PDB-4gde: Crystal structure of NADPH-reduced Aspergillus fumigatus UDP-gala...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gde

タイトル

Crystal structure of NADPH-reduced Aspergillus fumigatus UDP-galactopyranose

要素

UDP-galactopyranose mutase

キーワード

ISOMERASE / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE BINDING / NUCLEOTIDE BINDING / MUTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / cell wall organization / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Dhatwalia, R.D. / Singh, H.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Identification of the NAD(P)H Binding Site of Eukaryotic UDP-Galactopyranose Mutase.
著者: Dhatwalia, R. / Singh, H. / Solano, L.M. / Oppenheimer, M. / Robinson, R.M. / Ellerbrock, J.F. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2012年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gde.cif.gz	784 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gde.ent.gz	650.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gde_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gde_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4gde_validation.xml.gz	73.3 KB	表示
CIF形式データ	4gde_validation.cif.gz	99.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/4gde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/4gde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vwtC 5vwuC 3utfS 3utg 3uth S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u8k-d 3utg-d 4u8p-d 1716 3uka-d 4u8j-d 3uth-d 5hhf-d 3ute-d 3utf-d 5vwu-d 4u8l-d 5vwt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-galactopyranose mutase

B: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

D: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

233 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	217.451, 217.451, 319.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	UDP-galactopyranose mutase 分子量: 57128.484 Da / 分子数: 4 / 変異: K344A, K345A, A429T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: GLF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4W1X2, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHOR STATES THAT A429T IS AN UNINTENDED MUTATION ON THE SURFACE OF THE PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.4M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.5., vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→49.65 Å / Num. all: 222394 / Num. obs: 222394 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.2-2.32	4	0.673	1.2	127933	32233	0.673	99.8
2.32-2.46	4.3	0.474	1.6	131430	30516	0.474	100
2.46-2.63	4.5	0.334	2.3	130120	28768	0.334	100
2.63-2.84	4.6	0.221	3.5	123950	26805	0.221	99.9
2.84-3.11	4.6	0.145	5.2	114688	24681	0.145	99.8
3.11-3.48	4.6	0.095	7.5	102742	22386	0.095	99.7
3.48-4.02	4.5	0.067	10.2	88638	19775	0.067	99.5
4.02-4.92	4.4	0.052	12.3	73939	16745	0.052	99.1
4.92-6.96	4.4	0.044	14.4	58218	13085	0.044	98.8
6.96-49.65	4.4	0.032	13.1	32511	7400	0.032	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.6.2_432	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UTF

3utf

解像度: 2.2→48.431 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8541 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2269	11121	5 %	Same test set that was used in refinement of 3UTE, 3UTF, 3UTG, and 3UTH.
R_work	0.2008	-	-	-
obs	0.2021	222338	99.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.843 Å² / k_sol: 0.359 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.29 Å² / B_iso mean: 40.5832 Å² / B_iso min: 13.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.9304 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.9304 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.8608 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.431 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15518	0	277	435	16230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	16203
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.054	22142
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	2429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2859
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.824	5898

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.2786	0.3431	1087	0.2931	20924	22011	100
2.2786-2.3699	0.2866	1084	0.255	20988	22072	100
2.3699-2.4777	0.2949	1124	0.2474	20991	22115	100
2.4777-2.6083	0.2746	1117	0.232	20988	22105	100
2.6083-2.7717	0.2648	1092	0.2185	21073	22165	100
2.7717-2.9857	0.266	1078	0.2197	21124	22202	100
2.9857-3.2861	0.2473	1134	0.2237	21102	22236	100
3.2861-3.7615	0.247	1136	0.2162	21156	22292	99
3.7615-4.7384	0.1652	1097	0.1507	21226	22323	99
4.7384-48.4427	0.1769	1172	0.1671	21645	22817	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9977	0.0263	-0.2658	0.2155	-0.0131	0.3396	0.0243	0.2937	-0.0735	0.0071	-0.0053	-0.0651	-0.0078	-0.0268	-0.0146	0.0818	0.0377	0.0314	0.2462	-0.0282	0.1532	71.6121	77.648	159.5685
2	0.5174	-0.4038	0.0545	0.6496	-0.005	0.2561	-0.1674	-0.0673	0.0117	0.1882	0.116	0.0958	-0.0436	-0.0183	0.0406	0.2135	0.0773	0.0323	0.1625	-0.016	0.2068	24.5095	102.8645	211.769
3	1.0164	0.1898	0.0872	0.162	0.0531	0.2425	-0.013	0.4296	-0.1736	-0.0117	0.0745	0.0405	0.0379	0.0411	-0.0596	0.1476	0.0322	-0.0584	0.389	-0.1038	0.2156	25.8452	68.0693	149.5014
4	0.3561	-0.3652	0.0807	0.9257	-0.0696	0.1132	-0.1621	-0.0776	-0.1516	0.3453	0.2419	0.1938	-0.0278	-0.0499	-0.0574	0.2637	0.132	0.0819	0.2002	0.1266	0.2106	42.0828	59.3539	221.8592

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	3 - 506
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	3 - 506
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	3 - 507
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	3 - 506

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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