR ENTITY 3 AND 4 CURRENTLY DO NOT EXIST. ACCORDING TO AUTHOR, RESIDUE 176 (T176C) IN ENTITY 3 AND RESIDUES 184 (S184C) AND 202 (C202A) IN ENTITY 4 ARE ENGINEERED MUTATIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M MES PH 6.5, 17% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95666 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95666 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 32429 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1KGC AND 2NNA

1kgc

2nna


解像度: 3.2→35.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 59.408 / SU ML: 0.445 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.597 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1646 5.1 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.248 30631 91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å20 Å20 Å2
2--0.61 Å2-0 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→35.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11877 0 42 0 11919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02112251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9751.93916794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.31151549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1323.816532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.191151627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6651558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1151.57852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.224212533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.36234399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6214.54261
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A700tight positional0.020.05
2B592tight positional0.30.05
3E692tight positional0.020.05
4F972tight positional0.020.05
5I52tight positional0.140.05
1A662medium positional0.020.5
2B612medium positional0.390.5
3E594medium positional0.030.5
4F833medium positional0.020.5
5I44medium positional0.320.5
6C14medium positional0.140.5
1A7loose positional0.025
2B30loose positional1.065
3E4loose positional0.025
1A700tight thermal0.020.5
2B592tight thermal0.110.5
3E692tight thermal0.020.5
4F972tight thermal0.020.5
5I52tight thermal0.080.5
1A662medium thermal0.032
2B612medium thermal0.182
3E594medium thermal0.032
4F833medium thermal0.032
5I44medium thermal0.192
6C14medium thermal0.092
1A7loose thermal0.0210
2B30loose thermal0.1310
3E4loose thermal0.0210
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 113 -
Rwork0.324 2276 -
obs--93.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4179-0.17731.20321.6710.13961.0184-0.0524-0.1949-0.1689-0.06410.05650.08660.1088-0.1312-0.00410.2132-0.00930.04840.1307-0.01510.1314-73.36167.975-43.861
22.45780.74270.0323.42192.68566.9454-0.09160.1003-0.40710.2871-0.1290.48120.7783-0.94090.22060.3616-0.0336-0.00640.5127-0.02250.3976-94.85664.634-59.594
33.40121.48163.38453.26261.80923.43090.16090.4975-0.1569-0.1188-0.01-0.30150.11880.4265-0.15090.23820.00360.02390.38920.0150.1496-61.43169.035-63.778
43.1219-1.2522-2.73231.79642.37856.47250.01650.3583-0.0587-0.2701-0.17850.2578-0.2712-0.37880.1620.2765-0.0056-0.05830.1942-0.02910.1556-88.89170.644-72.204
55.01360.41240.65141.9588-0.54321.44310.0463-0.44130.15770.0301-0.1402-0.2772-0.0930.35160.09380.2311-0.0174-0.05340.22020.09910.328917.40830.606-36.423
62.51880.61960.3621.6943-0.16182.4628-0.1573-0.17930.47030.23480.0183-0.7944-0.55860.76660.13910.5619-0.0440.02310.74080.04260.743837.88632.703-50.12
74.95841.2534-3.55012.0197-1.20564.0985-0.01510.66020.1128-0.27460.0585-0.0185-0.0624-0.1423-0.04330.3098-0.06120.01620.28370.05520.22995.60728.84-56.552
85.0128-1.16951.38132.3357-1.62263.8113-0.0080.9690.0102-0.3565-0.4844-0.45670.34470.60430.49240.47530.1310.19590.52020.17720.422133.0827.647-64.612
92.96990.38340.21383.5939-0.57932.0590.0696-0.04280.24950.1748-0.0087-0.0331-0.21910.0522-0.06090.13180.02010.04850.13220.1010.1167-13.16523.967-31.998
102.6436-1.3456-0.64494.02550.29811.04620.37510.0630.192-0.2361-0.06720.7926-0.5212-0.5062-0.30790.39160.14540.14550.39880.210.4671-38.53131.228-32.69
110.5429-0.2553-1.45761.66072.67467.11760.3701-0.14270.4490.26970.23580.1436-0.39030.0509-0.60590.76730.15990.38020.6571-0.23070.7236-35.05638.16-10.256
121.89360.5540.33792.92740.05510.6695-0.0713-0.08750.16120.07770.12610.0544-0.00070.0028-0.05480.12350.0254-0.03180.2202-0.10030.1901-42.42274.203-39.62
130.592-0.8543-0.32464.0517-0.70080.6673-0.0522-0.18310.1256-0.271-0.2124-0.95630.15450.31080.26470.2233-0.0132-0.00530.4729-0.11090.5103-16.66867.373-41.009
145.284-0.65084.0780.5154-0.86244.15250.4142-0.2532-0.15820.2767-0.1097-0.24520.13140.494-0.30450.45010.0223-0.19760.5676-0.19070.4385-17.57659.349-17.683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E3 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2E114 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3F2 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4F118 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5G3 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6G114 - 189
7X-RAY DIFFRACTION7H2 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8H118 - 244
9X-RAY DIFFRACTION9A1 - 85
10X-RAY DIFFRACTION9B3 - 92
11X-RAY DIFFRACTION9J1 - 13
12X-RAY DIFFRACTION9A201
13X-RAY DIFFRACTION10A86 - 180
14X-RAY DIFFRACTION10A202
15X-RAY DIFFRACTION11B93 - 188
16X-RAY DIFFRACTION12C1 - 85
17X-RAY DIFFRACTION12D2 - 92
18X-RAY DIFFRACTION12I1 - 13
19X-RAY DIFFRACTION13C86 - 180
20X-RAY DIFFRACTION13C201
21X-RAY DIFFRACTION14D93 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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