[日本語] English
万見
- PDB-4gej: N-terminal domain of VDUP-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gej
タイトルN-terminal domain of VDUP-1
要素Thioredoxin-interacting protein
キーワードPROTEIN BINDING / alpha-arrestin / oxidative stress / metabolism / thioredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to tumor cell / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of cell division / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / enzyme inhibitor activity / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / The NLRP3 inflammasome / response to glucose / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / response to mechanical stimulus ...cellular response to tumor cell / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of cell division / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / enzyme inhibitor activity / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / The NLRP3 inflammasome / response to glucose / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / response to mechanical stimulus / keratinocyte differentiation / response to progesterone / Cytoprotection by HMOX1 / response to hydrogen peroxide / response to calcium ion / protein import into nucleus / protein transport / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Polekhina, G. / Kok, S.F. / Ascher, D.B. / Waltham, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the N-terminal domain of human thioredoxin-interacting protein.
著者: Polekhina, G. / Ascher, D.B. / Kok, S.F. / Beckham, S. / Wilce, M. / Waltham, M.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-interacting protein
B: Thioredoxin-interacting protein
C: Thioredoxin-interacting protein
D: Thioredoxin-interacting protein
E: Thioredoxin-interacting protein
F: Thioredoxin-interacting protein
G: Thioredoxin-interacting protein
H: Thioredoxin-interacting protein
I: Thioredoxin-interacting protein
J: Thioredoxin-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,26615
ポリマ－171,06510
非ポリマー2005
水00
1
A: Thioredoxin-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1472
ポリマ－17,1071
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioredoxin-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1071
ポリマ－17,1071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thioredoxin-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1472
ポリマ－17,1071
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Thioredoxin-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1472
ポリマ－17,1071
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Thioredoxin-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1071
ポリマ－17,1071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Thioredoxin-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1071
ポリマ－17,1071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Thioredoxin-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1071
ポリマ－17,1071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Thioredoxin-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1472
ポリマ－17,1071
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Thioredoxin-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1472
ポリマ－17,1071
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Thioredoxin-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1071
ポリマ－17,1071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.740, 178.810, 81.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.998099, -0.021487, 0.057772), (-0.02675, -0.995406, 0.091927), (0.055531, -0.093298, -0.994088)-1.59737, -4.40958, 74.29827
3given(-0.073441, -0.087606, -0.993444), (0.024884, -0.995985, 0.08599), (-0.996989, -0.018406, 0.075326)61.21162, -23.95721, 58.37457
4given(-0.01918, -0.079169, -0.996677), (0.116942, 0.98984, -0.080876), (0.992954, -0.118104, -0.009727)65.42342, 17.38117, 11.03321
5given(-0.092952, 0.104987, 0.99012), (-0.001632, 0.994408, -0.105595), (-0.995669, -0.011431, -0.092261)-12.89307, -14.56666, 65.39248
6given(-0.106896, 0.057708, 0.992594), (0.088918, -0.993759, 0.067351), (0.990286, 0.09546, 0.101098)-8.85381, 12.41897, 7.38716
7given(-0.771677, -0.006499, -0.635982), (0.02385, 0.998949, -0.039147), (0.635567, -0.045377, -0.770711)67.55037, -35.33961, 50.0869
8given(-0.971142, 0.025786, -0.237105), (-0.065104, -0.985045, 0.159527), (-0.229446, 0.17036, 0.958297)56.74283, 30.89916, 2.20666
9given(-0.728889, 0.042621, 0.683304), (-0.006833, -0.998464, 0.05499), (0.684598, 0.035413, 0.72806)15.56883, -38.29673, -5.45101
10given(-0.979911, -0.021547, 0.19827), (-0.056468, 0.983441, -0.172205), (-0.191277, -0.179942, -0.964901)41.23509, 44.10386, 72.19287

-
要素

#1: タンパク質
Thioredoxin-interacting protein / Thioredoxin-binding protein 2 / Vitamin D3 up-regulated protein 1


分子量: 17106.529 Da / 分子数: 10 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 2-149 / 変異: C36S, C49S, C120S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TXNIP, VDUP1 / プラスミド: modified pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EC538 / 参照: UniProt: Q9H3M7
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY
配列の詳細K26R SEQUENCE CONFLICT IN UNP ENTRY Q9H3M7

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月11日 / 詳細: mirrows
放射モノクロメーター: silicon double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.71 Å / Num. all: 46358 / Num. obs: 46358 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 6708 / Rsym value: 0.665 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 40.651 / SU ML: 0.348 / Isotropic thermal model: isotropic with TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 4.27 / ESU R Free: 0.433 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2936 2320 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.224 46358 --
obs0.224 44007 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 89.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å20 Å20.2 Å2
2---3.57 Å20 Å2
3---1.37 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.487 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10933 0 5 0 10938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8171.97115051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.53351341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.66424.34523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.804152016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0691570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218414
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 181 -
Rwork0.324 3156 -
obs--98.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0561-0.16921.82712.31190.98556.97610.19450.3019-0.0472-0.2034-0.65090.63910.2756-1.29740.45640.31950.102-0.26030.9568-0.29360.43525.6367-3.747219.4165
22.275-0.2334-1.17332.3311-0.12532.6055-0.0493-0.24980.2045-0.0699-0.09620.3906-0.0901-0.38080.14560.1472-0.02550.06210.2068-0.17630.23254.00734.386255.2729
35.2931-1.153.4284.8108-1.36596.07010.237-0.69650.44150.4869-0.0636-0.92970.13660.3197-0.17350.099-0.0331-0.13040.2736-0.16440.359743.6177-14.387954.3951
44.0026-2.0693-2.87323.99163.23593.5175-0.4235-0.5584-0.40231.10740.0670.41570.8705-0.04460.35650.7145-0.05140.14480.34280.12480.27976.2912-16.692662.0001
53.69110.2203-3.58741.7225-0.24046.217-0.1591-0.0835-0.44870.14310.0638-0.2860.45510.57120.09520.09750.06190.03050.0933-0.06640.258844.730113.764720.6898
62.1261.35192.96933.752.81610.83680.06240.25750.2629-1.2097-0.46930.2062-1.9693-1.62820.40691.14950.872-0.22260.7666-0.13210.26878.580118.044714.435
70.369-1.0604-0.07683.36710.70165.186-0.1571-0.0963-0.00950.13630.2342-0.0740.17490.3689-0.07710.45850.0109-0.00020.37720.0110.211229.040433.213362.2744
85.6561-0.2711-1.65653.31090.30652.44770.0820.41630.50910.14030.3035-0.3493-0.28220.4237-0.38560.1609-0.04910.11780.2052-0.05650.200949.075734.743322.5502
90.48160.1456-1.17562.62962.13875.33880.03820.1561-0.0274-0.43480.18-0.3784-0.4761-0.1806-0.21820.50590.05540.06080.3775-0.07850.211524.0218-34.759312.3468
108.22142.68931.86745.58561.33441.32540.1681-0.9663-0.53930.2928-0.0027-1.05250.3840.1451-0.16540.27990.0728-0.27680.27670.12660.670948.7881-36.088252.5814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 149
5X-RAY DIFFRACTION5E8 - 149
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 149
7X-RAY DIFFRACTION7G8 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8H8 - 149
9X-RAY DIFFRACTION9I8 - 149
10X-RAY DIFFRACTION10J8 - 149

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る