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- PDB-4gft: Malaria invasion machinery protein-Nanobody complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gft
タイトルMalaria invasion machinery protein-Nanobody complex
要素
  • Myosin A tail domain interacting protein
  • Nanobody
キーワードprotein binding / immune system / Malaria invasion machinery protein / MTIP / MYOA TAIL INTERACTING PROTEIN / NANOBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


glideosome / inner membrane pellicle complex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / myosin II complex / myosin heavy chain binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Myosin A tail domain interacting protein, N-terminal / EF-hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Myosin A tail domain interacting protein, N-terminal / EF-hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin A tail domain interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
LAMA GLAMA (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Khamrui, S. / Turley, S. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Verlinde, C. / Fan, E. / Bergman, L.W. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2013
タイトル: The structure of the D3 domain of Plasmodium falciparum myosin tail interacting protein MTIP in complex with a nanobody.
著者: Khamrui, S. / Turley, S. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Fan, E. / Verlinde, C.L. / Bergman, L.W. / Hol, W.G.
履歴
登録2012年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Other
改定 1.22015年12月9日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin A tail domain interacting protein
B: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7174
ポリマ－22,5932
非ポリマー1242
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.848, 52.951, 73.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Myosin A tail domain interacting protein


分子量: 7856.606 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (unp residues 137-204) / 変異: C155S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: MTIP, PFL2225w / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta / 参照: UniProt: Q8I4W8
#2: 抗体 Nanobody


分子量: 14736.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LAMA GLAMA (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 25% PEG3350, 50 mM ammonium sulfate, 0.1 M TrisHCl, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→35.6 Å / Num. all: 152128 / Num. obs: 23569 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→35.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.443 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20466 1261 5.1 %RANDOM
Rwork0.18121 ---
obs0.18239 23568 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.056 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.81 Å2-0 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1440 0 8 108 1556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5671.9362009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8413.0013069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9995190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.87824.55968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.70615227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.751157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 93 -
Rwork0.339 1586 -
obs--91.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
117.895125.5397-12.792572.768-11.41914.4969-2.69892.0771-1.0044-2.77251.76751.02693.4054-2.31430.93141.345-0.73060.16760.6386-0.14080.24339.812-11.077-38.678
23.0570.1034-4.66443.9667-1.59788.6707-0.21690.0681-0.0539-0.28780.0697-0.00970.517-0.16950.14720.098-0.01240.03650.08360.0190.035115.349-1.027-39.13
366.25454.20161.389532.387416.982963.10040.85580.39760.4604-1.6865-0.46874.0740.6773-0.8778-0.3870.2031-0.0456-0.2640.2430.03950.69776.072-0.929-35.171
455.078249.3187-10.108450.09126.724643.8325-1.5020.7941-1.174-0.4057-0.1917-0.50612.7827-2.49061.69370.4623-0.21780.08550.74430.08610.89932.023-7.462-35.619
55.04111.7799.425333.92991.739923.00470.3974-0.0479-0.1715-0.9698-0.24870.41281.1037-0.1378-0.14870.12130.007-0.00750.07690.00030.04950.458-2.653-27.219
67.13771.366-0.52092.30350.24.3455-0.0926-0.1158-0.0396-0.0720.1019-0.1575-0.07870.2903-0.00930.04930.02720.01230.0810.0230.035810.056-1.42-24.82
716.7116-5.3034-12.192312.88726.374926.12190.1013-0.73170.87040.6528-0.0294-0.3377-0.71080.8818-0.0720.1418-0.009-0.03430.127-0.00350.103317.7992.796-30.059
86.63363.6708-8.26299.9107-7.035714.8256-0.41360.0061-0.2736-0.4264-0.0097-0.31280.84060.17350.42330.17570.0480.05470.1040.00250.103915.164-9.708-30.41
91.3213-0.19452.3242.1961-3.741916.0393-0.0468-0.11270.00740.18280.06980.0978-0.1472-0.1548-0.0230.08210.00190.00960.063-0.00250.02681.937-8.193-6.945
1023.64435.296612.20833.87316.224915.86670.6395-0.3466-0.11020.1699-0.3614-0.18570.8190.0048-0.27810.2351-0.022-0.07770.13490.06840.07719.27-21.5387.246
111.5938-0.30240.42831.4548-0.3761.65870.0035-0.03780.06630.06050.01340.0332-0.0321-0.0279-0.01690.0381-0.0065-0.02260.0421-0.00410.02414.155-12.521-12.124
1260.809721.47241.905224.319124.309634.2851-0.52750.16760.8913-0.77530.2572-0.2954-0.69690.23830.27030.2318-0.08820.01220.21240.02480.076918.613-9.82-7.919
138.43011.76695.01193.00750.75485.0110.18470.3484-0.4003-0.22030.0665-0.19430.21850.334-0.25120.06190.0163-0.01890.0607-0.02690.03887.819-22.716-15.28
143.8958-1.08292.50123.4881-0.31044.06020.0054-0.0833-0.15640.27750.0758-0.06170.1401-0.0141-0.08120.0601-0.0062-0.0130.05090.00660.02244.552-21.563-7.341
150.3697-0.36610.74721.713-0.76714.04370.02720.048-0.00780.0102-0.0373-0.28650.06640.23850.01010.0402-0.0094-0.01540.09630.00130.080410.894-13.177-12.869
169.3612-12.488614.413221.5465-24.832228.6194-0.3103-0.5467-0.07530.63830.2952-0.0107-0.7379-0.34580.01520.1556-0.0124-0.0510.12350.00260.043610.365-11.7814.057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A140 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2A149 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3A165 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4A169 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5A175 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6A179 - 189
7X-RAY DIFFRACTION7A190 - 193
8X-RAY DIFFRACTION8A194 - 204
9X-RAY DIFFRACTION9B2 - 12
10X-RAY DIFFRACTION10B13 - 19
11X-RAY DIFFRACTION11B20 - 44
12X-RAY DIFFRACTION12B45 - 48
13X-RAY DIFFRACTION13B49 - 64
14X-RAY DIFFRACTION14B65 - 87
15X-RAY DIFFRACTION15B88 - 117
16X-RAY DIFFRACTION16B118 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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