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万見
- PDB-4gei: N-terminal domain of VDUP-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gei
タイトルN-terminal domain of VDUP-1
要素Thioredoxin-interacting protein
キーワードPROTEIN BINDING / alpha-arrestin / oxidative stress / metabolism / thioredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to tumor cell / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of cell division / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / The NLRP3 inflammasome / enzyme inhibitor activity / response to mechanical stimulus / response to glucose / Purinergic signaling in leishmaniasis infection ...cellular response to tumor cell / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of cell division / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / The NLRP3 inflammasome / enzyme inhibitor activity / response to mechanical stimulus / response to glucose / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / keratinocyte differentiation / response to progesterone / response to hydrogen peroxide / response to calcium ion / Cytoprotection by HMOX1 / protein import into nucleus / response to estradiol / protein transport / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Polekhina, G. / Kok, S.F. / Ascher, D.B. / Waltham, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the N-terminal domain of human thioredoxin-interacting protein.
著者: Polekhina, G. / Ascher, D.B. / Kok, S.F. / Beckham, S. / Wilce, M. / Waltham, M.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0481
ポリマ－17,0481
非ポリマー00
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.250, 76.280, 31.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin-interacting protein / Thioredoxin-binding protein 2 / Vitamin D3 up-regulated protein 1


分子量: 17048.428 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 2-149 / 変異: K64A, C36S, C49S, C120S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TXNIP, VDUP1 / プラスミド: modified pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EC538 / 参照: UniProt: Q9H3M7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細K26R SEQUENCE CONFLICT IN UNP ENTRY Q9H3M7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.15
詳細: 25mM Hepes, 1 mM DTT, pH 7.15, batch, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月19日 / 詳細: mirrows
放射モノクロメーター: silicon double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→38 Å / Num. obs: 36857 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.672 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: A MODEL OBTAINED FROM EXPERIMENTAL PHASING BY SAD USING PT SOAKED CRYSTALS

解像度: 1.5→30.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.102 / SU ML: 0.042 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20328 3619 9.9 %RANDOM
Rwork0.17958 ---
obs0.18198 32902 99.79 %-
all-36955 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å2-0.28 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3----0.22 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.164 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1151 0 0 219 1370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8171.9781864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.855184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6292566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88315256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.727158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 275 -
Rwork0.35 2415 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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