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- PDB-4g3y: Crystal structure of TNF-alpha in complex with Infliximab Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g3y
タイトルCrystal structure of TNF-alpha in complex with Infliximab Fab fragment
要素
  • Tumor necrosis factor
  • infliximab Fab H
  • infliximab Fab L
キーワードIMMUNE SYSTEM / TNF / Infliximab
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of vitamin D biosynthetic process ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of translational initiation by iron / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of interleukin-18 production / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / positive regulation of hair follicle development / : / death receptor agonist activity / negative regulation of myelination / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of bicellular tight junction assembly / response to isolation stress / negative regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of cytokine production involved in immune response / inflammatory response to wounding / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of action potential / sequestering of triglyceride / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / TNF signaling / positive regulation of protein transport / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / leukocyte migration involved in inflammatory response / necroptotic signaling pathway / vascular endothelial growth factor production / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / cellular response to toxic substance / positive regulation of mononuclear cell migration / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of D-glucose import / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of protein localization to cell surface / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of metabolic process / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of hepatocyte proliferation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / regulation of fat cell differentiation / regulation of reactive oxygen species metabolic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / response to L-glutamate / cortical actin cytoskeleton organization / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of DNA biosynthetic process / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / : / negative regulation of endothelial cell proliferation / Interleukin-10 signaling / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / skeletal muscle contraction / phagocytic cup / negative regulation of lipid storage / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liang, S.Y. / Dai, J.X. / Guo, Y.J. / Lou, Z.Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for treating tumor necrosis factor alpha (TNFalpha)-associated diseases with the therapeutic antibody infliximab
著者: Liang, S.Y. / Dai, J.X. / Hou, S. / Su, L. / Zhang, D. / Guo, H. / Hu, S. / Wang, H. / Rao, Z. / Guo, Y.J. / Lou, Z.Y.
履歴
登録2012年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: infliximab Fab L
H: infliximab Fab H
C: Tumor necrosis factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1883
ポリマ－65,1883
非ポリマー00
水2,414134
1
L: infliximab Fab L
H: infliximab Fab H
C: Tumor necrosis factor

L: infliximab Fab L
H: infliximab Fab H
C: Tumor necrosis factor

L: infliximab Fab L
H: infliximab Fab H
C: Tumor necrosis factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,5639
ポリマ－195,5639
非ポリマー00
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.663, 153.663, 99.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: 抗体 infliximab Fab L


分子量: 23460.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 infliximab Fab H


分子量: 24356.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor / TNF-alpha


分子量: 17370.658 Da / 分子数: 1 / Fragment: Tumor necrosis factor, soluble form / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR CHAIN L, H DO NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 1.0M Na/K phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 27113 / Num. obs: 27025 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→21.535 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8317 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 1278 5.03 %random
Rwork0.189 ---
all0.1985 27025 --
obs0.1914 25400 94.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.583 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.76 Å2 / Biso mean: 38.9057 Å2 / Biso min: 10.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6239 Å20 Å20 Å2
2---1.6239 Å2-0 Å2
3---3.2478 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→21.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4465 0 0 134 4599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2236214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005800
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5881647
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6001-2.7040.31491220.24852366248882
2.704-2.82680.30811220.24522483260588
2.8268-2.97550.29421460.2482627277393
2.9755-3.16130.31081610.23082725288695
3.1613-3.40460.26141470.21522719286697
3.4046-3.74560.23891350.18712787292298
3.7456-4.28380.19251610.15562779294098
4.2838-5.38320.16561410.13162808294999
5.3832-21.53560.20871430.17112828297199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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