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- PDB-4gfh: Topoisomerase II-DNA-AMPPNP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gfh
タイトルTopoisomerase II-DNA-AMPPNP complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*(TSP))-3')
  • DNA topoisomerase 2
キーワードIsomerase/DNA / TOPOISOMERASE / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA SUPERCOILING / DNA REPLICATION / ATP-BINDING / DNA-BINDING / ISOMERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / ISOMERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


replication fork progression beyond termination site / DNA replication termination region / chromatin remodeling at centromere / regulation of mitotic recombination / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / SUMOylation of DNA replication proteins / synaptonemal complex / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination ...replication fork progression beyond termination site / DNA replication termination region / chromatin remodeling at centromere / regulation of mitotic recombination / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / SUMOylation of DNA replication proteins / synaptonemal complex / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA topological change / rRNA transcription / chromatin organization / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / : / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A ...DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / : / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.408 Å
データ登録者Schmidt, B.H. / Osheroff, N. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of a topoisomerase II-DNA-nucleotide complex reveals a new control mechanism for ATPase activity.
著者: Schmidt, B.H. / Osheroff, N. / Berger, J.M.
履歴
登録2012年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_conn / Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*(TSP))-3')
E: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
F: DNA topoisomerase 2
G: DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*(TSP))-3')
J: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,57814
ポリマ－304,51710
非ポリマー1,0614
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.135, 169.884, 169.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A DIMER

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AF

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2 / DNA topoisomerase II


分子量: 136355.125 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-1177 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TOP2, TOR3, YNL088W, N2244 / 参照: UniProt: P06786, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 4種, 8分子 BGCHDIEJ

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3269.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4675.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*(TSP))-3')


分子量: 3429.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*C)-3')


分子量: 4529.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 2種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 23% PEG 300, 100 mM Tris (8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月21日
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.408→50 Å / Num. all: 28660 / Num. obs: 28660 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 4.408→4.57 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.703 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.408→46.988 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2754 1450 5.06 %random
Rwork0.2391 ---
obs0.241 28660 91.22 %-
all-28660 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 187.65 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.3384 Å2-0 Å20 Å2
2--2.357 Å2-0 Å2
3---5.9815 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.408→46.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18054 2118 64 0 20236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00420878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84228615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7948059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.408-4.56520.42171180.36962690X-RAY DIFFRACTION90
4.5652-4.74780.37391410.33092707X-RAY DIFFRACTION93
4.7478-4.96370.33031480.29662718X-RAY DIFFRACTION92
4.9637-5.22510.33131450.28172722X-RAY DIFFRACTION93
5.2251-5.55190.32671420.26552749X-RAY DIFFRACTION92
5.5519-5.97980.34731460.27192738X-RAY DIFFRACTION92
5.9798-6.58010.33711440.26722692X-RAY DIFFRACTION91
6.5801-7.52890.24621650.22312690X-RAY DIFFRACTION90
7.5289-9.47290.24391470.18062745X-RAY DIFFRACTION91
9.4729-46.9880.22211540.20742759X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87330.8298-0.02913.152-0.79220.41720.2541-1.3744-0.36670.9153-0.5053-0.2056-0.42211.07660.18221.7641-0.1245-0.17741.78270.31290.99827.892821.619175.5921
25.38052.78330.98075.03893.33434.16160.521-0.2556-0.31240.1966-0.78260.4485-0.4555-0.20770.2522.0154-0.0320.36271.49870.12692.0684-5.312311.292450.8516
33.9642.04251.64973.02763.06314.5942-0.29810.43020.1071-1.06450.3945-0.0497-0.85250.9176-0.01791.861-0.1578-0.34792.06480.07531.9909-12.106129.1108-6.0183
42.57380.58351.4621.281.06432.95430.0752-0.41360.30220.2244-0.445-0.07830.22750.0530.43661.87670.0013-0.16571.5481-0.13871.7032-48.81643.06171.794
53.62532.58674.81042.78191.95098.5573-0.74690.31571.2027-0.6636-0.65680.56051.09090.17441.18751.50710.1149-0.25591.8246-0.03521.8533-22.892742.689115.0696
63.14951.29380.20685.2606-3.11382.64680.56651.1084-0.24821.84340.20311.96870.41210.7006-0.71862.2195-0.23510.22081.4538-0.17711.5332-24.029439.262316.5929
74.8443-3.12764.8932.8248-4.28776.29331.1707-0.22961.2729-0.4032-0.96580.65991.01621.4999-0.09491.7557-0.0889-0.34172.2403-0.01451.2271-27.1749-0.245519.4257
81.57092.17690.03733.21430.49732.4254-0.1550.16550.1724-0.79710.31290.2052-0.6133-1.08220.07982.26790.2553-0.08961.81440.20032.3839-25.69143.135218.2475
91.12250.7442-0.24613.2783-1.58941.92740.4277-1.1111-0.4625-0.1922-0.612-0.8802-0.11671.1460.19120.9798-0.2805-0.22821.7320.0861.82633.300220.892250.2072
103.6033-2.59591.20345.0811-1.68645.18740.1898-0.0651-0.4335-0.3233-0.4895-0.6295-0.77940.32280.55472.2196-0.17930.36051.40770.18412.00619.214231.346237.1597
113.2841-1.44381.76211.4558-1.95113.3358-0.1747-0.7443-0.50510.67640.38850.7421-0.1051-0.3267-0.252.31230.0921-0.38742.43160.07862.2724-48.295613.347730.1698
123.8392-1.63811.71191.2971-0.51523.20550.4004-0.09830.3988-0.0479-0.3988-0.42450.21910.38380.02931.56980.0776-0.1931.2787-0.04761.7945-40.4565-0.5927-6.5379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 7:240)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 241:408)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 421:690)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 691:1177)
5X-RAY DIFFRACTION5chain B or chain D
6X-RAY DIFFRACTION6chain C or chain E
7X-RAY DIFFRACTION7chain G or chain I
8X-RAY DIFFRACTION8chain H or chain J
9X-RAY DIFFRACTION9chain F and (resseq 7:240)
10X-RAY DIFFRACTION10chain F and (resseq 241:404)
11X-RAY DIFFRACTION11chain F and (resseq 421:690)
12X-RAY DIFFRACTION12chain F and (resseq 691:1177)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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