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- PDB-4g6a: Structure of the Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 antig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g6a
タイトルStructure of the Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 antigenic region 412-423 bound to the broadly neutralizing antibody AP33
要素
  • AP33 Heavy Chain
  • AP33 Light chain
  • E2 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / lipid droplet / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Kong, L. / Wilson, I.A. / Law, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 Antigenic Site 412 to 423 in Complex with Antibody AP33.
著者: Kong, L. / Giang, E. / Nieusma, T. / Robbins, J.B. / Deller, M.C. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Law, M.
履歴
登録2012年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: E2 peptide
A: E2 peptide
C: AP33 Heavy Chain
D: AP33 Light chain
H: AP33 Heavy Chain
L: AP33 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7406
ポリマ－98,7406
非ポリマー00
水3,423190
1
B: E2 peptide
C: AP33 Heavy Chain
D: AP33 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3703
ポリマ－49,3703
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
2
A: E2 peptide
H: AP33 Heavy Chain
L: AP33 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3703
ポリマ－49,3703
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.875, 191.804, 59.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド E2 peptide


分子量: 1554.710 Da / 分子数: 2 / 断片: E2 peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: this sequence naturally occurs in Hepatitis C virus / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9YK84
#2: 抗体 AP33 Heavy Chain


分子量: 24103.893 Da / 分子数: 2 / 断片: antibody Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)
#3: 抗体 AP33 Light chain


分子量: 23711.229 Da / 分子数: 2 / 断片: antibody Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 17% (w/v) PEG 4000, 8.5% (v/v) 2-propanol, 15% (v/v) glycerol and 0.085 M Sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.97 Å / Num. all: 29450 / Num. obs: 29450 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / % possible all: 61.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DGV

4dgv


解像度: 2.501→47.97 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 24.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2195 1502 5.11 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.1803 ---
obs0.1803 29409 91.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.244 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8749 Å2-0 Å2-11.0178 Å2
2---0.4665 Å2-0 Å2
3----3.4084 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→47.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6873 0 0 190 7063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037053
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7869604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1272504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5009-2.58160.3202890.23321718X-RAY DIFFRACTION62
2.5816-2.67380.26591110.21511912X-RAY DIFFRACTION70
2.6738-2.78090.29411250.22062315X-RAY DIFFRACTION84
2.7809-2.90740.31321330.2092695X-RAY DIFFRACTION97
2.9074-3.06070.29141300.20652787X-RAY DIFFRACTION99
3.0607-3.25240.24291270.18672789X-RAY DIFFRACTION99
3.2524-3.50350.22641300.17252762X-RAY DIFFRACTION98
3.5035-3.85590.19371610.16312711X-RAY DIFFRACTION99
3.8559-4.41350.18441640.15622735X-RAY DIFFRACTION98
4.4135-5.55920.17861600.14422742X-RAY DIFFRACTION99
5.5592-47.9810.2081720.19142741X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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