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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gdj | |||||||||
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タイトル | A subtype N10 neuraminidase-like protein of A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010 | |||||||||
![]() | Neuraminidase | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / INFLUENZA VIRUS / NEURAMINIDASE-LIKE / N10 / BETA PROPELLER / ECTODOMAIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhu, X. / Wilson, I.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of two subtype N10 neuraminidase-like proteins from bat influenza A viruses reveal a diverged putative active site. 著者: Zhu, X. / Yang, H. / Guo, Z. / Yu, W. / Carney, P.J. / Li, Y. / Chen, L.M. / Paulson, J.C. / Donis, R.O. / Tong, S. / Stevens, J. / Wilson, I.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 742.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 631.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 78.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41735.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)) 遺伝子: NA / 発現宿主: ![]() #2: 多糖 | beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / pH: 8 詳細: 0.2 M Mg nitrate, 20% glycerol, 18% polyethylene glycol 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月5日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 135663 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 43.1 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.67 / % possible all: 86.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.73 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.3619 Å / Origin y: 0.9712 Å / Origin z: 56.9826 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |