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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g3h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of helicobacter pylori arginase | ||||||
![]() | Arginase (RocF) | ||||||
![]() | HYDROLASE / arginase / Rossmann Fold / Hydrolytic enzyme / manganous ion binding / Hydrolysis | ||||||
機能・相同性 | ![]() arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / manganese ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, J. / Zhang, X. / Li, D. / Hu, Y. / Zou, Q. / Wang, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and function studies on Helicobacter pylori arginase 著者: Zhang, J. / Zhang, X. / Li, D. / Hu, Y. / Zou, Q. / Wang, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 265.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 213.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 505.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38051.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% polyethylene glycol 3350, 100mM Bis-Tris pH 5.5, 1mM MnCl2, 15mM guanidine hydrochloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→34.918 Å / Num. all: 73851 / Num. obs: 66320 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % |
反射 シェル | 最高解像度: 2.2 Å / % possible all: 89.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 74.8104 Å2 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 158.78 Å2 / Biso mean: 36.3794 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.9 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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