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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gag
タイトルStructure of the broadly neutralizing antibody AP33 in complex with its HCV epitope (E2 residues 412-423)
要素
  • Genome polyprotein
  • NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 HEAVY CHAIN
  • NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody Fab / neutralizing antibody / HCV E2 binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / cysteine-type peptidase activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell endoplasmic reticulum membrane ...: / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / cysteine-type peptidase activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / Immunoglobulins ...Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Potter, J.A. / Owsianka, A. / Angus, A.G.N. / Jeffery, N. / Matthews, D. / Keck, Z. / Lau, P. / Foung, S.K.H. / Taylor, G.L. / Patel, A.H.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Toward a Hepatitis C Virus Vaccine: the Structural Basis of Hepatitis C Virus Neutralization by AP33, a Broadly Neutralizing Antibody.
著者: Potter, J.A. / Owsianka, A.M. / Jeffery, N. / Matthews, D.J. / Keck, Z.Y. / Lau, P. / Foung, S.K. / Taylor, G.L. / Patel, A.H.
履歴
登録2012年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 HEAVY CHAIN
L: NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 LIGHT CHAIN
P: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1495
ポリマ－48,9653
非ポリマー1842
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.649, 56.903, 81.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-402-

HOH

詳細The asymmetric unit contains one biological unit

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要素

#1: 抗体 NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 HEAVY CHAIN


分子量: 23677.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 LIGHT CHAIN


分子量: 23921.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Genome polyprotein / Core protein p21 / Capsid protein C / p21 / Core protein p19 / Envelope glycoprotein E1 / gp32 / ...Core protein p21 / Capsid protein C / p21 / Core protein p19 / Envelope glycoprotein E1 / gp32 / gp35 / Envelope glycoprotein E2 / NS1 / gp68 / gp70 / p7 / Protease NS2-3 / p23


分子量: 1366.459 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 412-423 of HCV E2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Hepatitis C virus (isolate Glasgow) (C型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: Q5EG65, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 8K, 0.1M TrisHCl, 0.2M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月5日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 49991 / Num. obs: 49991 / % possible obs: 98.28 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→23.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21092 2492 5.1 %RANDOM
Rwork0.17765 ---
obs0.17935 46640 98.28 %-
all-49991 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å2-0.33 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 12 346 3742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0223520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2111.9514823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1975450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55224.42138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29615548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.41513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1960.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4691.52215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46623628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.45531303
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4744.51184
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 147 -
Rwork0.27 2859 -
obs--82.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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