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- PDB-4g8v: Crystal structure of Ribonuclease A in complex with 5a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g8v
タイトルCrystal structure of Ribonuclease A in complex with 5a
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / nuclease / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0EY / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chatzileontiadou, D.S.M. / Kantsadi, A.L. / Leonidas, D.D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Triazole pyrimidine nucleosides as inhibitors of Ribonuclease A. Synthesis, biochemical, and structural evaluation.
著者: Parmenopoulou, V. / Chatzileontiadou, D.S. / Manta, S. / Bougiatioti, S. / Maragozidis, P. / Gkaragkouni, D.N. / Kaffesaki, E. / Kantsadi, A.L. / Skamnaki, V.T. / Zographos, S.E. / ...著者: Parmenopoulou, V. / Chatzileontiadou, D.S. / Manta, S. / Bougiatioti, S. / Maragozidis, P. / Gkaragkouni, D.N. / Kaffesaki, E. / Kantsadi, A.L. / Skamnaki, V.T. / Zographos, S.E. / Zounpoulakis, P. / Balatsos, N.A. / Komiotis, D. / Leonidas, D.D.
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7423
ポリマ－27,4172
非ポリマー3251
水6,017334
1
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0342
ポリマ－13,7081
非ポリマー3251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribonuclease pancreatic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7081
ポリマ－13,7081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.910, 32.569, 72.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-315-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: pancreas / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-0EY / 1-{[1-(alpha-L-arabinofuranosyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl]methyl}-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine


分子量: 325.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15N5O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 4000, 20 mM Nacitrate, pH 5,5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
PH範囲: 5,5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月20日
放射モノクロメーター: Cu-K / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 25105 / Num. obs: 25105 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 12.87 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1956 / Rsym value: 0.195 / % possible all: 78.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
REFMAC精密化
CrysalisProデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2G8Q

2g8q


解像度: 1.7→13.487 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2374 1269 5.05 %RANDOM
Rwork0.1875 ---
obs0.19 25105 96.77 %-
all-25105 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.065 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0478 Å20 Å2-0.6805 Å2
2--0.732 Å20 Å2
3----0.7798 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→13.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1902 0 23 334 2259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2712678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.005730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.7680.29481070.22931956X-RAY DIFFRACTION73
1.768-1.84830.23361330.19762652X-RAY DIFFRACTION97
1.8483-1.94550.2361270.19142750X-RAY DIFFRACTION100
1.9455-2.0670.24121440.19092701X-RAY DIFFRACTION100
2.067-2.22590.25581680.19382689X-RAY DIFFRACTION100
2.2259-2.44870.26591410.19642742X-RAY DIFFRACTION100
2.4487-2.80030.2681370.20092761X-RAY DIFFRACTION100
2.8003-3.51770.22411610.18052745X-RAY DIFFRACTION100
3.5177-13.48710.20431510.16862840X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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