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- PDB-4g7f: Crystal Structure of Enolase from Trypanosoma Cruzi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g7f
タイトルCrystal Structure of Enolase from Trypanosoma Cruzi
要素Enolase
キーワードLYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Enolase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
phosphopyruvate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Craig, T.K. / Edwards, T.E. / Staker, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Enolase from Trypanosoma Cruzi
著者: Craig, T.K. / Edwards, T.E. / Staker, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2012年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5873
ポリマ－46,5011
非ポリマー862
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.290, 119.310, 110.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-623-

HOH

21A-661-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Enolase


分子量: 46500.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053504105.140 / プラスミド: TrcrA.01024.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4DZ98, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 289 K / pH: 8.5
詳細: TrcrA.01024.a.B1 PW35751 CR_27 47.62mg/ml Morpheus E12 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M of each ethylene glycol 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: TrcrA.01024.a.B1 PW35751 CR_27 47.62mg/ml Morpheus E12 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M of each ethylene glycol 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9774
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月29日
放射モノクロメーター: ASYMMETRIC CURVED CRYSTAL SI(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 19797 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 47.061 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 19.74
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.89 Å19.81 Å
Translation4.89 Å19.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.0位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OEP

1oep


解像度: 2.4→19.809 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 993 5.02 %
Rwork0.1892 --
obs0.1923 19774 99.96 %
all-19857 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.8464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2997 0 5 89 3091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4674159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3811065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.52630.30251430.21812663X-RAY DIFFRACTION100
2.5263-2.68420.28791390.21842631X-RAY DIFFRACTION100
2.6842-2.89090.27191340.21642653X-RAY DIFFRACTION100
2.8909-3.18080.24671510.21162669X-RAY DIFFRACTION100
3.1808-3.63860.25921410.20012655X-RAY DIFFRACTION100
3.6386-4.57490.22841400.16392707X-RAY DIFFRACTION100
4.5749-19.80990.2391450.17532803X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1191.42730.8745.50472.47863.8459-0.26110.03350.15710.10430.23460.35140.0371-0.2869-0.03080.15860.030.04060.20990.03620.1359-38.4471-8.4895-14.87
22.96450.5629-0.15132.78960.04813.7099-0.0781-0.2643-0.14530.2212-0.0439-0.08610.29490.02850.09860.2257-0.01750.00160.2398-0.00370.1275-35.5969-10.4902-9.1192
32.10140.1766-0.09522.7548-1.02297.4325-0.0301-0.18460.04170.2197-0.0040.10680.22090.63490.09950.14070.01480.03080.222-0.01330.183-27.1884-5.6045-8.9338
41.194-1.44540.05584.95952.45322.1070.26010.2910.0832-0.0213-0.188-0.26840.22130.67620.02670.27370.0740.01440.46330.03180.2093-19.6382-10.2844-27.7349
50.8363-0.9640.03012.3833-0.11440.509-0.02020.0352-0.4471-0.0389-0.03610.00661.03650.40810.06010.78990.18660.06280.33-0.00750.4056-26.6338-33.3115-32.478
60.2801-0.2196-0.2650.80261.48342.8289-0.03850.0509-0.27180.1176-0.0345-0.04241.02010.31880.14730.8440.36370.08540.5617-0.05890.4651-19.1154-33.5538-33.275
70.72890.31080.26041.9548-1.03940.98280.0318-0.2497-0.59890.60820.063-0.16780.0740.0441-0.03661.05070.5368-0.09880.72460.1770.8257-12.3809-42.1104-16.6692
81.49-0.7844-0.62540.93920.67520.5535-0.2317-0.3692-0.33920.1551-0.012-0.01290.46350.4806-0.07140.6260.49530.0350.83770.06880.4336-10.8935-28.011-16.011
90.4271-0.1422-0.35311.19850.01250.3038-0.0864-0.0951-0.21090.09570.0232-0.1570.45860.5905-0.00020.31450.16880.04440.43780.01770.2647-20.3535-16.6955-20.2911
104.1676-2.69930.27343.17750.45010.29110.09260.19110.1624-0.1599-0.0788-0.37640.06240.6293-0.0410.23280.09660.07270.49530.01770.2462-21.6506-12.737-34.5899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 124 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 125 through 152 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 153 through 220 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 221 through 249 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 250 through 284 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 285 through 333 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 334 through 403 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 404 through 429 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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