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- PDB-4g5d: X-ray crystal structure of Prostaglandin f synthase from Leishman... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g5d
タイトルX-ray crystal structure of Prostaglandin f synthase from Leishmania major Friedlin bound to NADPH
要素Prostaglandin f2-alpha synthase/D-arabinose dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


aldo-keto reductase (NADPH) activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / prostaglandin biosynthetic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 5A / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 5A / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 9,11-endoperoxide prostaglandin H2 reductase / 9,11-endoperoxide prostaglandin H2 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structures of prostaglandin F synthase from the protozoa Leishmania major and Trypanosoma cruzi with NADP.
著者: Moen, S.O. / Fairman, J.W. / Barnes, S.R. / Sullivan, A. / Nakazawa-Hewitt, S. / Van Voorhis, W.C. / Staker, B.L. / Lorimer, D.D. / Myler, P.J. / Edwards, T.E.
履歴
登録2012年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin f2-alpha synthase/D-arabinose dehydrogenase
B: Prostaglandin f2-alpha synthase/D-arabinose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8664
ポリマ－64,3752
非ポリマー1,4912
水15,493860
1
A: Prostaglandin f2-alpha synthase/D-arabinose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9332
ポリマ－32,1881
非ポリマー7451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Prostaglandin f2-alpha synthase/D-arabinose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9332
ポリマ－32,1881
非ポリマー7451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.660, 34.590, 106.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Prostaglandin f2-alpha synthase/D-arabinose dehydrogenase / Prostaglandin F synthase


分子量: 32187.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: PGFS, LMJF_31_2150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4Q646, UniProt: P22045*PLUS, prostaglandin-F synthase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 860 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: JCSG+ B8: 10% PEG8000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 63649 / Num. obs: 61422 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.594 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.36
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.850.5152.6213271402086.7
1.85-1.90.4243.113517403588.4
1.9-1.950.3573.6613531395390.2
1.95-2.010.284.4913990402793.1
2.01-2.080.245.413954398296.4
2.08-2.150.1947.0714828397397.7
2.15-2.230.1659.5517027382599.1
2.23-2.320.15810.5517799374198.8
2.32-2.430.14911.0818071360199.8
2.43-2.550.13612.2218131341999.4
2.55-2.680.1313.2518601328499.9
2.68-2.850.11415.5920055310099.9
2.85-3.040.09419.2121746295599.9
3.04-3.290.0821.3519955272399.9
3.29-3.60.06128.57184642526100
3.6-4.020.05335.1516622229699.9
4.02-4.650.04340.14146772046100
4.65-5.690.05230.9612623175299.7
5.69-8.050.06424.669786136599.9
8.050.03635.51519379998.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F40

4f40


解像度: 1.8→46.189 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.8788 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.54 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 3097 5.04 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
obs0.1744 61405 96.49 %-
all-63649 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 56.15 Å2 / Biso mean: 14.454 Å2 / Biso min: 2.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4402 0 96 860 5358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3326344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6161698
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.82820.2891310.22192307243885
1.8282-1.85810.22461310.21072390252189
1.8581-1.89020.26761200.18932413253389
1.8902-1.92450.23231440.19592391253588
1.9245-1.96160.27121290.18842498262793
1.9616-2.00160.26231070.18512559266693
2.0016-2.04510.21531530.172573272694
2.0451-2.09270.18721390.17072654279398
2.0927-2.1450.21431520.16742682283498
2.145-2.2030.22661380.16362672281098
2.203-2.26790.22051510.168626992850100
2.2679-2.34110.20371330.16942723285699
2.3411-2.42470.26331300.171327502880100
2.4247-2.52180.22361430.17452721286499
2.5218-2.63660.23591530.173627342887100
2.6366-2.77550.23741500.171527252875100
2.7755-2.94940.22011370.172627662903100
2.9494-3.17710.22221430.173527812924100
3.1771-3.49670.22121500.160727782928100
3.4967-4.00240.18161540.158727622916100
4.0024-5.04170.18091480.15228232971100
5.0417-46.20410.1931610.188829073068100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5846-0.5451-0.33021.03140.3661.1098-0.06540.0085-0.11960.10950.0140.27670.0223-0.09590.05720.06270.00140.00340.07330.00970.083834.85031.495420.3713
22.71270.5282-0.39940.4525-0.54630.69020.0596-0.27390.06220.1988-0.09220.1406-0.0639-0.18540.00410.07890.01480.05260.1063-0.00420.120131.89156.706927.0163
31.077-0.10210.24090.98420.06050.7470.0363-0.1047-0.02050.1103-0.0122-0.0025-0.0002-0.0099-0.00260.05180.00320.00060.04580.00590.036148.64415.025122.2429
41.0213-0.05180.03610.8245-0.05690.8428-0.02270.15170.0702-0.05570.0180.11290.0262-0.21830.00310.0618-0.0073-0.00530.11340.01070.084130.81315.8079.2549
51.4353-0.22990.01610.7713-0.1121.4820.00160.2093-0.0215-0.03860.03450.0560.1147-0.064-0.03990.08950.0193-0.00110.0571-0.00730.052637.11329.83243.7283
61.02260.6725-0.23141.0971-0.54740.98320.0169-0.0019-0.11420.0036-0.0804-0.14910.00560.14250.05620.08090.01250.01480.0447-0.00630.0865-1.44661.977630.4189
71.55140.06590.05280.9001-0.17180.89970.00570.1926-0.0504-0.15-0.0144-0.03710.0240.0768-0.0010.08340.00420.00820.0712-0.00210.0424-8.23426.301823.803
81.47440.05960.38321.06010.00680.90910.0259-0.0287-0.0271-0.0665-0.01740.0514-0.0589-0.0948-0.02150.05360.00470.00530.03420.01340.0447-18.48044.875436.1417
91.2831-0.00490.03390.7510.0160.65860.0563-0.1385-0.02450.0303-0.0469-0.14750.02250.2162-0.01630.06110-0.00790.09940.00050.07313.11626.348841.5973
100.71460.35790.07010.28130.31121.3495-0.0323-0.1239-0.08690.05490.0641-0.03580.12360.1527-0.03360.07330.0039-0.00550.05810.01560.0804-0.63469.424845.9815
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:32)A3 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 33:58)A33 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 59:184)A59 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 185:253)A185 - 253
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 254:284)A254 - 284
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 3:33)B3 - 33
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 34:119)B34 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 120:184)B120 - 184
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 185:248)B185 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 249:284)B249 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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